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- PDB-4yv3: Trimeric crystal structure of vimentin coil1B fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yv3
タイトルTrimeric crystal structure of vimentin coil1B fragment
要素Vimentin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / intermediate filament / vimentin / alpha-helical coiled-coil trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament / cell leading edge / microtubule organizing center / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / nuclear matrix / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / neuron projection development / peroxisome / double-stranded RNA binding / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chernyatina, A.A. / Strelkov, S.V.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
KU Leuven07/071 ベルギー
引用ジャーナル: Meth. Enzymol. / 年: 2016
タイトル: How to Study Intermediate Filaments in Atomic Detail.
著者: Chernyatina, A.A. / Hess, J.F. / Guzenko, D. / Voss, J.C. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2015年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32025年4月9日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vimentin
B: Vimentin
C: Vimentin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2995
ポリマ－28,1683
非ポリマー1322
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7700 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area14290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.060, 60.950, 48.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Vimentin


分子量: 9389.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIM / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P08670
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10mg/ml protein in 10mM Tris-HCl pH 8, 38 mM NaCl mixed in v/v ratio 1:1 with ammonium sulphate 2.2M, sodium thiocyanate 0.2 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 29510 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 36.23 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 11.98 / Num. measured all: 219408
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.170.8380.8952.2528160405740240.96699.2
2.1-2.20.9420.5433.7925393333433260.58299.8
2.2-2.30.9670.3855.1521098276727660.413100
2.3-2.40.9740.36.5417804233023360.322100
2.4-2.50.9880.2238.0914977196819570.23999.4
2.5-2.70.990.17310.2523799312331240.186100
2.7-30.9970.1114.4724917328432830.118100
3-40.9970.07122.1237025503350240.07699.8
4-60.9970.06126.0618707260826060.06699.9
6-90.9980.06125.9854867687650.06699.6
90.9960.05427.420423262990.05991.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→47.379 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 36.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2962 1441 4.89 %
Rwork0.2547 28027 -
obs0.2568 29468 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.63 Å2 / Biso mean: 49.7377 Å2 / Biso min: 22.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.379 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1796 0 6 64 1866
Biso mean--68.81 54.31 -
残基数----215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4872534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.019280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.504791
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.07150.41061450.3392803294899
2.0715-2.15440.37771560.318428182974100
2.1544-2.25250.32431600.290827622922100
2.2525-2.37120.38821450.287528202965100
2.3712-2.51980.30471200.286828042924100
2.5198-2.71430.3681470.276828292976100
2.7143-2.98740.29111240.27128182942100
2.9874-3.41960.30661530.269327992952100
3.4196-4.30790.24821490.212328162965100
4.3079-47.39180.26511420.23442758290099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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