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万見
- PDB-4z19: Crystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase III (FabH) from Y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z19
タイトルCrystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase III (FabH) from Yersinia pestis with acetylated active site cysteine
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
キーワードTRANSFERASE / FABH / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / CONDENSING ENZYME / THIOLASE FOLD / ACETYLATED
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nanson, J.D. / Forwood, J.K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Characterisation of the Beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthases, FabF and FabH, of Yersinia pestis.
著者: Nanson, J.D. / Himiari, Z. / Swarbrick, C.M. / Forwood, J.K.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0283
ポリマ－33,8431
非ポリマー1842
水4,143230
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0556
ポリマ－67,6872
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area4700 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.460, 119.880, 49.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-689-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III


分子量: 33843.379 Da / 分子数: 1 / 変異: A229V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: fabH, YPO1597, y1756, YP_2257 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PlysS
参照: UniProt: Q8ZFT7, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Propan-2-ol, 0.1 M HEPES sodium salt, 15% Glycerol, 24% PEG4000, 2.25mM Acetyl-CoA, 2.25mM Malonyl-CoA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.26 Å / Num. obs: 25320 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1834)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→38.057 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1786 1221 4.82 %
Rwork0.1477 --
obs0.1492 25309 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2314 0 12 230 2556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9943196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.645841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004412
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.87210.18921230.17712596X-RAY DIFFRACTION98
1.8721-1.95730.18331620.15542587X-RAY DIFFRACTION99
1.9573-2.06050.17581390.13842632X-RAY DIFFRACTION99
2.0605-2.18960.17431400.13852636X-RAY DIFFRACTION99
2.1896-2.35860.18351300.14092682X-RAY DIFFRACTION99
2.3586-2.59590.17521340.14282692X-RAY DIFFRACTION100
2.5959-2.97140.17561210.152688X-RAY DIFFRACTION100
2.9714-3.74320.17671390.14222744X-RAY DIFFRACTION100
3.7432-38.06570.18011330.15422831X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.2286 Å / Origin y: -15.5349 Å / Origin z: 25.2259 Å
111213212223313233
T0.0933 Å20.0096 Å20.0049 Å2-0.0965 Å20.0025 Å2--0.0794 Å2
L0.5825 °20.1999 °20.0692 °2-0.9547 °20.1021 °2--0.2945 °2
S0.0057 Å °0.0186 Å °-0.0686 Å °-0.0131 Å °-0.0222 Å °-0.0086 Å °0.0222 Å °0.0157 Å °0.0127 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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