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万見
- PDB-4z2b: The structure of human PDE12 residues 161-609 in complex with GSK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z2b
タイトルThe structure of human PDE12 residues 161-609 in complex with GSK3036342A
要素2',5'-phosphodiesterase 12
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / PDE12 2'-5'A EEP nuclease Inhibitor complex / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / mitochondrial mRNA catabolic process / regulation of mitochondrial mRNA stability / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / cellular response to interferon-alpha / nucleic acid metabolic process / OAS antiviral response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / cellular response to dsRNA ...: / mitochondrial mRNA catabolic process / regulation of mitochondrial mRNA stability / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / cellular response to interferon-alpha / nucleic acid metabolic process / OAS antiviral response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / cellular response to dsRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / exonuclease activity / positive regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / cellular response to type II interferon / mRNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / defense response to virus / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / 2',5'-phosphodiesterase 12-like, N-terminal domain / : / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LC / 2',5'-phosphodiesterase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nolte, R.T. / Wisely, B. / Wang, L. / Wood, E.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Role of Phosphodiesterase 12 (PDE12) as a Negative Regulator of the Innate Immune Response and the Discovery of Antiviral Inhibitors.
著者: Wood, E.R. / Bledsoe, R. / Chai, J. / Daka, P. / Deng, H. / Ding, Y. / Harris-Gurley, S. / Kryn, L.H. / Nartey, E. / Nichols, J. / Nolte, R.T. / Prabhu, N. / Rise, C. / Sheahan, T. / ...著者: Wood, E.R. / Bledsoe, R. / Chai, J. / Daka, P. / Deng, H. / Ding, Y. / Harris-Gurley, S. / Kryn, L.H. / Nartey, E. / Nichols, J. / Nolte, R.T. / Prabhu, N. / Rise, C. / Sheahan, T. / Shotwell, J.B. / Smith, D. / Tai, V. / Taylor, J.D. / Tomberlin, G. / Wang, L. / Wisely, B. / You, S. / Xia, B. / Dickson, H.
履歴
登録2015年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22015年8月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2',5'-phosphodiesterase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9967
ポリマ－51,1381
非ポリマー8586
水8,323462
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.309, 66.532, 124.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2',5'-phosphodiesterase 12 / 2-PDE / Mitochondrial deadenylase


分子量: 51137.672 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 155-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tev cloning tag on N-terminus / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: Q6L8Q7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素, poly(A)-specific ribonuclease

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非ポリマー , 6種, 468分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-4LC / 3-(6-{[(2S,3S)-3-(hydroxymethyl)-2-phenylmorpholin-4-yl]carbonyl}-1-methyl-1H-benzimidazol-2-yl)-1H-indole-6-carbonitrile


分子量: 491.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H25N5O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris Ph 8.5 15% Peg20000 25% Ethylene Glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月12日
放射モノクロメーター: Multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.8 % / 数: 194359 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.94 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 40745 / % possible obs: 91.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.885010.0531.6996.3
3.884.8810.0350.965.4
3.393.8810.0360.8814.3
3.083.3910.0380.7715.8
2.863.0810.0440.7396.1
2.692.8610.050.786.2
2.552.6910.0580.816.1
2.442.5510.0640.7756
2.352.4410.0710.8175.9
2.272.3510.1020.9775.5
2.22.2710.1161.5614.4
2.132.210.1030.8564.5
2.082.1310.0990.834.2
2.032.0810.1120.8534
1.982.0310.1260.8143.7
1.941.9810.1620.783.4
1.91.9410.1631.1093.2
1.861.910.3130.8363
1.831.8610.2620.722.5
1.81.8310.2660.7262.1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 40745 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 20.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.832.10.26614370.9040.1950.3320.72666.1
1.83-1.862.50.26216700.9120.180.320.7276.3
1.86-1.930.31318000.9410.20.3740.83682.7
1.9-1.943.20.16318860.9410.0990.1911.10986.4
1.94-1.983.40.16219720.970.0950.1890.7890.3
1.98-2.033.70.12620490.9810.0710.1460.81493.5
2.03-2.0840.11221180.9790.0620.1290.85395.7
2.08-2.134.20.09920790.9870.0520.1120.8397.2
2.13-2.24.50.10321370.9890.0520.1160.85697.4
2.2-2.274.40.11621410.9770.060.1321.56197
2.27-2.355.50.10222030.9930.0470.1130.97799.1
2.35-2.445.90.07121590.9950.0320.0780.81798.9
2.44-2.5560.06421990.9960.0280.070.77599.1
2.55-2.696.10.05821900.9970.0250.0630.8199.3
2.69-2.866.20.0521980.9970.0220.0550.7899.5
2.86-3.086.10.04422200.9980.0190.0480.73999.5
3.082-3.395.80.03822340.9980.0180.0420.77199.7
3.392-3.884.30.03613930.9980.0180.040.88162
3.883-4.885.40.03522800.9980.0170.0390.9699.2
4.882-506.30.05323800.9970.0230.0581.69998.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.61 Å27.3 Å
Translation6.61 Å27.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NG0

3ng0


解像度: 1.8→27.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9524 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9254 / SU R Cruickshank DPI: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.153 / SU Rfree Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.13
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 1255 3.15 %RANDOM
Rwork0.1815 ---
obs0.1827 39837 89.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4148 Å20 Å20 Å2
2--0.1225 Å20 Å2
3---0.2923 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.201 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3579 0 59 462 4100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013743HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.985104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1673SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes548HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3743HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion473SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4786SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 48 2.82 %
Rwork0.2227 1652 -
all0.2234 1700 -
obs--89.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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