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- PDB-4z0l: The murine cyclooxygenase-2 complexed with a nido-dicarbaborate-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z0l
タイトルThe murine cyclooxygenase-2 complexed with a nido-dicarbaborate-containing indomethacin derivative
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cyclooxygenase / indomethacin / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to lead ion / response to nematode / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of neuroinflammatory response / response to fructose / cyclooxygenase pathway / positive regulation of smooth muscle contraction / response to fatty acid / positive regulation of fever generation / response to vitamin D / cellular response to fluid shear stress / prostaglandin secretion / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / response to manganese ion / nuclear outer membrane / response to angiotensin / nuclear inner membrane / negative regulation of smooth muscle contraction / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to ATP / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to tumor necrosis factor / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / positive regulation of vasoconstriction / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / : / response to cytokine / learning / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / peroxidase activity / caveola / memory / regulation of blood pressure / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / cellular response to hypoxia / angiogenesis / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LA / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-N1B / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Xu, S. / Neumann, W. / Banerjee, S. / Hey-Hawkins, E. / Marnett, L.J.
資金援助 米国, ドイツ, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA89450 米国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
the Fonds der Chemischen Industrie ドイツ
the Free State of SaxonyESF-NFG 100148835 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2016
タイトル: nido-Dicarbaborate Induces Potent and Selective Inhibition of Cyclooxygenase-2.
著者: Neumann, W. / Xu, S. / Sarosi, M.B. / Scholz, M.S. / Crews, B.C. / Ghebreselasie, K. / Banerjee, S. / Marnett, L.J. / Hey-Hawkins, E.
履歴
登録2015年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22016年2月3日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
C: Prostaglandin G/H synthase 2
D: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,77933
ポリマ－269,3314
非ポリマー10,44829
水11,746652
1
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,74316
ポリマ－134,6652
非ポリマー5,07814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10870 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area42350 Å2
手法PISA
2
C: Prostaglandin G/H synthase 2
D: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,03517
ポリマ－134,6652
非ポリマー5,37015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11310 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area42220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.944, 135.011, 124.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein


分子量: 67332.711 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 18-604 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 / プラスミド: pVL1393 / 細胞株 (発現宿主): sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

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糖 , 3種, 17分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 664分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-4LA / (R)-7-{[5-methoxy-2-methyl-3-(methoxycarbonylmethyl)-1H-indolyl]carbonyl}-7,8-dicarba-nido-dodeca-hydroundecaborate


分子量: 381.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H14B9NO4
#6: 化合物
ChemComp-N1B / (S)-7-{[5-methoxy-2-methyl-3-(methoxycarbonylmethyl)-1H-indolyl]carbonyl}-7,8-dicarba-nido-dodeca-hydroundecaborate


分子量: 381.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H14B9NO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: mCOX-2 protein reconstituted with a 2-fold molar excess of heme in phosphtate buffer, pH 6.7, 100 mM NaCl, 1.2% (w/v) -OG, and 0.1% NaN3, and 10-fold molar excess of inhibitors from 25 mM ...詳細: mCOX-2 protein reconstituted with a 2-fold molar excess of heme in phosphtate buffer, pH 6.7, 100 mM NaCl, 1.2% (w/v) -OG, and 0.1% NaN3, and 10-fold molar excess of inhibitors from 25 mM DMSO stocks were added to protein samples. Mixing 3 uL of the protein-inhibitor complex with 3 uL crystallization solution containing 50 mM EPPS, pH 8.0, 120 mM MgCl2, 22-26% PEG MME-550 against reservoir solutions comprised of 50 mM EPPS pH 8.0, 120 mM MgCl2, 22-26% PEG MME-550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 135815 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0609 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1949 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NT1

