PDB-4z02: Crystal structure of BRD1 in complex with Isoquinoline-3-carboxyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z02

タイトル

Crystal structure of BRD1 in complex with Isoquinoline-3-carboxylic acid

要素

Bromodomain-containing protein 1

キーワード

HISTONE-BINDING PROTEIN / BRPF2 Fragment / BRD1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3-K14 acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / histone reader activity / positive regulation of erythrocyte differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

DONG, A. / IQBAL, A. / WALKER, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of BRD1 incomplex with Isoquinoline-3-carboxylic acid
著者: IQBAL, A. / DONG, A. / WALKER, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2015年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z02.cif.gz	108 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z02.ent.gz	82.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4z02_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z02_full_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示
XML形式データ	4z02_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	4z02_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lyiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lyi-1 3vya-d 2n87-d 2x4y-1 2hti-d 2kiu-d 1kdx-d 6j7w-2 4l1u-1 5hrx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (4)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 1

B: Bromodomain-containing protein 1

ヘテロ分子

28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bromodomain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.892, 44.980, 131.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 1 / BR140-like protein / Bromodomain and PHD finger-containing protein 2 分子量: 14251.785 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 925-1049 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD1, BRL, BRPF2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pRARE2-V2R / 参照: UniProt: O95696
#2: 化合物	ChemComp-4K8 / isoquinoline-3-carboxylic acid / イソキノリン-3-カルボン酸分子量: 173.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₇NO₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 28% PEG 2K MME, 0.1 M Bis-Tris pH6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 23181 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.08 / Χ²: 1.962 / Net I/av σ(I): 41.818 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 154100

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.86-1.89	5	0.885	1159	0.669	0.436	0.989	0.763	99.9
1.89-1.93	6	0.746	1113	0.779	0.332	0.818	0.815	100
1.93-1.96	6.5	0.617	1160	0.853	0.262	0.671	0.821	100
1.96-2	7.1	0.527	1126	0.917	0.21	0.568	0.865	100
2-2.05	7.2	0.437	1143	0.932	0.174	0.471	0.936	100
2.05-2.09	7.2	0.334	1136	0.96	0.132	0.359	0.959	100
2.09-2.15	7.2	0.261	1153	0.97	0.104	0.281	1.022	100
2.15-2.21	7.2	0.23	1142	0.98	0.092	0.248	1.101	100
2.21-2.27	7.2	0.185	1151	0.983	0.074	0.2	1.221	100
2.27-2.34	7.2	0.161	1148	0.989	0.064	0.173	1.255	100
2.34-2.43	7.2	0.15	1137	0.991	0.06	0.161	1.357	100
2.43-2.52	7.1	0.116	1162	0.994	0.047	0.125	1.434	100
2.52-2.64	7.1	0.106	1156	0.993	0.043	0.115	1.733	100
2.64-2.78	7	0.085	1162	0.996	0.035	0.092	1.804	100
2.78-2.95	6.9	0.074	1157	0.996	0.031	0.08	2.256	100
2.95-3.18	6.8	0.065	1179	0.997	0.027	0.071	2.742	99.9
3.18-3.5	6.5	0.059	1177	0.997	0.025	0.065	3.366	100
3.5-4.01	6.1	0.06	1183	0.995	0.027	0.065	4.778	99.7
4.01-5.05	5.6	0.057	1201	0.995	0.027	0.063	5.573	99.3
5.05-50	5	0.058	1236	0.984	0.03	0.066	6.265	94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
BUSTER	2.10.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LYI

3lyi

解像度: 1.87→20.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9334 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9298 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.151 / SU R_free Blow DPI: 0.138 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.136

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	743	3.22 %	RANDOM
R_work	0.2285	22303	-	-
obs	0.2293	23046	99.47 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.06 Å² / B_iso mean: 53.85 Å² / B_iso min: 24.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.1224 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.948 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.1744 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.331 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.87→20.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1713	0	40	96	1849
B_iso mean	-	-	42.83	50.52	-
残基数	-	-	-	-	223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	602	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	30	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	263	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1814	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	235	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	2093	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1814	HARMONIC	1.4	0.011
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2465	HARMONIC	1.6	1.03
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.51
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.07

