PDB-4yuq: CDPK1 from Eimeria tenella in complex with inhibitor UW1354

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yuq

タイトル

CDPK1 from Eimeria tenella in complex with inhibitor UW1354

要素

Calmodulin-like domain protein kinase

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / bumped kinase inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Merritt, E.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: CDPK is a druggable target in the apicomplexan parasite Eimeria
著者: Ojo, K.K. / Vidadala, R. / Maly, D.J. / Van Voorhis, W.C. / Merritt, E.A.

履歴

登録	2015年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yuq.cif.gz	385.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yuq.ent.gz	316.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yuq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/4yuq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/4yuq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ysjSC 4ysmC 4yzbC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ysj-2 4ysj-1 4yzb-1 1wao-2 5w91-d 3alw-d 2f6g-d 3hx4-d 4mvf-d 6bhc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calmodulin-like domain protein kinase

B: Calmodulin-like domain protein kinase

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Calmodulin-like domain protein kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Calmodulin-like domain protein kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.701, 94.253, 87.395
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 480 / Label seq-ID: 12 - 484

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Calmodulin-like domain protein kinase 分子量: 55668.504 Da / 分子数: 2 / 変異: A410D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cleaved N-terminal His-tag 由来: (組換発現) Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム) プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3HNM4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-KS1 / 1-cyclopentyl-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 319.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₇N₇
配列の詳細	AUTHOR STATED THAT THE UNP REFERENCE Q3HNM4 IS INCORRECT AT RESIDUE 410. THE RESIDUE IDENTITY OF ...AUTHOR STATED THAT THE UNP REFERENCE Q3HNM4 IS INCORRECT AT RESIDUE 410. THE RESIDUE IDENTITY OF 410 SHOULD BE ASP INSTEAD OF ALA BECAUSE THIS RESIDUE IS IN BINDING TO CALCIUM AND CONSERVED ACROSS THE LARGER FAMILY OF CDPKS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein buffer: 25 mM HEPES pH 7.0, 5% glycerol, 500 mM NaCl, 2 mM DTT, 175 ??M EtCDPK1, 350 uM UW1354; crystallization buffer: 100 mM HEPES pH 7.0, 25% PEG 3350, 1.75% DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 26844 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 56 Å² / R_merge(I) obs: 0.184 / R_pim(I) all: 0.126 / R_rim(I) all: 0.206 / Χ²: 0.806 / Net I/av σ(I): 5.69 / Net I/σ(I): 2.8 / Num. measured all: 81339

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.8-2.85	2.3	1184	0.423	0.745	0.435	84.4
2.85-2.9	2.7	1266	0.443	0.697	0.456	95	0.982
2.9-2.96	2.8	1357	0.457	0.68	0.463	97.4	0.975
2.96-3.02	3	1361	0.63	0.589	0.501	98.2	0.876
3.02-3.08	3.1	1360	0.599	0.504	0.491	98.8	0.768	0.923
3.08-3.15	3.2	1385	0.708	0.437	0.536	98.3	0.673	0.805
3.15-3.23	3.1	1330	0.8	0.368	0.574	98.2	0.565	0.677
3.23-3.32	3.2	1356	0.836	0.301	0.557	98.4	0.461	0.552
3.32-3.42	3.1	1368	0.877	0.267	0.64	98.1	0.405	0.487
3.42-3.53	3.1	1348	0.879	0.232	0.697	97.5	0.346	0.419
3.53-3.65	2.8	1301	0.92	0.185	0.714	93.5	0.264	0.325
3.65-3.8	3	1345	0.947	0.147	0.862	96.1	0.218	0.264
3.8-3.97	3.3	1339	0.952	0.126	0.892	98.4	0.193	0.231
3.97-4.18	3.3	1380	0.953	0.113	1.007	98.2	0.172	0.207
4.18-4.44	3.2	1352	0.967	0.088	1.036	98.5	0.134	0.161
4.44-4.79	3.2	1373	0.969	0.083	1.126	98.1	0.123	0.149
4.79-5.27	3	1341	0.96	0.089	1.036	95.6	0.13	0.158
5.27-6.03	3	1324	0.952	0.096	1.032	95.4	0.14	0.171
6.03-7.58	3.2	1397	0.966	0.079	1.028	98.3	0.121	0.145
7.58-40	3	1377	0.979	0.059	1.717	95.6	0.085	0.104

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4ysj

4ysj

解像度: 2.8→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / WR_factor R_free: 0.2536 / WR_factor R_work: 0.2189 / FOM work R set: 0.6832 / SU B: 59.029 / SU ML: 0.484 / SU R Cruickshank DPI: 0.38 / SU R_free: 0.4248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1314	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2403	-	-	-
obs	0.242	25349	96.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.72 Å² / B_iso mean: 67.338 Å² / B_iso min: 34.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.97 Å²	0 Å²	-0.83 Å²
2-	-	3.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7347	0	56	0	7403
B_iso mean	-	-	52.72	-	-
残基数	-	-	-	-	924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	7575
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	7249
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.968	10134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.883	3	16706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.762	5	918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.377	24.755	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.111	15	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.426	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.488	3.072	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.487	3.072	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.54	4.602	4602

