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- PDB-4z20: Crystal Structure of Meganuclease I-SmaMI Bound to Uncleaveable D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z20
タイトルCrystal Structure of Meganuclease I-SmaMI Bound to Uncleaveable DNA with a TTGT Central Four
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • MEGANUCLEASE I-SMAMI
キーワードhydrolase/dna / Hydrolase-DNA complex / LAGLIDADG / homing endonuclease / meganuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homing endonuclease LAGLIDADG domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sordaria macrospora (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hallinan, J.P. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Indirect DNA Sequence Recognition and Its Impact on Nuclease Cleavage Activity.
著者: Lambert, A.R. / Hallinan, J.P. / Shen, B.W. / Chik, J.K. / Bolduc, J.M. / Kulshina, N. / Robins, L.I. / Kaiser, B.K. / Jarjour, J. / Havens, K. / Scharenberg, A.M. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEGANUCLEASE I-SMAMI
C: DNA (26-MER)
B: DNA (26-MER)
D: MEGANUCLEASE I-SMAMI
F: DNA (26-MER)
E: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,87711
ポリマ－100,5206
非ポリマー3565
水19811
1
A: MEGANUCLEASE I-SMAMI
C: DNA (26-MER)
B: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3925
ポリマ－50,2603
非ポリマー1322
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: MEGANUCLEASE I-SMAMI
F: DNA (26-MER)
E: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4846
ポリマ－50,2603
非ポリマー2243
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.690, 172.262, 59.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12C
22F
13B
23E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLYGLYAA8 - 3009 - 301
21LEULEUGLYGLYDD8 - 3009 - 301
12DCDCDCDCCB1 - 261 - 26
22DCDCDCDCFE1 - 261 - 26
13DGDGDGDGBC1 - 261 - 26
23DGDGDGDGEF1 - 261 - 26

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.173049, -0.000417, -0.984913), (-0.016108, -0.999865, 0.003253), (-0.984781, 0.016428, 0.173019)77.233177, 33.690708, 76.140663
3given(1), (1), (1)
4given(-0.183606, 7.8E-5, -0.983), (-0.009019, -0.999958, 0.001605), (-0.982958, 0.009161, 0.183599)77.169601, 33.869049, 75.989754
5given(1), (1), (1)
6given(-0.187852, -0.000228, -0.982197), (-0.012371, -0.99992, 0.002598), (-0.982119, 0.012639, 0.187834)77.078827, 33.792938, 75.68586

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 MEGANUCLEASE I-SMAMI


分子量: 34283.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sordaria macrospora (strain ATCC MYA-333 / DSM 997 / K(L3346) / K-hell) (菌類)
株: ATCC MYA-333 / DSM 997 / K(L3346) / K-hell / 遺伝子: SMAC_12671 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F7WD42

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CFBE

#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7850.054 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8126.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 16分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 25% PEG 2000 MME, 5mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→86.13 Å / Num. obs: 18370 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.297 / Net I/av σ(I): 16.928 / Net I/σ(I): 19.3 / Num. measured all: 69222
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.113.70.79518010.8050.4780.9291.51198.3
3.11-3.233.80.48718480.9430.290.5671.48798.6
3.23-3.383.80.22918070.9920.1390.2681.54598.7
3.38-3.563.80.1918380.9910.1150.2221.46399.1
3.56-3.783.80.16218290.9940.0960.1881.43499
3.78-4.073.80.10118400.9950.060.1181.21499.1
4.07-4.483.80.06618300.9970.0390.0771.09499
4.48-5.133.80.04318670.9980.0260.0511.03999.7
5.13-6.463.80.03818410.9980.0230.0451.18299.2
6.46-503.70.02518690.9990.0150.0291.00998.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LOX

4lox


解像度: 3.2→86.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 87.311 / SU ML: 0.645 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.638 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2912 753 5 %RANDOM
Rwork0.2333 ---
obs0.2361 14420 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 439.61 Å2 / Biso mean: 188.585 Å2 / Biso min: 99.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.15 Å20 Å2-2.08 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→86.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4340 2132 20 11 6503
Biso mean--428.3 429.34 -
残基数----693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0166849
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.6629737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.918312026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3055585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4623.5160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.1915644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5981513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4499.7042351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4459.7032350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.32914.5572932
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A22507.45
2C4806.36
3B46813.87
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 56 -
Rwork0.321 1046 -
all-1102 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77910.12670.29074.16940.30010.1445-0.04340.43570.03030.0530.15440.3862-0.03830.159-0.1111.3440.01730.08670.9392-0.05111.05513.1162.720689.3181
20.61820.02150.36270.0618-0.04030.43280.29160.24640.14480.2792-0.10520.02020.12120.4749-0.18641.548-0.01290.08050.6758-0.05971.219823.51855.247890.4198
30.80430.62380.73190.93780.50090.82160.4230.4060.03261.14720.0153-0.14250.14840.4008-0.43831.9948-0.01790.20820.30660.03421.261623.49952.186891.3818
40.37630.47630.36893.1509-0.33220.6799-0.0975-0.019-0.0488-0.00350.06320.0722-0.03330.16190.03431.3213-0.01830.1580.82550.12281.1688-0.979431.427464.872
50.021-0.12720.0222.4961-0.32571.15850.0308-0.03660.1033-0.2792-0.1880.09610.1695-0.12530.15711.37960.001-0.00120.50730.06891.4256-4.069128.74755.3449
60.1166-0.02660.3770.044-0.11141.4737-0.02740.0435-0.0253-0.1742-0.0370.15630.09570.43540.06441.63790.06450.07220.36420.19281.5771-4.952631.808955.4926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 26
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5F1 - 26
6X-RAY DIFFRACTION6E1 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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