PDB-4yuf: Crystal Structure of CorB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yuf

タイトル

Crystal Structure of CorB

要素

CorB

キーワード

HYDROLASE / Interconnecting Ketosynthase / thiolase superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Corallococcus coralloides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Zocher, G. / Vilstrup, J. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Structural basis of head to head polyketide fusion by CorB.
著者: Zocher, G. / Vilstrup, J. / Heine, D. / Hallab, A. / Goralski, E. / Hertweck, C. / Stahl, M. / Schaberle, T.F. / Stehle, T.

履歴

登録	2015年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2024年11月6日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yuf.cif.gz	145.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yuf.ent.gz	114.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yuf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/4yuf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/4yuf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yucC 5c1jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4v2p-d 3czl-d 3t6s-d 5ama-3 6fm1-d 4dfe-1 2x8y-d 3czk-d 6pdl-1 6fko-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CorB

36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CorB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.920, 106.310, 104.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-624- HOH

#1: タンパク質	CorB 分子量: 36676.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corallococcus coralloides (バクテリア) 遺伝子: corB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7RK32
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 8% (w/v) PEG8000 and 34% (v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月23日
放射	モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 52020 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.54→1.58 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0027	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→37.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 2.645 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18238	1561	3 %	RANDOM
R_work	0.17652	-	-	-
obs	0.1767	50458	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.54→37.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2525	0	0	255	2780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.332	1.977	3537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.804	3	5681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.977	5	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.172	22.857	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.81	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.428	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	590
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	111	-
R_work	0.28	3576	-
obs	-	-	97.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8533	-0.5312	-0.2997	9.2856	3.9665	2.8976	-0.0415	0.0623	-0.2282	-0.1841	-0.2472	0.4452	-0.0088	-0.1637	0.2888	0.0143	0.0134	0.0094	0.0424	-0.0035	0.0607	22.2262	41.5747	39.4327
2	11.7274	-1.2461	3.8174	7.6269	-1.0879	5.5569	-0.2468	0.3334	1.2636	-0.162	-0.04	0.5643	-0.699	-0.227	0.2867	0.1758	0.0968	-0.0503	0.0877	0.0201	0.2892	6.0625	68.9832	41.3643
3	2.0186	-0.8844	0.5141	2.0947	0.0039	0.951	-0.1012	-0.1496	0.217	0.1261	0.0535	0.063	-0.1322	-0.0203	0.0477	0.0487	0.017	0.0023	0.0582	-0.0059	0.0423	23.3333	56.7225	45.3457
4	2.2782	0.8725	-0.4676	2.2443	-0.7015	2.2875	-0.0361	-0.065	0.1601	0.0701	0.0793	0.0007	-0.1656	0.0253	-0.0432	0.0249	0.0175	-0.0026	0.0506	-0.013	0.0152	35.1618	49.8673	38.019
5	2.1767	0.0303	-0.2652	0.5947	0.4925	1.63	-0.0545	0.1125	0.0719	-0.0538	0.0562	0.0172	-0.067	-0.0427	-0.0017	0.019	-0.0038	-0.0005	0.0516	0.0199	0.0088	26.606	47.7943	35.2726
6	3.3335	-0.0655	1.1456	0.008	-0.101	3.2857	0.0393	0.1864	0.537	-0.0097	0.0235	0.0064	-0.1931	-0.0838	-0.0628	0.0625	-0.0157	-0.0034	0.0623	0.0304	0.1499	20.1663	52.293	19.9714
7	33.454	8.2432	1.4445	14.4968	4.663	3.8897	-0.0157	-0.274	2.6496	-0.5876	0.3237	0.273	-0.7151	0.4137	-0.308	0.362	0.0053	0.0481	0.2263	-0.1815	0.798	24.1306	69.8064	20.4469
8	3.8164	-1.8848	1.4132	11.292	-5.3458	4.2318	-0.0206	0.1662	0.1874	0.0899	0.1953	0.4132	-0.0089	-0.2533	-0.1747	0.0288	-0.0156	0.0019	0.1061	-0.0012	0.0969	8.9577	45.0466	19.1255
9	2.0634	-0.0581	0.5934	1.7039	0.343	1.5871	-0.0609	-0.0742	-0.077	-0.0116	0.0033	0.2495	0.0376	-0.2201	0.0576	0.0438	0.015	0.0132	0.0871	0.0126	0.0441	9.3707	46.6374	36.4805
10	1.2214	-0.1371	-0.3367	0.9502	-0.7107	2.5544	-0.0394	-0.1049	-0.141	0.0359	0.0992	0.1865	0.126	-0.1315	-0.0599	0.0472	-0.0021	0.018	0.0437	0.0212	0.0532	14.3173	40.0908	34.6276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	46 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	73 - 104
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	105 - 184
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	185 - 210
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	211 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	228 - 250
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	251 - 307
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	308 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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