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万見
- PDB-4z09: Crystal structure of FVO strain Plasmodium falciparum AMA1 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z09
タイトルCrystal structure of FVO strain Plasmodium falciparum AMA1 in complex with the RON2hp [Thr2040Ala] peptide
要素
  • Apical membrane antigen 1
  • Rhoptry neck protein 2
キーワードCELL INVASION / inhibitor / AMA1 / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


rhoptry neck / membrane
類似検索 - 分子機能
Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Apical membrane antigen 1 / Rhoptry neck protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum Vietnam Oak-Knoll (マラリア病原虫)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, G. / McGowan, S. / Norton, R.S. / Scanlon, M.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1025150 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Activity Studies of beta-Hairpin Peptide Inhibitors of the Plasmodium falciparum AMA1-RON2 Interaction.
著者: Wang, G. / Drinkwater, N. / Drew, D.R. / MacRaild, C.A. / Chalmers, D.K. / Mohanty, B. / Lim, S.S. / Anders, R.F. / Beeson, J.G. / Thompson, P.E. / McGowan, S. / Simpson, J.S. / Norton, R.S. / Scanlon, M.J.
履歴
登録2015年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen 1
C: Rhoptry neck protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9093
ポリマ－39,8172
非ポリマー921
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.075, 72.025, 115.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apical membrane antigen 1


分子量: 38333.805 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 104-438 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Vietnam Oak-Knoll (FVO) (マラリア病原虫)
株: FVO / 遺伝子: PFFVO_05649 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A024UZE1
#2: タンパク質・ペプチド Rhoptry neck protein 2


分子量: 1482.769 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1217-1229 / Mutation: T2040A / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKV6*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 15-20% PEG400, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.6, 0.1 M sodium acetate and 20% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9464 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年12月2日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9464 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.07 Å / Num. obs: 21689 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 15.23 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 227394 / Scaling rejects: 377
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2-2.057.70.85241114814390.5240.32691.5
8.94-38.0710.10.12318.931193090.8170.04399.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R1A

4r1a


解像度: 2→36.157 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 1061 4.9 %
Rwork0.1957 20574 -
obs0.1974 21635 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.41 Å2 / Biso mean: 20.882 Å2 / Biso min: 6.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→36.157 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2211 0 6 176 2393
Biso mean--42.76 24.36 -
残基数----283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5753101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.424821
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0003-2.09130.25971210.23472366248792
2.0913-2.20160.27061420.21332387252993
2.2016-2.33950.22271300.2082539266998
2.3395-2.52010.23871450.20172576272199
2.5201-2.77360.24841200.21392585270599
2.7736-3.17480.22641360.202126412777100
3.1748-3.9990.22151190.168326792798100
3.999-36.16330.20521480.183528012949100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.7489 Å / Origin y: 2.6222 Å / Origin z: -6.9913 Å
111213212223313233
T0.0943 Å2-0.001 Å20.0356 Å2-0.085 Å2-0.0026 Å2--0.0853 Å2
L0.9334 °2-0.2817 °20.3453 °2-2.3581 °2-0.433 °2--0.5989 °2
S0.0186 Å °0.1001 Å °0.056 Å °-0.2091 Å °-0.008 Å °-0.0077 Å °-0.0138 Å °0.0254 Å °-0.0157 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA108 - 438
2X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 13
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 293
4X-RAY DIFFRACTION1allB1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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