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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z3l | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1 MUTANT G26L, D69I, P90L, K97I | ||||||
要素 | Major pollen allergen Bet v 1-A | ||||||
キーワード | ALLERGEN / Fold Stability | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Betula pendula (シダレカンバ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Freier, R. / Brandstetter, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2016 タイトル: Fold stability during endolysosomal acidification is a key factor for allergenicity and immunogenicity of the major birch pollen allergen. 著者: Machado, Y. / Freier, R. / Scheiblhofer, S. / Thalhamer, T. / Mayr, M. / Briza, P. / Grutsch, S. / Ahammer, L. / Fuchs, J.E. / Wallnoefer, H.G. / Isakovic, A. / Kohlbauer, V. / Hinterholzer, ...著者: Machado, Y. / Freier, R. / Scheiblhofer, S. / Thalhamer, T. / Mayr, M. / Briza, P. / Grutsch, S. / Ahammer, L. / Fuchs, J.E. / Wallnoefer, H.G. / Isakovic, A. / Kohlbauer, V. / Hinterholzer, A. / Steiner, M. / Danzer, M. / Horejs-Hoeck, J. / Ferreira, F. / Liedl, K.R. / Tollinger, M. / Lackner, P. / Johnson, C.M. / Brandstetter, H. / Thalhamer, J. / Weiss, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z3l.cif.gz | 197.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z3l.ent.gz | 160 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z3l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4z3l_validation.pdf.gz | 496.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4z3l_full_validation.pdf.gz | 524.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4z3l_validation.xml.gz | 40.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4z3l_validation.cif.gz | 55.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4a88S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 159 / Label seq-ID: 1 - 159
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17515.789 Da / 分子数: 6 / 変異: G26L D69I P90L K97I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betula pendula (シダレカンバ) / 遺伝子: BETVIA, BETVI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15494 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 25% PEG8000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→37.02 Å / Num. all: 184278 / Num. obs: 45112 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured obs: 14689 / Num. unique all: 4358 / CC1/2: 0.576 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4A88 解像度: 2.5→37.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / WRfactor Rfree: 0.2555 / WRfactor Rwork: 0.2122 / FOM work R set: 0.8379 / SU B: 8.575 / SU ML: 0.192 / SU R Cruickshank DPI: 0.4382 / SU Rfree: 0.2771 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.31 Å2 / Biso mean: 29.984 Å2 / Biso min: 7.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→37.02 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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