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- PDB-4yv5: Crystal Structure of Myotoxin II from Bothrops moojeni complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yv5
タイトルCrystal Structure of Myotoxin II from Bothrops moojeni complexed to Suramin
要素Basic phospholipase A2 homolog 2
キーワードTOXIN / Bothrops moojeni / Myotoxin II / Lys49-PLA2 / Suramin
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / defense response to fungus / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium ...calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / defense response to fungus / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SVR / Basic phospholipase A2 homolog myotoxin II
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops moojeni (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Salvador, G.H.M. / Fontes, M.R.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Structural and functional evidence for membrane docking and disruption sites on phospholipase A2-like proteins revealed by complexation with the inhibitor suramin.
著者: Salvador, G.H. / Dreyer, T.R. / Cavalcante, W.L. / Matioli, F.F. / Dos Santos, J.I. / Velazquez-Campoy, A. / Gallacci, M. / Fontes, M.R.
履歴
登録2015年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Basic phospholipase A2 homolog 2
A: Basic phospholipase A2 homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,92214
ポリマ－27,8242
非ポリマー4,09812
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.795, 63.646, 87.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog 2 / svPLA2 homolog / M-VI / MjTX-II / Myotoxin II


分子量: 13912.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9I834

-
非ポリマー , 5種, 209分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SVR / 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID / SURAMIN / スラミン


分子量: 1297.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H40N6O23S6 / コメント: 薬剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5 and 0.2 M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.425 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 23072 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 20.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 0.948 / Net I/av σ(I): 10.814 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 108433
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.974.90.722630.7110.360.7890.81399.9
1.97-2.054.90.45522720.850.2310.5120.772100
2.05-2.144.90.38322760.8590.1970.4320.919100
2.14-2.254.80.30522770.9030.1590.3451.01399.9
2.25-2.394.70.24422820.9230.1280.2760.998100
2.39-2.584.60.18822830.9620.0990.2140.964100
2.58-2.844.50.16523100.9670.0880.1881.02100
2.84-3.254.30.11923120.9860.0640.1361.012100
3.25-4.094.60.07623350.9930.0390.0850.94599.8
4.09-504.80.05324620.9960.0260.061.03998.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å31.82 Å
Translation1.9 Å31.82 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KF3

4kf3


解像度: 1.9→31.823 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 1152 5 %Random
Rwork0.1948 21875 --
obs0.1964 23027 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.82 Å2 / Biso mean: 26.1892 Å2 / Biso min: 8.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→31.823 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1916 0 263 197 2376
Biso mean--51.7 29.93 -
残基数----244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1353001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.067834
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.98650.30491420.241726952837100
1.9865-2.09120.25881400.217626822822100
2.0912-2.22220.23211420.201726962838100
2.2222-2.39370.24361430.198327102853100
2.3937-2.63450.25951430.199327102853100
2.6345-3.01540.21881450.209727462891100
3.0154-3.79810.23711450.18627532898100
3.7981-31.82740.18391520.17452883303599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0117-0.01030.04650.13580.00050.0615-0.09820.0314-0.033-0.01560.118-0.0564-0.0648-0.0849-0.00380.09090.00180.01040.1375-0.00040.0921-14.08497.184522.933
20.020.01530.03610.04930.02860.067-0.0914-0.0492-0.21660.03350.1660.22530.1704-0.06470.02660.1086-0.02460.00290.16150.0250.1414-18.3949-3.448319.9882
30.06880.10430.02850.0855-0.02310.07390.0315-0.0188-0.0966-0.16140.0035-0.0284-0.0407-0.003800.16820.02610.01040.16950.02320.1949-10.216-11.309223.6652
40.38440.1519-0.12920.1375-0.09460.0846-0.4380.0047-0.23380.06220.1412-0.39770.0781-0.0535-0.13320.15020.0452-0.0710.09530.05180.1403-5.0084-5.189624.4743
50.0781-0.0060.01550.11550.01860.1176-0.1164-0.4434-0.09080.20940.26760.11270.1658-0.0711-0.02750.35850.0448-0.10250.2680.03550.2213-7.90066.260134.9511
60.05490.0286-0.06530.1159-0.050.041-0.1325-0.12610.02450.17720.0497-0.2289-0.1298-0.093-0.00070.1609-0.0026-0.03720.1479-0.02450.1217-6.317715.049421.9361
70.6218-0.5294-0.25150.761-0.27560.6685-0.0141-0.0895-0.1011-0.06160.0801-0.29790.0057-0.0852-0.02690.1398-0.0061-0.00460.1360.02380.1288-8.52870.3719.4388
80.04230.0504-0.00870.0268-0.02810.0037-0.1730.2184-0.18720.18640.08640.29460.0088-0.27950.00890.30220.00190.01230.23510.06170.2819-19.5608-13.712824.4359
90.1253-0.03940.02430.032-0.02630.059-0.2205-0.22910.33040.15950.0808-0.0259-0.11880.06480.00250.17760.00090.05920.19890.01830.3494-3.3833-15.734827.2866
100.04360.0753-0.03380.07760.04240.1089-0.03590.21410.0031-0.05620.00840.03810.09410.2126-0.0160.1143-0.01380.02020.19040.02080.1284-28.2261-14.156133.1523
110.0157-0.0217-0.01370.0264-0.0280.0748-0.08610.3483-0.0344-0.28650.09360.0639-0.0167-0.19470.00190.1708-0.02080.00910.19570.01640.1358-30.4235-6.967226.3664
120.00870.0171-0.03250.0268-0.00580.0425-0.09790.0990.41590.12170.03560.1944-0.3066-0.005-00.2197-0.0083-0.01240.14170.00440.2433-28.89383.816435.3157
130.0678-0.0181-0.03090.1096-0.02350.13390.04430.01760.01030.452-0.00320.1266-0.0336-0.04070.01190.2349-0.0144-0.0130.1498-0.02010.1774-29.5559-1.746442.1341
140.1823-0.08040.13280.11530.08080.380.0024-0.0016-0.08790.18020.0329-0.0918-0.03380.03130.02620.1689-0.0148-0.03540.15430.01350.1659-25.9685-18.197141.3967
150.30820.1839-0.2370.3636-0.20680.2743-0.1582-0.08590.01580.29810.09650.0527-0.2239-0.14510.04960.1415-0.00540.00660.1379-0.01760.1233-32.7779-10.429640.2934
160.00850.0137-0.00320.0302-0.02860.0117-0.05220.53660.3373-0.12050.24340.1399-0.4831-0.4059-0.00010.19780.014-0.02870.21630.07650.2734-35.74163.41826.4241
170.0428-0.00280.07120.4533-0.21750.28270.17620.14340.05830.48770.1734-0.25580.1202-0.20640.00780.2898-0.03950.00120.199-0.01110.247-26.23367.89334.8821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 13 )B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 15 through 27 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 28 through 39 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 40 through 57 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 58 through 74 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 75 through 88 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 89 through 117 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 118 through 126 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 127 through 133 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1 through 13 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 15 through 22 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 23 through 39 )A0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 40 through 57 )A0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 58 through 88 )A0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 89 through 112 )A0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 113 through 117 )A0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 118 through 133 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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