PDB-4z14: Recombinantly expressed latent aurone synthase (polyphenol oxidase)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z14

タイトル

Recombinantly expressed latent aurone synthase (polyphenol oxidase)

要素

Aurone synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Polyphenol oxidase / Type III copper protein / Aurone synthase / Latent

機能・相同性

機能・相同性情報

pigment biosynthetic process / catechol oxidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Coreopsis grandiflora (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Rompel, A.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Recombinantly expressed latent aurone synthase (polyphenol oxidase)
著者: Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Rompel, A.

履歴

登録	2015年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4z14.ent.gz	1.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4z14_validation.pdf.gz	495.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z14_full_validation.pdf.gz	515.5 KB	表示
XML形式データ	4z14_validation.xml.gz	135.8 KB	表示
CIF形式データ	4z14_validation.cif.gz	186.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/4z14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/4z14	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4z0yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4z12-2 4z11-3 4z13-2 4z11-1 3gr3-d 4z11-2 4z12-1 3r3h-d 4isk-1 2wzv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Aurone synthase

B: Aurone synthase

H: Aurone synthase

F: Aurone synthase

C: Aurone synthase

E: Aurone synthase

G: Aurone synthase

A: Aurone synthase

ヘテロ分子

476 kDa, 8 ポリマー
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1

D: Aurone synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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2

B: Aurone synthase

ヘテロ分子

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3

H: Aurone synthase

ヘテロ分子

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4

F: Aurone synthase

ヘテロ分子

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5

C: Aurone synthase

ヘテロ分子

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6

E: Aurone synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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7

G: Aurone synthase

ヘテロ分子

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8

A: Aurone synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.850, 103.790, 175.560
Angle α, β, γ (deg.)	100.69, 91.90, 105.18
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Aurone synthase 分子量: 59329.715 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP RESIDUES 86-602 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coreopsis grandiflora (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075DN54
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15 % PEG 4000, 100 mM magnesium chloride, 60 mM sodium citrate, pH 7.4 PH範囲: 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0247 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0247 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.53→47.91 Å / Num. obs: 136987 / % possible obs: 97.94 % / 冗長度: 1.97 % / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 3.6
反射シェル	解像度: 2.53→2.62 Å / 冗長度: 2.02 % / R_merge(I) obs: 0.965 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 96.71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z0Y

4z0y

解像度: 2.53→47.543 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	6847	5 %
R_work	0.208	-	-
obs	0.2103	136897	97.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→47.543 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31486	0	16	866	32368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	32436
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.625	44008
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.963	11670
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	4674
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	5804

