PDB-4yzf: Crystal structure of the anion exchanger domain of human erythroc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yzf

タイトル

Crystal structure of the anion exchanger domain of human erythrocyte Band 3

要素

(FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule) x 2
Band 3 anion transport protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Human membrane protein / anion exchanger / erythrocytes

機能・相同性

機能・相同性情報

pH elevation / Defective SLC4A1 causes hereditary spherocytosis type 4 (HSP4), distal renal tubular acidosis (dRTA) and dRTA with hemolytic anemia (dRTA-HA) / negative regulation of urine volume / Bicarbonate transporters / intracellular monoatomic ion homeostasis / ankyrin-1 complex / plasma membrane phospholipid scrambling / monoatomic anion transmembrane transporter activity / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Alguel, Y. / Arakawa, T. / Yugiri, T.K. / Iwanari, H. / Hatae, H. / Iwata, M. / Abe, Y. / Hino, T. / Suno, C.I. / Kuma, H. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the anion exchanger domain of human erythrocyte band 3.
著者: Arakawa, T. / Kobayashi-Yurugi, T. / Alguel, Y. / Iwanari, H. / Hatae, H. / Iwata, M. / Abe, Y. / Hino, T. / Ikeda-Suno, C. / Kuma, H. / Kang, D. / Murata, T. / Hamakubo, T. / Cameron, A.D. / ...

履歴

登録	2015年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yzf.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yzf.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yzf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/4yzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/4yzf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6met-d 1496 3ii6-d 1vkd-d 2jan-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Band 3 anion transport protein

B: Band 3 anion transport protein

C: Band 3 anion transport protein

D: Band 3 anion transport protein

E: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

F: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

G: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

H: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

I: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

J: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

K: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

L: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

ヘテロ分子

602 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Band 3 anion transport protein

B: Band 3 anion transport protein

E: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

F: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

G: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

H: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
301 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Band 3 anion transport protein

D: Band 3 anion transport protein

I: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

J: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

K: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

L: FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
301 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.825, 171.957, 271.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Band 3 anion transport protein / Anion exchange protein 1 / Anion exchanger 1 / Solute carrier family 4 member 1 分子量: 101883.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然詳細: Outward facing structure of human anion exchanger 1 (Band 3) in co-crystallised with FAB antibody fragments. 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02730
#2: 抗体	FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule 分子量: 23971.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule 分子量: 24108.564 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-4KU / 2,2'-ethane-1,2-diylbis{5-[(sulfanylmethyl)amino]benzenesulfonic acid} 分子量: 464.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀N₂O₆S₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 22-26 %(v/v) PEG300, 250 mM CH3COOK

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 84446 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1951)	精密化
xia2		データ削減
SHARP		位相決定
Coot		モデル構築
O		モデル構築
xia2		データスケーリング

精密化

解像度: 3.5→37.718 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2901	8122	5.01 %
R_work	0.2744	-	-
obs	0.2752	162116	94.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→37.718 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28724	0	0	0	28724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	29484
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.369	40148
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.232	10584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	4656
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4936

