登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yye |
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タイトル | Crystal structure of the yeast mitochondrial threonyl-tRNA synthetase (MST1) in complex with the canonical tRNAThr and threonyl sulfamoyl adenylate |
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要素 | - Threonine--tRNA ligase, mitochondrial
- tRNA
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キーワード | Ligase/RNA / aminoacyl-tRNA synthetase / ThrRS / MST1 / tRNA / ribonucleoprotein complex / Ligase-RNA complex |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
mitochondrial threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase / threonine-tRNA ligase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding類似検索 - 分子機能 Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / : / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / : / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 5'-O-(N-(L-THREONYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / RNA / RNA (> 10) / Threonine--tRNA ligase, mitochondrial類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | ![](img/tx_yeast.gif) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å |
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データ登録者 | Holman, K.M. / Simonovic, M. |
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資金援助 | 米国, 3件 組織 | 認可番号 | 国 |
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National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) | R01 GM097042 | 米国 | National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) | R01 GM115431 | 米国 | Department of Energy (DOE, United States) | DE-AC02-06CH11357 | 米国 |
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: The crystal structure of yeast mitochondrial ThrRS in complex with the canonical threonine tRNA. 著者: Holman, K.M. / Wu, J. / Ling, J. / Simonovic, M. |
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履歴 | 登録 | 2015年3月23日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2016年1月6日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2016年3月2日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2016年3月16日 | Group: Data collection |
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改定 1.3 | 2020年1月1日 | Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation |
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改定 1.4 | 2023年9月27日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id |
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