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.53-2.5587	0.3841	224	0.3491	4252	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5587-2.5889	0.3678	229	0.3419	4354	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5889-2.6204	0.3789	223	0.336	4238	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6204-2.6536	0.3528	225	0.3215	4280	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6536-2.6885	0.3463	225	0.3224	4275	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6885-2.7253	0.3649	226	0.3187	4275	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7253-2.7643	0.3614	225	0.3139	4279	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7643-2.8055	0.3597	228	0.3044	4335	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8055-2.8493	0.337	224	0.2957	4249	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8493-2.8961	0.3264	226	0.2917	4307	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8961-2.946	0.3275	230	0.2888	4359	X-RAY DIFFRACTION	98
2.946-2.9995	0.3376	227	0.2868	4329	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9995-3.0572	0.2927	231	0.2651	4382	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0572-3.1196	0.2785	230	0.2501	4362	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1196-3.1874	0.2957	226	0.2392	4309	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1874-3.2616	0.27	232	0.2249	4391	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2616-3.3431	0.2697	229	0.2215	4363	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3431-3.4335	0.2582	232	0.2147	4395	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4335-3.5345	0.2726	227	0.2128	4319	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5345-3.6485	0.2864	231	0.2037	4391	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6485-3.7789	0.2184	228	0.1912	4335	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7789-3.9301	0.218	228	0.1798	4334	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9301-4.1089	0.2011	229	0.166	4339	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1089-4.3254	0.2203	230	0.1612	4375	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3254-4.5962	0.1813	229	0.1458	4358	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5962-4.9507	0.1924	232	0.1424	4394	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9507-5.4483	0.2059	230	0.1614	4374	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4483-6.2351	0.2261	232	0.1758	4403	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2351-7.8499	0.2085	230	0.1724	4382	X-RAY DIFFRACTION	99
7.8499-47.5513	0.1994	229	0.161	4312	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4083	0.5854	-0.4596	0.4426	-0.583	0.6627	0.0151	0.0936	-0.2183	-0.0618	-0.114	-0.1566	0.2415	-0.1101	-0.0003	0.3337	0.0371	-0.0488	0.4593	-0.0684	0.3374	15.8956	-43.2947	157.4206
2	2.041	1.1068	-0.2035	0.8023	-0.4793	0.7526	0.0839	-0.1293	-0.2162	0.2184	-0.0682	-0.2597	0.071	0.15	-0	0.2681	0.0257	-0.0057	0.424	-0.036	0.3997	16.8331	-38.8862	157.5223
3	0.8284	0.3994	1.0684	0.6587	0.1903	1.3652	0.1292	-0.0893	0.3303	-0.1621	-0.1156	-0.2369	-0.2501	0.0844	0.0133	0.2534	-0.0216	0.0319	0.3822	-0.0106	0.4051	17.9964	-22.9028	151.4969
4	0.8883	0.8209	0.6412	0.8354	0.5725	0.3497	0.0757	-0.0403	0.0274	0.0876	-0.4364	0.3392	-0.2332	-0.0961	-0.0517	0.3187	0.0342	0.0549	0.5448	-0.0453	0.495	-0.5522	-24.4145	150.4376
5	1.2179	0.6724	0.1382	0.9368	-0.1911	0.6001	0.1569	0.2311	-0.4825	-0.1116	-0.0425	0.0581	-0.0881	-0.1563	0	0.3196	-0.0184	0.0349	0.4175	-0.0068	0.4128	9.4675	-31.8371	149.1281
6	0.2676	-0.4156	-0.3047	0.5297	0.4592	0.7437	0.0129	-0.6459	0.0753	0.2903	0.0649	0.2118	-0.1301	-0.0365	-0.0001	0.4055	-0.0831	0.0391	0.5399	0.0071	0.4681	5.6452	-39.5057	166.9252
7	0.4786	-0.2538	-0.3408	0.026	0.3339	0.6247	-0.1197	-0.4026	-0.0138	0.2105	0.1761	-0.0423	-0.3284	-0.0472	-0.0005	0.5291	-0.1026	0.0053	0.3973	0.0253	0.4213	-3.3838	-18.4707	159.3972
