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- PDB-4z3u: PRV nuclear egress complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z3u
タイトルPRV nuclear egress complex
要素
  • UL31
  • UL34 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / complex / membrane binding
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from nuclear membrane / host cell nuclear inner membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus viron egress-type / Herpesvirus virion protein U34 / Herpesvirus UL31 / Herpesvirus UL31-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
UL34 protein / UL34 / Nuclear egress lamina protein
類似検索 - 構成要素
生物種Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.706 Å
データ登録者Bigalke, J.M. / Heldwein, E.E.
資金援助 米国, ドイツ, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM111795-01 米国
Burroughs Wellcome Fund
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R21AI097573-01A1 米国
German Research Foundation (DFG)BI 1658/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of membrane budding by the nuclear egress complex of herpesviruses.
著者: Bigalke, J.M. / Heldwein, E.E.
履歴
登録2015年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UL34 protein
B: UL31
C: UL34 protein
D: UL31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,34012
ポリマ－98,0094
非ポリマー3318
水68538
1
A: UL34 protein
B: UL31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1766
ポリマ－49,0052
非ポリマー1724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
2
C: UL34 protein
D: UL31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1646
ポリマ－49,0052
非ポリマー1594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.456, 125.456, 109.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細heterodimer in solution (confirmed by gel filtration and MALS)

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 UL34 protein


分子量: 20244.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3G8R3, UniProt: G3G8X8*PLUS
#2: タンパク質 UL31 / UL31 protein


