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- PDB-4yxk: Crystal structure of Elk prion protein complexed with POM1 FAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yxk
タイトルCrystal structure of Elk prion protein complexed with POM1 FAB
要素
  • Major prion protein
  • POM1 FAB HEAVY CHAIN
  • POM1 FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / PRION / ANTIBODY / Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / protein homooligomerization / copper ion binding / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain / Immunoglobulins ...Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cervus elaphus nelsoni (キジリジカ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.805 Å
データ登録者Baral, P.K. / Swayampakula, M. / James, M.N.G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
APRI カナダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: X-ray structural and molecular dynamical studies of the globular domains of cow, deer, elk and Syrian hamster prion proteins.
著者: Baral, P.K. / Swayampakula, M. / Aguzzi, A. / James, M.N.
履歴
登録2015年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major prion protein
H: POM1 FAB HEAVY CHAIN
L: POM1 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8624
ポリマ－62,8393
非ポリマー231
水1,31573
1
A: Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9321
ポリマ－15,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6840 Å2
手法PISA
2
H: POM1 FAB HEAVY CHAIN
L: POM1 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9303
ポリマ－46,9072
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.674, 105.509, 76.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Major prion protein / PrP


分子量: 15931.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cervus elaphus nelsoni (キジリジカ)
遺伝子: PRNP, PRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67986
#2: 抗体 POM1 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23397.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 POM1 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23509.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 15989 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H88, 4DGI

4h88

4dgi


解像度: 2.805→42.161 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3526 809 5.07 %
Rwork0.2998 --
obs0.3026 15958 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.805→42.161 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4134 0 1 73 4208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.2095756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2371528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8046-2.98030.44181530.34272388X-RAY DIFFRACTION94
2.9803-3.21040.40331480.31982507X-RAY DIFFRACTION97
3.2104-3.53330.34391150.29852557X-RAY DIFFRACTION98
3.5333-4.04420.31071360.30172555X-RAY DIFFRACTION99
4.0442-5.09390.32261270.27292534X-RAY DIFFRACTION97
5.0939-42.16580.37021300.30722608X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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