8	1.219	0.8394	0.573	1.2996	-0.6387	1.7043	-0.1024	0.3797	-0.4687	-0.1387	-0.2936	0.0538	0.0437	-0.4007	-0.2716	0.2445	-0.0179	0.0056	0.6461	-0.1439	0.5359	-16.8814	-32.3414	145.8098
9	1.1637	1.0687	-0.0294	0.782	-0.1116	0.2332	-0.0387	0.0937	-0.3505	-0.0198	-0.1455	0.0462	0.0732	-0.2054	-0.0003	0.3643	0.0466	0.042	0.5669	-0.0974	0.4925	-12.7799	-29.5752	146.9662
10	1.6475	-0.1217	-0.5763	0.4106	0.3222	0.7516	-0.0686	0.0988	-0.3896	-0.1247	0.0186	-0.0864	0.2575	-0.2379	-0	0.4206	-0.0041	-0.0376	0.4045	0.0443	0.4076	50.9167	-26.7264	72.1567
11	0.5724	-1.3427	0.4095	3.1833	-0.9557	0.294	-0.3562	0.0733	0.0895	0.8235	0.2112	-0.5298	-0.2471	0.0592	0.0067	0.3319	-0.0947	-0.0082	0.4326	-0.0418	0.6949	59.6909	-4.0271	75.6885
12	1.0167	0.5927	-0.2976	1.7935	0.0384	0.0968	-0.0048	-0.1698	-0.3994	-0.0109	-0.0094	-0.1711	0.2724	0.1482	0.0026	0.2927	-0.0004	-0.0156	0.4477	0.0181	0.5319	49.5127	-25.7267	71.5309
13	0.4398	0.5802	0.5903	1.561	0.3692	0.8316	0.1194	-0.1231	0.1716	-0.0983	-0.0353	-0.0909	-0.3117	0.3716	0.0044	0.2033	-0.0291	0.0173	0.4335	0.0269	0.377	54.2202	-7.2844	68.237
14	1.4175	0.4564	0.5228	0.2339	0.3235	0.6864	-0.4438	0.6042	0.0478	-0.0191	-0.2255	0.5456	-0.076	-0.0157	-0.6826	0.3108	0.0516	0.0314	0.4765	-0.0033	0.6599	41.7412	-3.2453	56.4175
15	2.0557	-1.2181	0.4207	1.3373	-0.0715	0.4915	0.0534	-0.0315	-0.2777	-0.0509	-0.0486	-0.0222	0.0403	-0.083	0.0028	0.2135	-0.0423	-0.004	0.3495	-0.0151	0.3713	39.4737	-16.5276	70.8477
16	0.0725	0.0941	-0.0249	0.1046	0.0687	0.1049	0.056	-0.2133	-0.0747	-0.1042	0.0815	0.0994	-0.0632	-0.0813	0.0001	0.3602	-0.0319	0.0061	0.497	-0.0345	0.4422	33.2158	-4.7578	76.4057
17	2.5096	-0.0523	-0.5848	0.4913	-0.8211	1.4178	0.0092	0.1213	-0.3786	-0.0838	-0.0886	0.1164	0.0055	0.1537	0	0.2571	-0.0148	-0.0026	0.4295	-0.0993	0.534	17.782	-15.3621	61.0971
18	2.5653	0.5675	-0.611	0.9174	-1.3029	1.4711	-0.1155	0.1336	-0.225	-0.0512	0.0731	0.0116	0.0902	0.1338	-0.0018	0.3503	0.0379	-0.0151	0.5023	-0.1176	0.5237	22.2405	-12.525	61.9566
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62	1.6787	0.5807	-0.6655	0.4286	-0.6439	0.9155	-0.0445	0.6004	0.2261	-0.0175	-0.0966	0.2284	0.0051	-0.0034	-0.1453	0.4245	-0.0141	0.015	0.5086	-0.1144	0.3445	-12.3298	9.138	160.7293
63	0.8216	-0.5718	-0.5074	0.3681	0.1601	1.0923	-0.1582	0.2924	0.0177	-0.1648	0.0643	-0.0848	0.0487	0.1247	-0	0.3767	-0.1449	-0.0124	0.4666	0.0325	0.3296	-15.7981	13.3715	157.1064
64	0.9126	-0.7351	0.3562	0.9151	-0.2903	0.1781	-0.2472	-0.5026	0.6898	-0.1289	-0.0431	-0.378	-0.5267	-0.1007	-0.1247	0.7957	-0.0526	0.0611	0.6843	-0.0466	0.6859	41.0665	51.8798	59.044
65	1.1402	-1.0485	0.4158	0.9168	-0.3535	0.1653	0.1963	0.2779	-0.9567	-0.3307	0.4121	0.2592	0.1179	0.1487	0.0923	0.6293	-0.0711	0.1173	0.5765	-0.0654	0.5304	51.3928	26.5973	50.462
66	0.3989	-0.4904	0.0962	0.7452	0.309	0.5149	-0.2186	0.0553	0.545	0.1103	0.1424	-0.4066	-0.1419	-0.0056	-0.0001	0.5005	0.0149	0.0305	0.4974	-0.0081	0.7095	40.3241	47.3074	59.5364
67	0.7956	0.1163	-0.8016	1.3856	0.5914	1.113	-0.0333	0.1922	-0.1798	-0.241	0.1029	-0.3877	0.0411	0.3737	0.0001	0.4368	-0.0312	0.1117	0.4378	0.0036	0.5645	47.5697	31.3968	57.4104
68	0.8423	0.8202	-0.0543	0.9553	-0.4408	0.5087	-0.1449	0.0006	-0.1572	-0.0121	0.1376	-0.1449	0.0516	-0.0139	-0	0.5362	0.0364	0.0295	0.4749	-0.0572	0.5487	31.1845	24.7444	65.8254
69	0.748	0.1634	0.0129	0.6163	0.0422	0.356	-0.0644	-0.0423	0.277	-0.1464	0.0333	-0.1783	-0.1101	0.1844	-0	0.4643	0.0049	0.019	0.3512	-0.0088	0.3495	35.3081	37.3869	57.8535
70	0.7217	-0.0208	0.5326	0.4649	0.1922	0.4668	-0.0148	-0.088	0.2623	-0.3801	0.0623	0.2884	0.1422	0.1254	0.0006	0.6288	0.0252	0.0502	0.4047	-0.0299	0.3644	27.2095	17.9974	59.2628
71	1.0521	0.3386	-0.2912	0.5315	-0.6284	1.4436	-0.0302	0.0584	0.1533	0.0979	-0.1746	0.3168	-0.0849	-0.1541	-0.0001	0.3911	0.0817	0.0258	0.5327	-0.1007	0.4614	14.934	29.3908	74.1088
72	1.6305	-0.2622	-0.3356	0.7456	0.5699	0.4738	-0.0264	0.1633	-0.0568	-0.1027	0.0066	-0.03	-0.1416	0.0148	-0	0.497	-0.0679	0.0468	0.4781	-0.0514	0.4576	19.4764	26.8187	72.2125

