PDB-4z23: BspA_C_WT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z23

タイトル

BspA_C_WT

要素

Cell wall surface anchor protein

キーワード

CELL ADHESION / Streptococcus agalactiae / adhesins

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Race, P. / Rego, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: BspA_C_WT
著者: Race, P. / Rego, S.

履歴

登録	2015年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年6月5日	Group: Advisory / Derived calculations カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z23.cif.gz	75.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z23.ent.gz	55.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z23.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z23_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z23_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
XML形式データ	4z23_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	4z23_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z23	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dza-d 6gu0-d 3cvz-1 2j3s-2 5y7m-1 5le3-2 4xob-2 2vix-1 39 5vqi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell wall surface anchor protein

ヘテロ分子

36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.080, 206.210, 121.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Cell wall surface anchor protein 分子量: 36395.059 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 554-881 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 遺伝子: FSLSAGS3026_06090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8Y0M6, UniProt: Q8E589*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.02 M sodium/potassium phosphate and 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→51.55 Å / Num. obs: 16205 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 12.92 % / Net I/σ(I): 3.19

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.45→51.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 8.14 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24313	790	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18125	-	-	-
obs	0.18416	15391	98.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.232 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→51.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2414	0	20	54	2488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.696	1.95	3371
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	3	5533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.302	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.042	25.586	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.212	15	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.7	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	559
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.627	4.454	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.629	4.452	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.293	6.677	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.291	6.68	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.235	5.069	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.23	5.069	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.214	7.303	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.238	35.387	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.238	35.405	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	54	-
R_work	0.295	1096	-
obs	-	-	98.97 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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