PDB-4yt5: HmdII from Methanocaldococcus jannaschii with bound methylene-tet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yt5

タイトル

HmdII from Methanocaldococcus jannaschii with bound methylene-tetrahydromethanopterin

要素

H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Rossmann-like fold / [Fe]-hydrogenase paralog / oxidoreductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

資金援助

日本,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Towards a functional identification of catalytically inactive [Fe]-hydrogenase paralogs.
著者: Fujishiro, T. / Ataka, K. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2015年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yt5.cif.gz	282.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yt5.ent.gz	228.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/4yt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/4yt5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4yt2C 4yt4C 4yt8C 4yte C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yt8-d 6huy-1 4yt2-d 6huz-1 4yt4-1 2qgs-d 3gnq-4 6crm-d 3mcq-1 4pze-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338

B: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338

ヘテロ分子

84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.000, 78.030, 153.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 10 - 353 / Label seq-ID: 10 - 353

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質	H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338 分子量: 41179.684 Da / 分子数: 2 / 断片: Rossmann-like domain, UNP residues 2-353 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ1338 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58734
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-H4M / 5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN 分子量: 788.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₅N₆O₁₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 40% (v/v) PEG 300, 100 mM phosphate-citrate buffer

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月23日

放射

モノクロメーター: A Si(111) double crystal monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 50698 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.66 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 0.971 / Net I/σ(I): 18.81 / Num. measured all: 277687

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-2		0.865	0.836	2.91	40229	7167	7077	0.917	98.7
2-2.1		0.928	0.536	4.51	32478	5906	5849	0.589	99
2.1-2.4		0.978	0.247	8.4	66810	12382	12257	0.272	99
2.4-2.7		0.995	0.116	15.3	41804	7526	7478	0.127	99.4
2.7-3		0.997	0.066	22.46	25201	4824	4779	0.073	99.1
3-3.3		0.999	0.045	31.43	18433	3250	3231	0.049	99.4
3.3-4.3		0.999	0.029	42.88	28354	5443	5405	0.032	99.3
4.3-5.9		0.999	0.024	54.19	15308	2814	2795	0.027	99.3
5.9-8		0.998	0.026	50.26	5196	1079	1067	0.03	98.9
8-12		0.998	0.027	57.51	2696	541	523	0.03	96.7
	12	0.998	0.024	56.32	1178	256	237	0.027	92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: HmdII from M. jannaschii

解像度: 1.9→43.843 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2093	2535	5 %
R_work	0.1803	48159	-
obs	0.1818	50694	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 199.86 Å² / B_iso mean: 42.5744 Å² / B_iso min: 16.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→43.843 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5200	0	118	183	5501
B_iso mean	-	-	95.59	45.49	-
残基数	-	-	-	-	688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5409
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	7329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	875
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	925
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.114	2164

