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万見
- PDB-4yut: Crystal structure of photoactivated adenylyl cyclase of a cyanoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yut
タイトルCrystal structure of photoactivated adenylyl cyclase of a cyanobacteriaOscillatoria acuminata in orthorhombic form
要素Family 3 adenylate cyclase
キーワードLYASE / Photoactivation / Adenylate cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide biosynthetic process / blue light photoreceptor activity / adenylate cyclase activity / FAD binding / cell projection / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Acylphosphatase-like domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Family 3 adenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Oscillatoria acuminata PCC 6304 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Park, S.-Y. / Ohki, M. / Sugiyama, K. / Kawai, F. / Iseki, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural insight into photoactivation of an adenylate cyclase from a photosynthetic cyanobacterium
著者: Ohki, M. / Sugiyama, K. / Kawai, F. / Tanaka, H. / Nihei, Y. / Unzai, S. / Takebe, M. / Matsunaga, S. / Adachi, S. / Shibayama, N. / Zhou, Z. / Koyama, R. / Ikegaya, Y. / Takahashi, T. / ...著者: Ohki, M. / Sugiyama, K. / Kawai, F. / Tanaka, H. / Nihei, Y. / Unzai, S. / Takebe, M. / Matsunaga, S. / Adachi, S. / Shibayama, N. / Zhou, Z. / Koyama, R. / Ikegaya, Y. / Takahashi, T. / Tame, J.R.H. / Iseki, M. / Park, S.-Y.
履歴
登録2015年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Family 3 adenylate cyclase
B: Family 3 adenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0214
ポリマ－86,1082
非ポリマー9132
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area30320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.351, 100.699, 120.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Family 3 adenylate cyclase / Photoactivated adenylate cyclase


分子量: 43054.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oscillatoria acuminata PCC 6304 (バクテリア)
遺伝子: Oscil6304_3613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9TLZ5, adenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate pH5.0, 10% PEG 20K, 10mM sodium malonate pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 22797 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 58.7 Å2 / Net I/σ(I): 14.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.9→43.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8444 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8126 / SU R Cruickshank DPI: 3.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.455 / SU Rfree Blow DPI: 0.44 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.45
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3098 1205 5.29 %RANDOM
Rwork0.2712 ---
obs0.2733 22775 96.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 99.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--27.5516 Å20 Å20 Å2
2--13.3481 Å20 Å2
3---14.2034 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.569 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→43.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5536 0 62 0 5598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095686HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.127688HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2056SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes154HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes854HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5686HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion774SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6693SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.04 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 132 4.59 %
Rwork0.2619 2745 -
all0.2616 2877 -
obs--96.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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