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- PDB-4ypc: Trimeric crystal structure of vimentin coil1B fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ypc
タイトルTrimeric crystal structure of vimentin coil1B fragment
要素Vimentin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / intermediate filament / vimentin / alpha-helical coiled-coil trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament / cell leading edge / microtubule organizing center / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / nuclear matrix / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / neuron projection development / peroxisome / double-stranded RNA binding / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vasodilator-stimulated phosphoprotein / Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein ...Vasodilator-stimulated phosphoprotein / Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Chernyatina, A.A. / Strelkov, S.V.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
KU Leuven07/071 ベルギー
引用ジャーナル: Meth. Enzymol. / 年: 2016
タイトル: How to Study Intermediate Filaments in Atomic Detail.
著者: Chernyatina, A.A. / Hess, J.F. / Guzenko, D. / Voss, J.C. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2015年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vimentin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9241
ポリマ－9,9241
非ポリマー00
水1,964109
1
A: Vimentin

A: Vimentin

A: Vimentin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7723
ポリマ－29,7723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area16290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.447, 35.447, 200.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-338-

HOH

21A-371-

HOH

31A-372-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Vimentin


分子量: 9924.025 Da / 分子数: 1 / 断片: coil 1B fragment, UNP residues 161-243 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIM / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P08670
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
解説: twinning -h-k, k, -l with estimated twin fraction 0.453 (Britton analyses), 0468 (H-test), 0.478 (ML method)
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: protein in 10 mM Tris pH 8, 38 mM NaCl mixed in ratio 1:1 with 1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 110.97926
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 120.8856
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2010年11月14日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2010年11月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979261
20.88561
Reflection twinOperator: -h-k,k,-l / Fraction: 0.51
反射解像度: 1.44→20 Å / Num. all: 16952 / Num. obs: 16952 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.46 % / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.069 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 19.94 / Num. measured all: 177342
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.44-1.483.620.9420.5672.324624128012760.65899.7
1.48-1.520.9860.3494.386478121212040.38799.3
1.52-1.560.9730.3455.627308120312030.378100
1.56-1.610.9570.5196.7612711116711670.543100
1.61-1.660.9780.3949.0313571109710970.412100
1.66-1.720.9810.32510.7513349107110710.339100
1.72-1.790.9890.25212.6813200106010600.263100
1.79-1.860.9950.17316.1412905103110310.181100
1.86-1.940.9960.12321.42115839329320.128100
1.94-2.040.9970.09826.07114489209200.102100
2.04-2.150.9970.07731.3109598828820.081100
2.15-2.280.9980.06835.08103398318310.071100
2.28-2.430.9970.06437.1696497777770.067100
2.43-2.630.9970.06538.4589837297290.068100
2.63-2.880.9970.06539.6281666696690.068100
2.88-3.220.9980.05940.6875556256250.062100
3.22-3.720.9970.05838.5155295165160.062100
3.72-4.550.9960.05635.8842064524490.0699.3
4.55-6.440.9960.05336.2532513473380.05797.4
6.440.9970.05933.5115281991750.06487.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SWK, 3UF1

3swk

3uf1


解像度: 1.44→19.39 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 36.94 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2764 853 5.03 %PHENIX selection
Rwork0.2477 16069 --
obs0.2533 16948 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.22 Å2 / Biso mean: 24.0127 Å2 / Biso min: 12.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.44→19.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数694 0 0 109 803
Biso mean---25.4 -
残基数----83
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.941013
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.546322
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.441-1.53120.44511390.40182708284795
1.5312-1.64930.33111420.34012657279995
1.6493-1.81510.32511440.33612676282095
1.8151-2.07730.37411480.29582686283495
2.0773-2.61560.25881380.25562676281495
2.6156-16.76310.24791420.21142666280894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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