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2898	X-RAY DIFFRACTION	4	TORSIONAL
1	2	B	2898	X-RAY DIFFRACTION	4	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9366	0.2814	137	0.2457	2605	2742	99
1.9366-1.9761	0.288	138	0.2528	2626	2764	99
1.9761-2.019	0.3232	138	0.2433	2619	2757	99
2.019-2.066	0.2764	140	0.2274	2665	2805	99
2.066-2.1177	0.2963	139	0.2136	2645	2784	99
2.1177-2.1749	0.2677	138	0.2129	2620	2758	99
2.1749-2.2389	0.2517	139	0.2105	2636	2775	98
2.2389-2.3112	0.22	140	0.2011	2663	2803	99
2.3112-2.3938	0.2429	140	0.1901	2661	2801	99
2.3938-2.4896	0.2579	139	0.1912	2643	2782	99
2.4896-2.6029	0.2402	142	0.1852	2685	2827	99
2.6029-2.7401	0.2315	141	0.1871	2676	2817	100
2.7401-2.9118	0.2071	140	0.1881	2676	2816	99
2.9118-3.1365	0.2075	143	0.1848	2705	2848	100
3.1365-3.4521	0.2195	141	0.1784	2682	2823	99
3.4521-3.9513	0.1711	144	0.1589	2742	2886	100
3.9513-4.9771	0.1779	145	0.143	2743	2888	99
4.9771-43.8545	0.1711	151	0.1779	2867	3018	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4216	-0.7726	-5.8124	4.1816	0.9416	7.4619	0.1931	0.0319	-0.0627	-0.2109	-0.1569	-0.0801	-0.457	0.0905	0.0768	0.2089	0.0572	-0.0207	0.1875	-0.0134	0.2909	23.0666	-42.3938	-17.1628
2	4.1109	-1.3622	-2.9593	3.4511	1.6443	2.2812	-0.031	-0.2849	-0.0029	0.3718	0.129	0.4038	0.1573	-0.1147	-0.0354	0.3487	0.0035	0.065	0.2647	0.0461	0.2177	15.0972	-43.6228	-10.5796
3	2.7002	0.6627	-0.8932	2.8857	-0.7157	7.1204	-0.0172	-0.374	-0.1533	0.3117	0	-0.369	0.4244	0.4221	0.0984	0.3291	0.0684	-0.0372	0.2357	-0.0083	0.2683	28.7	-47.3991	-15.2807
4	6.5178	0.3487	-2.2661	8.9514	0.0363	3.154	0.1403	-0.4678	0.4041	1.0802	0.0258	-0.4566	-0.2128	0.4354	-0.1828	0.3378	-0.0022	-0.0326	0.2317	0.005	0.242	29.844	-32.9743	-20.4058
5	2.7028	-2.5738	-0.0358	2.8353	1.6117	6.58	0.123	-0.2554	0.3683	0.0224	0.0592	-0.3751	-0.3064	0.3147	-0.3221	0.2603	-0.0427	0.0608	0.2003	-0.0139	0.281	28.4006	-34.0068	-26.961
6	3.262	-2.0482	-0.8305	6.335	3.915	5.9472	0.2045	0.1155	0.4534	-0.543	0.0623	-0.8944	-0.5834	0.417	-0.2802	0.263	-0.0259	0.0639	0.246	0.0312	0.3199	30.9878	-26.4113	-31.0781
7	3.0318	-0.2172	-2.0706	5.2062	-2.3276	5.4427	0.0478	0.0715	-0.0936	0.1155	-0.0109	0.1833	-0.0968	-0.1319	-0.0009	0.1676	0.008	-0.0361	0.2035	0.0003	0.2453	14.8584	-33.7188	-26.9989
8	6.7016	0.5962	2.0102	2.0022	0.2435	3.6169	-0.1581	0.0438	0.5649	-0.0296	-0.1582	0.473	0.0133	-0.4106	0.2786	0.2068	-0.0135	0.0571	0.2148	-0.0665	0.288	2.5711	-10.059	-20.7186
9	5.4789	-0.9154	-1.7382	3.2552	0.3525	3.6842	-0.038	0.1363	-0.5744	0.0065	-0.0392	0.598	0.0973	-0.1868	0.0401	0.36	0.0179	0.0253	0.1952	0.01	0.3069	1.1477	-7.7737	-8.5179
10	5.9882	2.5758	0.404	3.5331	0.3898	6.0524	0.5693	-1.1286	-0.2432	0.8989	-0.4585	-0.0296	0.1587	0.08	-0.0732	0.4207	0.0595	0.0134	0.2069	0.012	0.2406	9.1777	-9.936	-4.8828
11	4.2123	-0.4065	-1.4517	7.6985	-2.4209	7.4143	-0.0393	0.0456	-0.1055	-0.0109	-0.0437	-0.4264	0.1626	0.3874	0.0885	0.1857	-0.0453	0.0108	0.1379	-0.0582	0.1743	25.2519	-10.9379	-29.4096
12	4.9461	2.655	-1.4302	3.663	-0.7869	2.0684	0.1509	0.252	0.253	-0.1803	-0.028	0.2741	-0.2103	-0.3642	-0.1271	0.3213	0.1024	0.007	0.2948	0.0127	0.2298	-7.9713	14.3956	-18.7086
13	0.2432	0.1748	-0.6296	2.0328	-0.2171	1.6943	0.0184	0.0027	0.0063	0.0768	-0.0442	-0.0479	-0.0788	0.004	-0.028	0.2284	-0.0097	-0.0101	0.2508	0.0011	0.2236	7.4627	3.274	-12.5321
14	2.4426	1.1999	-0.8841	3.5975	-0.326	2.1917	-0.0742	-0.0871	-0.2266	0.2082	-0.0263	0.252	0.1733	-0.1656	0.0711	0.2163	0.0248	0.0373	0.21	-0.0197	0.243	9.3884	-16.0408	-22.9791

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 26 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 52 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 92 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 114 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 115 through 130 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 152 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 153 through 215 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 216 through 262 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 263 through 289 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 290 through 322 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 323 through 353 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 10 through 130 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 131 through 240 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 241 through 353 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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