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.95 Å / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2625	87	3.18 %
R_work	0.2462	2648	-
all	0.2467	2735	-
obs	-	-	99.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7375	1.4448	-0.883	2.0789	0.2987	2.6486	0.0556	-0.0956	0.3571	0.1418	-0.0435	0.0698	-0.1027	-0.2066	-0.0121	-0.1045	0.0171	-0.0147	-0.1169	-0.0332	-0.041	40.9073	45.2742	6.4722
2	0	-0.6826	-0.3129	3.8417	-0.8268	0.1012	0.0558	0.0592	-0.0317	0.026	-0.2533	-0.107	-0.2662	-0.3104	0.1975	0.0277	0.072	-0.0719	0.0231	-0.0176	0.1607	31.6518	52.1704	1.5503
3	4.9951	2.3553	0.795	4.1182	1.0013	3.4537	0.2029	-0.3511	0.0301	0.3565	-0.2007	0.2415	0.0048	-0.3719	-0.0023	-0.0963	0.0194	-0.0084	-0.0798	-0.0132	-0.0276	36.9989	40.9839	7.6567
4	1.4098	-0.7562	-2.0907	2.5033	0.2084	2.1447	-0.0347	-0.1016	0.1276	0.0512	0.1606	-0.5082	-0.0118	0.6621	-0.1259	-0.126	-0.0312	-0.0561	0.0011	-0.0434	0.0203	55.6912	42.9605	3.7026
5	1.1248	-1.5479	1.7066	1.4412	-0.8914	0.7855	-0.0247	0.1706	0.4158	-0.0832	0.1294	0.18	-0.441	0.0952	-0.1048	0.0004	-0.0166	0.0096	-0.1381	0.0447	0.0845	45.532	56.2283	0.1644
6	5.752	5.0081	3.4035	10.4577	3.8373	8.4359	0.0675	-0.2416	0.2186	0.293	-0.1885	-0.199	-0.3945	-0.3418	0.121	0.1092	0.0349	-0.304	-0.1134	-0.0467	-0.0815	59.5322	56.7831	26.4309
7	0.0002	-0.6207	4.1994	2.0951	1.6367	1.2407	-0.059	0.2082	0.3999	-0.1773	0.0224	-0.1571	-0.1635	0.1484	0.0366	0.2249	-0.0367	-0.304	-0.2079	-0.0224	0.0863	67.1803	70.506	27.3415
8	8.5839	5.1137	5.8026	7.0899	1.2292	0.0189	-0.1445	-0.1308	0.5109	0.0902	0.0979	-0.1147	-0.1176	-0.015	0.0466	0.177	0.1155	-0.304	-0.2139	-0.0674	-0.0687	62.1835	61.0594	27.0274
9	4.5774	-1.1725	4.8912	1.8681	0.5758	8.7001	-0.0695	0.037	-0.1239	0.1405	-0.0998	-0.1685	-0.2613	0.1323	0.1693	0.0438	-0.0044	-0.229	-0.1087	-0.0546	-0.15	57.9214	50.8177	20.3012
10	4.9652	-0.3542	-0.3424	2.4746	-0.6749	5.2271	0.1369	-0.2271	-0.2218	0.7421	-0.0698	-0.2506	0.0299	-0.8598	-0.0671	0.1766	-0.0417	-0.2564	0.009	0.0129	-0.1019	56.2662	46.6444	30.773

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|929 - A\|953 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|954 - A\|972 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|973 - A\|1012 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|1013 - A\|1037 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|1038 - A\|1047 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|930 - B\|967 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|968 - B\|980 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|981 - B\|999 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ B\|1000 - B\|1020 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ B\|1021 - B\|1047 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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