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- PDB-4yyl: Phenolic acid derivative bound to influenza strain H1N1 polymeras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yyl
タイトルPhenolic acid derivative bound to influenza strain H1N1 polymerase subunit PA endonuclease
要素Polymerase acidic protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis ...cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral Messenger RNA Synthesis / vRNP Assembly / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / Viral mRNA Translation / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / hydrolase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Restriction Endonuclease / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4KN / : / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.905 Å
Model detailsRNA binding protein
データ登録者Fudo, S. / Yamamoto, N. / Nukaga, M. / Odagiri, T. / Tashiro, M. / Neya, S. / Hoshino, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science24590548 日本
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and computational study on inhibitory compounds for endonuclease activity of influenza virus polymerase
著者: Fudo, S. / Yamamoto, N. / Nukaga, M. / Odagiri, T. / Tashiro, M. / Neya, S. / Hoshino, T.
履歴
登録2015年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3417
ポリマ－22,3001
非ポリマー1,0416
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.766, 66.766, 126.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 22300.494 Da / 分子数: 1 / 断片: endonuclease, residues 1-50, 73-197 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET50b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P03433
#2: 化合物 ChemComp-4KN / 2-(4-fluorophenoxy)-1-(2,3,4-trihydroxyphenyl)ethanone


分子量: 278.233 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11FO5
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 100 mM MES, 1.1 M ammonium sulfate, 0.1 M potassium chloride, 9 % trehalose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22713 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 40.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 1.015 / Net I/av σ(I): 12.676 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 310070
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.9-1.9312.711220.5720.6561.091100
1.93-1.971411330.770.4260.902100
1.97-2.0114.311270.8460.3490.861100
2.01-2.0514.311320.8630.2640.9531000.97
2.05-2.0913.511270.890.2451.1451000.8660.901
2.09-2.1414.411350.950.1540.9141000.5710.591
2.14-2.1914.411320.9680.1210.9291000.4460.462
2.19-2.251411310.9690.1121.08499.90.4050.42
2.25-2.3214.411410.980.0951.0791000.350.363
2.32-2.3914.411320.9840.081.0861000.2930.304
2.39-2.4814.411640.9860.0680.99299.90.250.259
2.48-2.5814.411470.9870.0581.0331000.2120.22
2.58-2.71411510.9880.0551.0641000.1990.207
2.7-2.8414.311430.9910.0451.0521000.1630.17
2.84-3.021411690.9880.0391.02299.90.1430.148
3.02-3.2513.811580.9910.0371.03299.60.1330.138
3.25-3.581311530.9850.0370.97898.10.1240.13
3.58-4.0911.911150.9780.040.9993.60.1260.133
4.09-5.1611.710740.9760.0451.03588.50.140.147
5.16-5011.211270.9570.0591.09385.40.1880.198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M5Q

4m5q


解像度: 1.905→32.274 Å / FOM work R set: 0.83 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2337 1168 5.16 %Random selection
Rwork0.1961 21482 --
obs0.198 22650 98.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.35 Å2 / Biso mean: 43.87 Å2 / Biso min: 23.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.905→32.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1493 0 67 170 1730
Biso mean--58.89 53.57 -
残基数----181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6122137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.613593
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9046-1.99130.3271520.282226522804100
1.9913-2.09630.27371370.235826972834100
2.0963-2.22760.24481520.19826862838100
2.2276-2.39950.23771560.195226682824100
2.3995-2.64090.24891520.198527232875100
2.6409-3.02280.23311500.191727332883100
3.0228-3.80750.2181340.18392729286398
3.8075-32.27840.22521350.19532594272988

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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