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:58)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 59:141)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 142:181)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 182:233)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 242:294)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 295:336)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 337:373)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 374:435)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 436:516)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 1:58)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 59:69)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 70:136)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 137:180)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 181:197)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 198:331)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 332:369)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 373:435)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 436:516)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain C and resid 1:65)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain C and resid 66:143)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 144:203)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 204:293)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 294:373)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 374:383)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 384:443)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 444:460)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 461:516)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain D and resid 1:74)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain D and resid 75:112)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain D and resid 113:182)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 183:201)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 202:311)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain D and resid 312:396)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain D and resid 397:443)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain D and resid 444:461)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain D and resid 465:516)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain E and resid 1:48)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain E and resid 49:140)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain E and resid 141:197)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain E and resid 198:293)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain E and resid 294:358)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain E and resid 359:376)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain E and resid 377:402)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain E and resid 403:437)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain E and resid 438:516)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain F and resid 1:58)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain F and resid 59:81)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain F and resid 82:145)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain F and resid 146:197)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain F and resid 198:293)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain F and resid 294:363)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain F and resid 364:388)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain F and resid 389:434)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain F and resid 435:516)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain G and resid 1:52)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain G and resid 53:142)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain G and resid 143:202)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain G and resid 203:293)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain G and resid 294:335)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain G and resid 336:381)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain G and resid 382:410)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain G and resid 411:447)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain G and resid 448:516)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain H and resid 1:51)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(chain H and resid 52:70)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	(chain H and resid 71:122)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	(chain H and resid 123:181)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	(chain H and resid 182:233)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	(chain H and resid 234:336)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	(chain H and resid 337:373)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	(chain H and resid 374:435)
72	X-RAY DIFFRACTION	72	(chain H and resid 436:515)

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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