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 29519 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	86	-
R_work	0.37	1743	-
all	-	1829	-
obs	-	-	89.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2592	1.3955	3.8919	2.058	1.0497	2.5993	-0.1467	0.23	-0.1649	-0.06	-0.1252	0.0159	0.1	0.1997	0.2718	0.5359	-0.024	-0.0876	0.1824	0.0599	0.4014	3.707	-2.731	-8.029
2	4.457	3.3838	-0.7888	6.5466	0.5489	4.8489	-0.3977	-0.0579	-0.5245	0.0508	0.5005	-0.2343	0.1325	-0.038	-0.1028	0.3577	0.0085	-0.1745	0.2215	0.0017	0.3228	5.409	-3.779	-4.405
3	3.2653	1.2126	0.0246	2.3366	-0.4889	1.0159	-0.0566	0.013	-0.0612	-0.0054	0.173	-0.054	-0.051	0.1492	-0.1165	0.3568	0.0142	-0.2661	0.059	-0.0482	0.2307	-9.481	-12.417	-1.782
4	4.4925	-1.8721	-0.4394	3.3144	-0.3782	2.2924	-0.0343	-0.2685	-0.56	0.2801	0.2076	0.4255	0.0736	-0.2529	-0.1734	0.2726	0.0131	-0.1847	0.0758	0.0338	0.2762	-21.536	-21.994	6.53
5	5.5965	2.3057	-0.4968	4.2226	-0.2983	0.4265	0.077	-0.2169	0.3186	0.068	0.075	0.416	-0.1914	-0.3098	-0.152	0.5417	0.1073	-0.2316	0.3209	0.1136	0.2781	-20.749	4.25	-14.422
6	2.6247	3.1646	0.1301	3.8402	0.0362	2.4992	0.0787	0.1331	0.5812	0.0045	0.1743	0.7825	-0.0495	-0.7531	-0.253	0.5961	0.0345	-0.3475	0.3441	0.0562	0.4165	-27.398	1.957	-20.235
7	4.9871	0.9532	-2.0862	3.9164	0.9141	5.5682	0.1511	0.3452	0.4334	-0.6842	-0.024	-0.2487	-0.5943	0.4808	-0.1271	0.6536	-0.0763	-0.2423	0.3028	0.0197	0.3057	-2.284	8.006	-23.988
8	1.2061	-1.6802	-1.863	9.5424	6.1882	8.0157	-0.1922	0.9319	0.4547	-0.0792	-0.1551	0.0661	-0.2912	-0.845	0.3473	0.9541	-0.0625	-0.1391	1.0244	0.3421	0.5732	-3.672	15.494	-30.344
9	1.121	0.1201	1.2694	2.1483	0.8511	9.6578	0.014	0.391	0.1756	-0.195	-0.0953	-0.105	-0.2153	0.3243	0.0813	0.4596	-0.0071	-0.2097	0.1918	0.0372	0.3465	-23.37	-41.812	-45.197
10	2.2008	-0.7226	-1.4568	3.0681	0.7994	3.8797	0.0667	0.3133	-0.0694	-0.0921	0.1389	0.0389	-0.2045	-0.2546	-0.2056	0.4939	-0.0528	-0.3228	0.0973	0.0397	0.2554	-31.451	-38.26	-38.025
11	3.0076	0.2006	-0.0327	5.7261	0.6028	2.8639	0.1075	0.1193	0.0268	0.0857	-0.0426	0.0375	-0.3538	-0.0747	-0.0648	0.4105	-0.0392	-0.2219	0.0142	0.0358	0.1522	-35.11	-26.788	-32.181
12	3.1532	-1.2309	-0.6265	2.9611	1.0538	3.9116	-0.3456	-0.2623	-0.1955	0.6805	0.4376	0.6195	-0.6835	-0.6116	-0.092	0.8628	0.1681	-0.1069	0.3362	0.1802	0.4945	-45.798	-21.809	-24.437
13	2.2299	0.5565	0.121	5.5423	0.5671	4.9332	-0.2607	-0.0808	-0.4527	0.2796	0.1353	0.2122	0.1619	-0.1343	0.1254	0.3822	0.001	-0.1896	0.0124	0.0338	0.3327	-24.061	-50.253	-22.253
14	9.3854	-0.2367	0.2689	1.9218	2.2116	2.6127	-0.2159	-1.1351	0.0188	0.4428	0.0468	0.08	0.3645	0.0271	0.1691	0.6154	-0.0974	-0.279	0.2673	-0.0013	0.2322	-23.033	-46.635	-6.713
15	4.922	0.214	-0.6183	8.0513	-0.2581	4.0365	0.1611	0.1837	-0.5403	0.1683	-0.0244	-0.3915	0.0892	-0.0906	-0.1366	0.2508	-0.021	-0.1794	0.0737	-0.0215	0.1871	-19.364	-50.266	-24.843
16	8.6662	-0.4313	-1.1152	3.2455	1.9013	2.4957	0.0149	-0.0211	-0.672	-0.0205	-0.0836	-0.6414	0.398	0.3809	0.0687	0.4531	0.0088	-0.0776	0.4659	0.0113	0.5766	-4.925	-54.395	-34.39

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	43 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	77 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	205 - 289
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	293 - 364
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	501
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	365 - 407
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	502
9	X-RAY DIFFRACTION	7	A	408 - 456
10	X-RAY DIFFRACTION	7	A	503
11	X-RAY DIFFRACTION	8	A	457 - 481
12	X-RAY DIFFRACTION	8	A	504
13	X-RAY DIFFRACTION	9	B	8 - 43
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 141
15	X-RAY DIFFRACTION	11	B	142 - 224
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	225 - 289
17	X-RAY DIFFRACTION	13	B	293 - 350
18	X-RAY DIFFRACTION	13	B	501
19	X-RAY DIFFRACTION	14	B	351 - 390
20	X-RAY DIFFRACTION	15	B	391 - 418
21	X-RAY DIFFRACTION	15	B	502
22	X-RAY DIFFRACTION	16	B	419 - 481
23	X-RAY DIFFRACTION	16	B	503
24	X-RAY DIFFRACTION	16	B	504

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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