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4969-3.5366	0.4249	237	0.4044	4402	X-RAY DIFFRACTION	83
3.5366-3.5782	0.3693	250	0.3954	5024	X-RAY DIFFRACTION	91
3.5782-3.6218	0.4345	231	0.3846	4640	X-RAY DIFFRACTION	86
3.6218-3.6676	0.393	237	0.3681	4310	X-RAY DIFFRACTION	80
3.6676-3.7158	0.3816	244	0.3697	4899	X-RAY DIFFRACTION	89
3.7158-3.7667	0.3662	251	0.3586	5138	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7667-3.8204	0.3371	269	0.3441	5304	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8204-3.8774	0.3399	304	0.332	5112	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8774-3.9379	0.3088	230	0.3238	5337	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9379-4.0024	0.3474	279	0.3156	5242	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0024-4.0714	0.3202	263	0.3125	5291	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0714-4.1453	0.3677	255	0.3016	5249	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1453-4.2249	0.3102	310	0.2899	5291	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2249-4.3111	0.2924	302	0.2736	5237	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3111-4.4047	0.2902	274	0.266	5338	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4047-4.507	0.2433	248	0.2511	5248	X-RAY DIFFRACTION	97
4.507-4.6195	0.2988	259	0.2418	5375	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6195-4.7442	0.2302	317	0.2312	5235	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7442-4.8835	0.2283	293	0.2315	5263	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8835-5.0407	0.2215	299	0.2309	5273	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0407-5.2205	0.2648	277	0.2458	5300	X-RAY DIFFRACTION	96
5.2205-5.4289	0.2495	226	0.251	4718	X-RAY DIFFRACTION	88
5.4289-5.6752	0.3189	273	0.2612	5184	X-RAY DIFFRACTION	96
5.6752-5.9733	0.2569	292	0.2707	5339	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9733-6.3459	0.3403	270	0.2676	5383	X-RAY DIFFRACTION	98
6.3459-6.8332	0.3069	308	0.2835	5252	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8332-7.516	0.2772	277	0.2506	5331	X-RAY DIFFRACTION	98
7.516-8.5923	0.2414	314	0.2072	5250	X-RAY DIFFRACTION	97
8.5923-10.7833	0.2007	236	0.1902	5052	X-RAY DIFFRACTION	92
10.7833-37.7206	0.3151	297	0.327	4977	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8435	-0.4289	-1.2545	1.0744	-2.0058	4.7757	0.0586	-0.2662	0.6442	0.4585	0.0013	0.4752	-0.5886	-1.0979	-0.4415	0.7743	0.4852	-0.5488	0.5891	-0.0455	1.4631	8.3613	10.2181	43.366
2	0.9789	0.7148	-1.4398	0.9936	-1.3011	3.7738	0.1151	-0.0589	0.3401	0.4031	0.0176	0.7109	-0.1929	-1.0741	-0.0215	1.2609	0.3476	0.0256	1.4859	-0.1982	1.5411	-13.0546	-7.5687	87.7217
3	0.4536	0.7332	-2.1257	0.71	-1.2929	4.4989	-0.0742	-0.0257	0.5635	0.2258	0.3446	0.4242	-0.7989	-0.9909	-0.1867	0.9516	0.2597	-0.5079	0.8799	-0.2267	1.4403	-67.4898	11.4265	42.8411
4	0.9353	0.6269	-1.4577	1.0105	-1.2865	4.572	-0.0205	0.0046	0.3534	0.4238	-0.0359	0.7303	-0.3617	-1.1155	-0.0086	1.2714	0.4373	-0.0464	1.8687	-0.3774	1.5243	-88.5876	-5.6465	87.6102
5	2.1738	-1.746	-0.3889	2.3816	-0.004	2.7314	-0.3296	0.3473	-0.474	0.1037	-0.6236	-0.1266	0.5256	0.1991	-2.3615	0.891	0.5741	-0.102	0.7292	0.4801	1.3059	39.6424	-12.387	14.722
6	2.8603	-0.3828	-1.0747	4.011	0.9631	2.2176	-0.2118	0.1203	-0.921	-0.2517	0.7867	-0.3077	0.4998	-0.2745	1.4085	1.3457	0.5502	0.055	1.0165	0.3805	1.8764	70.8062	-33.6689	13.1944
7	2.2756	0.3499	-0.0517	0.8284	-0.1642	2.2349	-0.3819	-0.5729	-0.6652	0.1137	0.045	0.3061	0.7307	-0.1815	-0.9326	0.6223	1.5553	-0.2472	-0.2742	1.2548	1.1521	40.0364	-22.5757	34.1242