3nt1


解像度: 2.29→49.6 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 4042 2.99 %Random selection
Rwork0.21 ---
obs0.212 135407 98.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17860 0 736 652 19248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00819332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94626757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6847091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0292749
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.31320.4107980.33683373X-RAY DIFFRACTION74
2.3132-2.34140.35961430.32114538X-RAY DIFFRACTION100
2.3414-2.3710.33631280.31214537X-RAY DIFFRACTION100
2.371-2.40220.32711300.29994551X-RAY DIFFRACTION100
2.4022-2.43510.3261540.28914543X-RAY DIFFRACTION99
2.4351-2.46990.36681360.27934485X-RAY DIFFRACTION99
2.4699-2.50680.31861500.27184556X-RAY DIFFRACTION99
2.5068-2.5460.30141360.25824537X-RAY DIFFRACTION99
2.546-2.58770.32661350.2614548X-RAY DIFFRACTION99
2.5877-2.63230.35681380.26544479X-RAY DIFFRACTION99
2.6323-2.68020.27031450.25114499X-RAY DIFFRACTION99
2.6802-2.73170.27321410.24614544X-RAY DIFFRACTION99
2.7317-2.78750.2451250.24234579X-RAY DIFFRACTION100
2.7875-2.84810.31611600.24954524X-RAY DIFFRACTION100
2.8481-2.91430.31961340.25444583X-RAY DIFFRACTION100
2.9143-2.98720.28571460.24954555X-RAY DIFFRACTION100
2.9872-3.0680.30531320.24454594X-RAY DIFFRACTION99
3.068-3.15820.26691420.24214546X-RAY DIFFRACTION100
3.1582-3.26010.27771400.23264587X-RAY DIFFRACTION100
3.2601-3.37660.25031460.2364577X-RAY DIFFRACTION99
3.3766-3.51180.26531310.22014523X-RAY DIFFRACTION99
3.5118-3.67160.29421440.20414609X-RAY DIFFRACTION100
3.6716-3.86510.20451330.1794616X-RAY DIFFRACTION99
3.8651-4.10710.19461510.16984598X-RAY DIFFRACTION99
4.1071-4.42410.17551490.16154604X-RAY DIFFRACTION100
4.4241-4.86890.19661360.1584610X-RAY DIFFRACTION99
4.8689-5.57270.20231460.16544606X-RAY DIFFRACTION98
5.5727-7.01780.2461480.19234720X-RAY DIFFRACTION100
7.0178-49.61350.20821450.18074744X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1553-0.82030.76780.96220.26441.3963-0.0224-0.56360.10660.4175-0.08480.2002-0.22-0.20.10350.4935-0.02020.06860.79330.02290.3456118.157937.157692.3182
24.09070.593-2.34052.7342-0.68282.39430.4466-0.1480.8175-0.0203-0.05910.3985-0.3914-0.1043-0.34320.59510.03230.1950.5051-0.11490.5786111.327764.371475.8878
33.2583-0.2104-0.10330.6607-0.51481.05650.0970.1726-0.0327-0.0635-0.10520.01250.0154-0.18420.00260.2897-0.00530.00770.43360.01450.2365113.389635.934866.5657
42.7080.61780.38930.90410.84281.1657-0.01120.40030.1612-0.2020.14880.09030.0132-0.2546-0.12560.35350.04780.02490.64970.15310.3037119.883246.058441.564
52.35520.444-0.881.1508-0.42211.36530.21760.3480.57120.1285-0.03890.0627-0.2698-0.1687-0.19780.36480.06830.04820.41930.11540.3567120.717353.282662.2392
63.28143.3764-1.05465.26810.13393.3463-0.26850.57480.1138-0.5990.30880.5373-0.0323-0.994-0.02810.42570.0994-0.02811.070.18010.522999.997147.581644.2181
72.83220.16410.07231.38040.60761.59380.1219-0.25830.02840.1703-0.0850.3112-0.0847-0.5194-0.03310.30470.00180.05280.58810.08620.2736102.016739.394573.147
86.7475-0.06272.38821.1894-0.23932.2470.17540.10570.7935-0.0572-0.16420.0374-0.1376-0.20110.03070.38490.08380.10730.3460.03280.4177121.277560.324455.5835
94.0145-1.10662.24122.306-0.44342.2565-0.25140.23120.90140.29140.0011-0.1209-0.44150.52090.23040.5416-0.09980.14960.38580.05420.7775146.399766.658462.8102
102.2807-0.04610.37490.79330.13093.17910.1233-0.39760.41880.2921-0.09230.0095-0.0441-0.2054-0.06610.4106-0.11090.04470.362-0.04980.4046147.67550.490478.728
112.41120.6737-0.41221.578-0.66621.3194-0.00450.0071-0.1752-0.1358-0.0653-0.16430.13140.13320.07250.27380.0080.0040.31720.02660.2036150.649728.114767.5353
121.4850.073-0.35960.3436-0.24010.83160.0702-0.23830.06660.0468-0.1166-0.1266-0.06550.29310.03890.3179-0.0568-0.01850.46220.04410.3286154.571837.409373.9823
133.1853-2.1854-0.63093.55490.99351.1463-0.23-0.96350.0360.46950.2789-0.25950.07560.1827-0.03720.42420.0224-0.02360.91280.01180.3834158.681929.821630.2529
142.7559-0.94051.55173.18990.28771.9777-0.044-0.312-0.80470.17460.01280.13660.30520.02540.05980.5020.06830.05360.42290.23090.5852165.36162.791413.5456
