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- PDB-4z3l: CRYSTAL STRUCTURE OF BIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1 MUTANT G26L, D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z3l
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1 MUTANT G26L, D69I, P90L, K97I
要素Major pollen allergen Bet v 1-A
キーワードALLERGEN / Fold Stability
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pollen allergen Bet v 1-A
類似検索 - 構成要素
生物種Betula pendula (シダレカンバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Freier, R. / Brandstetter, H.
引用ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2016
タイトル: Fold stability during endolysosomal acidification is a key factor for allergenicity and immunogenicity of the major birch pollen allergen.
著者: Machado, Y. / Freier, R. / Scheiblhofer, S. / Thalhamer, T. / Mayr, M. / Briza, P. / Grutsch, S. / Ahammer, L. / Fuchs, J.E. / Wallnoefer, H.G. / Isakovic, A. / Kohlbauer, V. / Hinterholzer, ...著者: Machado, Y. / Freier, R. / Scheiblhofer, S. / Thalhamer, T. / Mayr, M. / Briza, P. / Grutsch, S. / Ahammer, L. / Fuchs, J.E. / Wallnoefer, H.G. / Isakovic, A. / Kohlbauer, V. / Hinterholzer, A. / Steiner, M. / Danzer, M. / Horejs-Hoeck, J. / Ferreira, F. / Liedl, K.R. / Tollinger, M. / Lackner, P. / Johnson, C.M. / Brandstetter, H. / Thalhamer, J. / Weiss, R.
履歴
登録2015年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Major pollen allergen Bet v 1-A
B: Major pollen allergen Bet v 1-A
C: Major pollen allergen Bet v 1-A
E: Major pollen allergen Bet v 1-A
F: Major pollen allergen Bet v 1-A
D: Major pollen allergen Bet v 1-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,44020
ポリマ－105,0956
非ポリマー1,34514
水3,963220
1
A: Major pollen allergen Bet v 1-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8044
ポリマ－17,5161
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Major pollen allergen Bet v 1-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9005
ポリマ－17,5161
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Major pollen allergen Bet v 1-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6122
ポリマ－17,5161
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: Major pollen allergen Bet v 1-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6122
ポリマ－17,5161
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
F: Major pollen allergen Bet v 1-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9966
ポリマ－17,5161
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
D: Major pollen allergen Bet v 1-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5161
ポリマ－17,5161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.290, 143.340, 148.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-201-

SO4

21C-318-

HOH

31F-331-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23E
14A
24F
15A
25D
16B
26C
17B
27E
18B
28F
19B
29D
110C
210E
111C
211F
112C
212D
113E
213F
114E
214D
115F
215D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 159 / Label seq-ID: 1 - 159

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23ED
14AA
24FE
15AA
25DF
16BB
26CC
17BB
27ED
18BB
28FE
19BB
29DF
110CC
210ED
111CC
211FE
112CC
212DF
113ED
213FE
114ED
214DF
115FE
215DF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Major pollen allergen Bet v 1-A / Allergen Bet v I-A


分子量: 17515.789 Da / 分子数: 6 / 変異: G26L D69I P90L K97I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betula pendula (シダレカンバ) / 遺伝子: BETVIA, BETVI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15494
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 25% PEG8000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→37.02 Å / Num. all: 184278 / Num. obs: 45112 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured obs: 14689 / Num. unique all: 4358 / CC1/2: 0.576 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A88

4a88


解像度: 2.5→37.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / WRfactor Rfree: 0.2555 / WRfactor Rwork: 0.2122 / FOM work R set: 0.8379 / SU B: 8.575 / SU ML: 0.192 / SU R Cruickshank DPI: 0.4382 / SU Rfree: 0.2771 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 2334 5.2 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2144 42773 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.31 Å2 / Biso mean: 29.984 Å2 / Biso min: 7.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.06 Å2-0 Å2
3----1.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→37.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7418 0 70 220 7708
Biso mean--73.93 29.15 -
残基数----954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0197670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3411.97710401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7825960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.88925.419334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.221151322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg32.5731518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.21178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2952.7623822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6074.1344770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6953.1583845
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A1980.14
12B1980.14
21A2000.15
22C2000.15
31A1910.12
32E1910.12
41A1900.15
42F1900.15
51A1930.15
52D1930.15
61B2040.12
62C2040.12
71B1890.12
72E1890.12
81B1930.12
82F1930.12
91B1920.13
92D1920.13
101C1920.15
102E1920.15
111C2020.16
112F2020.16
121C2050.12
122D2050.12
131E1890.11
132F1890.11
141E1890.15
142D1890.15
151F1850.15
152D1850.15
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 180 -
Rwork0.283 3114 -
all-3294 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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