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- PDB-4ytg: Crystal structure of Porphyromonas gingivalis peptidylarginine de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ytg
タイトルCrystal structure of Porphyromonas gingivalis peptidylarginine deiminase (PPAD) mutant C351A in complex with dipeptide Met-Arg.
要素Peptidylarginine deiminase
キーワードHYDROLASE / Peptidylarginine deiminase / citrullination
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミジンに作用 / agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process / protein-arginine deiminase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-arginine deiminase, Porphyromonas-type / Porphyromonas-type peptidyl-arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / AZIDE ION / CYSTEINE / METHIONINE / Peptidylarginine deiminase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Goulas, T. / Mizgalska, D. / Garcia-Ferrer, I. / Kantyka, T. / Guevara, T. / Szmigielski, B. / Sroka, A. / Millan, C. / Uson, I. / Veillard, F. ...Goulas, T. / Mizgalska, D. / Garcia-Ferrer, I. / Kantyka, T. / Guevara, T. / Szmigielski, B. / Sroka, A. / Millan, C. / Uson, I. / Veillard, F. / Potempa, B. / Mydel, P. / Sola, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of a bacterial host-protein citrullinating virulence factor, Porphyromonas gingivalis peptidylarginine deiminase.
著者: Goulas, T. / Mizgalska, D. / Garcia-Ferrer, I. / Kantyka, T. / Guevara, T. / Szmigielski, B. / Sroka, A. / Millan, C. / Uson, I. / Veillard, F. / Potempa, B. / Mydel, P. / Sola, M. / Potempa, ...著者: Goulas, T. / Mizgalska, D. / Garcia-Ferrer, I. / Kantyka, T. / Guevara, T. / Szmigielski, B. / Sroka, A. / Millan, C. / Uson, I. / Veillard, F. / Potempa, B. / Mydel, P. / Sola, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2015年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidylarginine deiminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,25313
ポリマ－48,2051
非ポリマー1,04912
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.360, 59.320, 84.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peptidylarginine deiminase


分子量: 48204.707 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 44-475 / 変異: C351A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア)
遺伝子: PG_1424
発現宿主: Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
参照: UniProt: Q9RQJ2, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミジンに作用

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非ポリマー , 8種, 438分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#4: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#5: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM tri-sodium citrate, 20% [w/v] polyethylene glycol 3,000, pH5.5-6.5
PH範囲: 5.5-6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→67.9 Å / Num. obs: 38882 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 5771 / CC1/2: 0.927 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4yt9

4yt9


解像度: 1.8→48.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9539 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9473 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.102
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 699 1.8 %RANDOM
Rwork0.1555 ---
obs0.156 38882 99.69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5006 Å20 Å27.126 Å2
2---0.5516 Å20 Å2
3----2.949 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.192 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3336 0 38 426 3800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013453HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.994686HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1551SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes94HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes496HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3453HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.56
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion447SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4393SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 52 1.74 %
Rwork0.2226 2940 -
all0.2233 2992 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8336-0.1070.710.5818-0.21011.06530.03840.0062-0.0129-0.0228-0.07760.0301-0.0391-0.06190.0393-0.03340.0232-0.0059-0.0322-0.0155-0.010745.039349.726986.4719
20.2016-0.06920.009200.0556-0.05280.00260.0079-0.01980.02350.0017-0.01290.0239-0.008-0.00430.01820.019-0.0497-0.03090.01860.012955.733336.016396.7573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|44 - 463 A|998 - 999}
2X-RAY DIFFRACTION2{L|1 - 2}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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