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- PDB-4yye: Crystal structure of the yeast mitochondrial threonyl-tRNA synthe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yye
タイトルCrystal structure of the yeast mitochondrial threonyl-tRNA synthetase (MST1) in complex with the canonical tRNAThr and threonyl sulfamoyl adenylate
要素
  • Threonine--tRNA ligase, mitochondrial
  • tRNA
キーワードLigase/RNA / aminoacyl-tRNA synthetase / ThrRS / MST1 / tRNA / ribonucleoprotein complex / Ligase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase / threonine-tRNA ligase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / : / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / : / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-(N-(L-THREONYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / RNA / RNA (> 10) / Threonine--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Holman, K.M. / Simonovic, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM097042 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM115431 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of yeast mitochondrial ThrRS in complex with the canonical threonine tRNA.
著者: Holman, K.M. / Wu, J. / Ling, J. / Simonovic, M.
履歴
登録2015年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22016年3月16日Group: Data collection
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine--tRNA ligase, mitochondrial
B: Threonine--tRNA ligase, mitochondrial
C: tRNA
D: tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,01412
ポリマ－155,6044
非ポリマー1,4108
水11,458636
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17420 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area51190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.021, 77.228, 86.157
Angle α, β, γ (deg.)63.86, 75.04, 89.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Threonine--tRNA ligase, mitochondrial / Threonyl-tRNA synthetase / ThrRS


分子量: 53473.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MST1, YKL194C / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: P07236, threonine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 tRNA


分子量: 24328.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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非ポリマー , 4種, 644分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-TSB / 5'-O-(N-(L-THREONYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(L-トレオニルスルファモイル)アデノシン


分子量: 447.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N7O8S
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M lithium sulfate 2.0M ammonium sulfate 0.1M Tris
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 60476 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 25.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1.365 / Net I/av σ(I): 13.297 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 136098
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.3420.31230721.5790
2.34-2.382.10.30130991.32591.1
2.38-2.432.10.3130951.54991.4
2.43-2.482.20.27531261.61890.6
2.48-2.532.20.26330221.40390.2
2.53-2.592.10.27630411.47389.7
2.59-2.662.20.2131431.08791.2
2.66-2.732.20.19830121.10989.7
2.73-2.812.30.18331501.05592.2
2.81-2.92.30.15831080.98291.5
2.9-32.30.14531501.06191.9
3-3.122.30.1230821.09991.4
3.12-3.262.30.11330761.24790.3
3.26-3.442.20.10130701.43489.6
3.44-3.652.20.09125861.42876.2
3.65-3.932.40.08728891.5885.3
3.93-4.332.40.07528121.51382.1
4.33-4.952.30.07330141.70488.9
4.95-6.242.40.07229981.55488.3
6.24-502.50.06329311.61286.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UH0

3uh0


解像度: 2.301→44.452 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 2868 4.9 %random selection
Rwork0.1601 ---
obs0.1622 58564 86.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→44.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6744 3109 82 636 10571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12214949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6244355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3015-2.34120.26581450.20012848X-RAY DIFFRACTION88
2.3412-2.38370.29941490.19632921X-RAY DIFFRACTION91
2.3837-2.42960.22641080.212299X-RAY DIFFRACTION71
2.4296-2.47920.29151240.20222974X-RAY DIFFRACTION90
2.4792-2.53310.27241410.20042466X-RAY DIFFRACTION90
2.5331-2.5920.24421170.20752367X-RAY DIFFRACTION82
2.592-2.65680.27451740.19592920X-RAY DIFFRACTION90
2.6568-2.72860.24351400.19922873X-RAY DIFFRACTION89
2.7286-2.80890.24881360.20153006X-RAY DIFFRACTION92
2.8089-2.89960.24531840.22924X-RAY DIFFRACTION91
2.8996-3.00320.26691600.19682977X-RAY DIFFRACTION92
3.0032-3.12340.2231620.17892918X-RAY DIFFRACTION91
3.1234-3.26550.2511440.16912922X-RAY DIFFRACTION90
3.2655-3.43760.18161680.1552901X-RAY DIFFRACTION89
3.4376-3.65290.1609970.14312478X-RAY DIFFRACTION76
3.6529-3.93480.16471150.13252764X-RAY DIFFRACTION85
3.9348-4.33040.13061310.1162692X-RAY DIFFRACTION82
4.3304-4.95630.15451730.11552824X-RAY DIFFRACTION89
4.9563-6.24170.16941480.13522854X-RAY DIFFRACTION88
6.2417-44.46030.15761520.14292768X-RAY DIFFRACTION86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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