8	4.852	0.93	-0.6738	3.3919	1.4847	3.2097	0.2867	-1.177	-0.3564	-0.4216	-0.036	-0.68	-0.052	1.1207	-0.0303	1.2111	0.4363	-0.1064	1.3673	0.3989	1.4738	76.0109	-28.9986	27.2185
9	2.9141	-2.2046	0.3318	4.0299	-1.2762	1.6599	0.1074	0.1488	-0.2641	-0.0468	-0.2756	0.1985	-0.4035	0.4177	-0.1723	1.8526	0.1936	-0.2141	1.4825	-0.0544	0.988	6.0224	-39.9278	117.6749
10	3.1344	0.6925	-1.0434	2.0323	-0.5166	4.8614	0.0639	0.4486	-1.2882	0.7609	0.102	-0.8008	1.234	0.7482	0.0708	2.1978	0.2532	0.1945	1.8205	0.2615	2.2016	29.7385	-61.7528	125.1843
11	2.1098	-0.1083	-0.3399	2.8599	-0.8821	1.8369	0.5232	0.883	0.4267	-0.8737	-0.5285	-0.7359	-0.4153	0.2252	-0.0992	1.8078	0.1503	0.2107	1.7277	0.0316	1.644	17.0916	-40.5783	98.9132
12	0.2819	-0.6228	-0.0298	4.6271	-1.8172	0.8161	0.2499	-0.5621	-0.0691	0.3301	0.1099	-0.2614	-0.3833	0.6399	0.7142	2.7734	0.8422	0.3784	2.6415	-0.2063	2.2369	31.1609	-72.715	114.1155
13	4.4611	-1.7904	-0.6902	3.4706	-1.1208	6.6595	-0.2928	0.2198	-0.2476	0.5857	-0.0412	-0.1276	0.2568	-0.2118	0.3523	0.8404	-0.0379	-0.1852	0.6669	-0.0582	1.081	-39.1732	-12.8311	12.5171
14	1.9509	-0.189	-0.7972	4.3003	0.9005	1.1956	-1.1547	-0.5815	-1.1274	0.6495	0.4617	-0.9737	2.4713	2.5151	1.3496	3	1.2217	0.7889	2.8622	0.2128	2.8262	-10.3713	-36.715	9.7906
15	4.3704	0.1782	-0.3952	2.0044	-0.3331	4.8002	-0.1092	-0.4756	-0.3343	0.6033	0.3493	0.2694	0.266	0.2709	-0.2054	1.283	0.2459	0.0424	0.7774	-0.0382	1.4663	-39.8082	-23.7234	31.4683
16	3.9783	-0.4481	-2.0852	2.7503	3.2378	4.5276	0.396	-0.4869	1.4736	-1.834	0.6798	-1.1602	-0.0415	1.3336	0.7042	3.3187	0.3764	-0.6999	2.0277	1.0281	3.0806	-4.935	-32.7436	23.9369
17	2.9773	-2.0834	0.4031	4.0918	-1.6955	1.3379	-0.2865	0.2497	-0.2734	-0.057	0.0884	0.48	-0.2638	0.1271	-0.1696	1.7109	0.0235	-0.1946	1.4958	-0.2558	1.019	-71.035	-39.6962	116.7536
18	3.2124	0.5078	-0.9527	1.8827	-0.9513	4.8226	0.3507	-0.3448	-0.5716	0.5252	-0.3673	-0.6745	1.9402	0.6987	0.0927	2.3596	0.1436	0.1052	1.5506	0.0637	2.1285	-48.6915	-62.7026	123.9679
19	2.0723	-0.3026	-0.3589	2.8223	-0.7561	2.0349	0.2176	0.278	0.4535	-0.4382	-0.3729	-0.8001	-0.1173	-0.1999	-0.0895	1.7144	0.003	0.1936	1.6979	-0.0651	1.5227	-60.4141	-40.8949	97.7628
20	0.1287	-0.4003	0.177	4.6883	-2.1274	0.8861	0.5395	-1.1525	1.0577	0.8685	-0.2637	-0.2105	0.1173	0.2946	0.7021	2.8099	0.356	0.3991	2.2833	-0.6246	2.0877	-47.7799	-73.796	113.0596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E and resi 1:121
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain E and resi 122:223
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain F and resi 1:111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain F and resi 112:218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain G and resi 1:121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain G and resi 122:223
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain H and resi 1:111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain H and resi 112:218
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain I and resi 1:121
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain I and resi 122:223
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain J and resi 1:111
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain J and resi 112:218
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain K and resi 1:121
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain K and resi 122:223
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain L and resi 1:111
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain L and resi 112:218

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)