分子量: 28760.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3G955

-
非ポリマー , 4種, 46分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.3 M NaSCN, 18% PEG3350, 0.3 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.706→49.907 Å / Num. obs: 24223 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 4.55 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.41
反射 シェル解像度: 2.706→2.802 Å / 冗長度: 4.21 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
SHELX位相決定
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.706→49.907 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2725 1995 8.24 %
Rwork0.2121 --
obs0.2171 24223 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.706→49.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6554 0 8 38 6600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7879107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6832486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031199
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.706-2.77340.39641350.31741510X-RAY DIFFRACTION96
2.7734-2.84840.32131390.30261546X-RAY DIFFRACTION100
2.8484-2.93220.37481400.29461561X-RAY DIFFRACTION100
2.9322-3.02680.34591410.28421566X-RAY DIFFRACTION100
3.0268-3.1350.29591410.291571X-RAY DIFFRACTION100
3.135-3.26050.311420.26341571X-RAY DIFFRACTION100
3.2605-3.40880.31571410.24161574X-RAY DIFFRACTION100
3.4088-3.58850.29391420.22691572X-RAY DIFFRACTION100
3.5885-3.81330.29541420.20631595X-RAY DIFFRACTION100
3.8133-4.10760.27141410.20261576X-RAY DIFFRACTION100
4.1076-4.52070.24071460.17691608X-RAY DIFFRACTION100
4.5207-5.17420.20771450.16891612X-RAY DIFFRACTION100
5.1742-6.51670.24361460.20391645X-RAY DIFFRACTION100
6.5167-49.9160.25991540.18161721X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10152.9070.60747.73252.35237.8643-0.39550.6973-0.482-0.4210.2221-1.03150.49361.10710.18010.63780.28710.2060.65740.04420.714354.857772.75850.1344
29.87810.6818-0.66032.4381-1.95782.71560.95172.1486-0.7322-1.464-0.389-0.17290.2646-0.1899-0.2650.97470.5984-0.1171.41360.04370.879953.781374.464643.1584
35.0263.18265.45154.60664.46426.3528-0.94520.3593-0.0291-0.78880.4582-0.203-0.79232.4001-0.1190.4382-0.0879-0.12861.28390.58411.366363.489587.755851.893
45.35642.33693.84016.23150.50726.838-0.71340.83410.7022-0.9902-0.089-0.4129-0.26161.17870.64650.45410.12960.16850.65090.07240.634948.574279.66648.5877
54.8947-0.31741.10282.4519-0.63586.6025-0.14731.39251.7119-0.0413-0.1394-0.6549-0.69720.3230.23170.4887-0.00590.05710.54330.25070.845146.441289.181845.6741
66.0406-1.41712.48624.6385-0.62861.9407-0.02640.50580.6222-0.1739-0.3775-0.56240.10360.41130.35240.39470.01160.06020.40020.06360.515139.081383.351752.3069
75.32053.70116.72593.4453.62719.51641.7356-2.6377-1.07152.024-0.6013-0.6232.8557-0.5599-1.11131.18790.0143-0.10811.3531-0.04390.708547.288770.405970.1635
84.28593.80392.09534.84034.64475.7350.3371-0.7128-0.331-0.68970.4839-0.6333-0.72910.3023-1.05590.51520.1370.11240.94470.03920.747852.325380.056866.5454
96.9607-4.24665.24854.4369-2.04554.9090.0816-0.050.1434-0.105-0.0881-0.18780.1429-0.06840.03390.4207-0.02240.08080.3451-0.0040.306729.725579.620749.6267
104.27980.0817-3.51590.1560.56625.5975-0.31810.628-0.6005-1.4337-0.18390.48860.3168-0.55610.4360.77370.0281-0.09050.5294-0.04150.372621.353273.540343.3159
112.60660.4160.08242.0434-1.76324.3229-0.52021.3448-0.33850.32841.3286-0.85471.90480.5332-0.7061.22410.2308-0.19290.8773-0.33310.71813.654576.380718.9134
122.71930.56481.35243.51563.16433.14260.46751.0766-0.2145-0.6744-0.25340.2288-0.164-0.1551-0.15730.88590.0829-0.05710.6802-0.01310.353413.493383.050322.4864
136.545-2.29841.43178.2361-4.48888.37270.45470.36510.0222-0.6037-0.46540.19190.25120.34060.08550.58790.0398-0.03730.3651-0.09990.381317.677784.687532.4928
144.1545-3.48220.3477.68743.49174.09610.37730.02261.7778-0.45330.1999-0.1958-0.5367-0.482-0.50480.49890.0582-0.14180.53550.05930.476415.895690.242733.5326
150.76840.47330.11082.5375-1.81292.7475-0.45320.23440.8462-0.1327-0.27010.5950.59750.12470.03130.94210.10580.18291.30020.05630.910926.072986.595116.0064
165.92360.4913-0.17976.39260.62486.4488-0.0910.4912-0.4906-0.1709-0.07720.09710.27120.50390.09870.53670.0936-0.07440.6869-0.08010.37254.910786.450922.7232
179.2075-2.24450.16843.8376-4.03334.83210.91860.14620.6468-0.28190.81791.525-0.9476-0.8737-1.82570.91720.2773-0.04140.8462-0.17890.81897.2208117.710759.1353
184.26933.1319-2.2224.8646-4.82344.99-0.1552-0.72861.66611.60041.57411.9167-1.0822-1.1987-1.49410.88840.17690.0460.7646-0.0121.32357.8657115.587166.4906
197.7168-2.13372.34048.2941-5.23394.83380.19620.74232.4435-0.2733-1.3928-0.4081-3.18020.38030.98951.4935-0.1771-0.3440.78250.20321.212121.8645126.769958.478
203.92962.9265-3.45557.4424-0.3464.06210.0638-0.61540.00750.5281-0.3860.7159-1.8030.65390.59040.81310.0433-0.18410.6199-0.0340.71114.268111.599260.7808
216.25823.7603-3.66125.4181-3.71743.50480.0841-0.81970.41130.273-0.5279-0.2265-0.95360.94220.33420.6649-0.1132-0.16590.59070.03120.788723.1931114.670663.8025
229.29580.42070.31763.6713-2.62246.53030.33090.31860.73950.2589-0.5228-1.67980.62860.69430.2161.23430.1458-0.1950.4189-0.03630.369924.969699.620866.1125
237.69940.94412.17219.32180.15228.68580.2928-0.4211-0.1531-0.311-0.5951-0.6772-0.98660.56050.40870.4017-0.0428-0.06610.5123-0.01090.626426.2187105.99454.5664
245.0364-2.1864-1.33473.8891-0.45748.9889-0.278-0.14520.4366-0.1936-0.02780.32910.13750.28170.23230.47870.0011-0.08230.4636-0.05210.588616.2006102.107654.5623
257.01052.6858-0.08336.0862-2.64251.3157-0.3333-0.9361-0.02790.1340.45250.2954-0.1113-1.0057-0.39970.4950.1426-0.02110.7562-0.08650.467115.371999.875462.585
263.37644.5976-3.30277.1747-2.91634.926-0.52620.97040.48680.05461.5965-0.14070.1025-0.6223-1.39270.93720.1037-0.14530.79270.19390.72376.7774111.13738.3102
272.2383-0.83270.94032.1108-1.43863.5986-0.2517-0.31640.44460.2190.18120.1054-0.5542-0.22670.09680.49340.0856-0.04470.4931-0.10630.45314.611796.876156.2431
284.2482.97420.47518.9806-1.1643.75580.54650.42791.76311.3401-1.22861.01941.03950.95410.29461.45780.75680.57552.42290.46841.27169.452383.699891.7735
297.57942.2438-0.8492.2546-1.79932.38111.20481.0398-0.73640.085-0.31890.77531.12450.3883-0.97710.6833-0.02280.09350.6966-0.01740.483515.625370.784488.5977
302.2395-0.5903-0.06864.0839-0.58356.2486-0.1214-0.529-0.08780.35880.1538-0.0031-0.0212-0.3118-0.05540.42130.07840.02230.68950.04920.396522.138877.028183.0698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 27 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 28 through 37 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 38 through 62 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 63 through 110 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 111 through 159 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 160 through 174 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 19 through 38 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 39 through 79 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 80 through 103 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 104 through 131 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 132 through 168 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 169 through 200 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 201 through 221 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 222 through 236 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 237 through 271 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 3 through 14 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 15 through 27 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 28 through 37 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 38 through 62 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 63 through 95 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 96 through 110 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 111 through 126 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 127 through 144 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 145 through 159 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 160 through 175 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 18 through 103 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 104 through 117 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 118 through 131 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 132 through 271 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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