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- PDB-4kf3: Crystal Structure of Myotoxin II (MjTX-II), a myotoxic Lys49-phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kf3
タイトルCrystal Structure of Myotoxin II (MjTX-II), a myotoxic Lys49-phospholipase A2 from Bothrops moojeni.
要素Basic phospholipase A2 homolog 2
キーワードTOXIN / Phospholipase A2-like myotoxin / Venom glands
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / defense response to fungus / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium ...calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / defense response to fungus / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Basic phospholipase A2 homolog myotoxin II
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops moojeni (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Salvador, G.H.M. / dos Santos, J.I. / Fontes, M.R.M.
引用ジャーナル: Toxicon / 年: 2013
タイトル: Structural and functional studies with mytoxin II from Bothrops moojeni reveal remarkable similarities and differences compared to other catalytically inactive phospholipases A2-like.
著者: Salvador, G.H. / Cavalcante, W.L. / Dos Santos, J.I. / Gallacci, M. / Soares, A.M. / Fontes, M.R.
履歴
登録2013年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Basic phospholipase A2 homolog 2
A: Basic phospholipase A2 homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,60312
ポリマ－27,8242
非ポリマー1,77810
水3,333185
1
B: Basic phospholipase A2 homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1567
ポリマ－13,9121
非ポリマー1,2446
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Basic phospholipase A2 homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4475
ポリマ－13,9121
非ポリマー5354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.999, 62.169, 86.007
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog 2 / svPLA2 homolog / M-VI / MjTX-II / Myotoxin II


分子量: 13912.211 Da / 分子数: 2 / 断片: Phospholipase A2-Like myotoxin / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9I834
#2: 化合物
ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% (v/v) 2-propanol, 20% (w/v) polyethylene Glycol 4000 and 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.42 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.42 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 19571 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 10.37
反射 シェル解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XXS

1xxs


解像度: 1.92→38.96 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 945 -Random
Rwork0.227 ---
all0.227 19491 --
obs0.227 19491 92.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9 Å20 Å2-0 Å2
2---5.45 Å2-0 Å2
3---10.35 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→38.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1873 0 120 185 2178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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