152.8972-0.6254-0.35190.98570.67650.8613-0.0384-0.23560.2004-0.03430.0216-0.0075-0.08910.27080.03060.2847-0.00720.00520.35710.07580.3033163.598831.30994.5525
164.48170.6123-1.02882.1269-0.83993.4148-0.060.43840.0222-0.19820.0765-0.0282-0.13790.1263-0.010.2561-0.00970.00290.3298-0.03810.2139157.125521.5885-20.6162
172.55310.4110.79510.44030.20071.16750.0306-0.022-0.27460.0535-0.01070.11920.19720.0622-0.03330.32010.02180.01280.29170.0410.385156.134414.1154-0.0383
184.36754.16022.74385.69330.04355.9224-0.12290.8404-0.3773-0.52130.3308-0.5382-0.08570.8621-0.18950.3480.01250.07020.6673-0.07490.413176.921619.8757-17.909
192.2006-0.0005-0.3171.0916-0.14611.81-0.0122-0.4692-0.01730.14860.0562-0.1410.02870.4255-0.04260.26330.0225-0.00930.49310.0210.3301174.9127.67511.1428
205.4717-0.4374-1.47071.17470.79211.8934-0.21760.0829-0.95570.0227-0.03870.13930.2990.25080.27390.38670.0670.03840.25720.0590.4466155.55517.1983-6.7971
213.7531-1.2198-1.59972.78610.05451.2352-0.38520.2011-0.87890.30060.08510.27820.4756-0.29340.24120.4257-0.04780.07440.2856-0.01380.6978130.24091.02030.2157
221.68080.1012-0.84790.022-0.10582.4974-0.0726-0.2118-0.40770.2008-0.17180.0739-0.1142-0.11830.30040.3848-0.01110.05760.33480.10340.4348129.03616.971716.388
233.7784-0.9394-0.49041.44210.52171.16440.04320.7109-0.4998-0.1877-0.11140.35920.0403-0.31080.0660.3569-0.01710.0210.4385-0.05670.4522119.57519.3904-8.9089
242.26820.69640.44080.85490.87660.97410.0474-0.02070.1219-0.0338-0.02780.0903-0.1866-0.0699-0.00210.26910.04390.01920.23130.00390.3644127.778141.95888.1037
255.7460.99911.88941.7161-0.13527.563-0.217-0.00520.5393-0.11170.00990.1805-0.4392-0.13220.2650.29030.03570.00720.1864-0.03440.4252128.932949.477610.8407
261.88770.10860.16210.70560.31491.0814-0.0352-0.16170.02360.034-0.04140.1967-0.0049-0.17970.07830.23960.00060.03710.29730.00970.3114121.578531.455411.1727
271.34060.1435-0.13980.81740.43151.4631-0.0154-0.2183-0.10060.0789-0.11380.19720.0953-0.22250.09740.2550.01660.01460.24460.05220.3429123.621228.123412.6907
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 33:85 )A33 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 86:120 )A86 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 121:237 )A121 - 237
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 238:319 )A238 - 319
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 320:390 )A320 - 390
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 391:428 )A391 - 428
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 429:534 )A429 - 534
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 535:582 )A535 - 582
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 33:85 )B33 - 85
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 86:143 )B86 - 143
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 144:319 )B144 - 319
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 320:582 )B320 - 582
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 33:85 )C33 - 85
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 86:120 )C86 - 120
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 121:237 )C121 - 237
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 238:319 )C238 - 319
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 320:390 )C320 - 390
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 391:428 )C391 - 428
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 429:534 )C429 - 534
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 535:582 )C535 - 582
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 33:85 )D33 - 85
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 86:143 )D86 - 143
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 144:181 )D144 - 181
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 182:269 )D182 - 269
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 270:319 )D270 - 319
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 320:485 )D320 - 485
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN D AND RESID 486:582 )D486 - 582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る