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万見
- PDB-4yt4: Iron guanylylpyridinol (FeGP) cofactor-reconstituted HmdII from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yt4
タイトルIron guanylylpyridinol (FeGP) cofactor-reconstituted HmdII from Methanocaldococcus jannaschii
要素H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Rossmann-like fold / [Fe]-hydrogenase analog / oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein / Hmd, C-terminal helical subdomain / Methenyltetrahydromethanopterin dehydrogenase, Hmd-type / H2-forming N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase, C-terminal / HMD, C-terminal domain superfamily / H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / HMD N-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein / Hmd, C-terminal helical subdomain / Methenyltetrahydromethanopterin dehydrogenase, Hmd-type / H2-forming N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase, C-terminal / HMD, C-terminal domain superfamily / H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / HMD N-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
iron-guanylyl pyridinol cofactor / H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.
資金援助 日本, ドイツ, 2件
組織認可番号国
JST-PRESTO 日本
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Towards a functional identification of catalytically inactive [Fe]-hydrogenase paralogs.
著者: Fujishiro, T. / Ataka, K. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2015年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3502
ポリマ－40,6641
非ポリマー6861
水1,946108
1
A: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338
ヘテロ分子

A: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7004
ポリマ－81,3282
非ポリマー1,3732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area11510 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area25790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.810, 59.810, 183.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338 / HmdII


分子量: 40663.848 Da / 分子数: 1 / 断片: Rossmann-like domain, UNP residues 1-353 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ1338 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58734
#2: 化合物 ChemComp-FE9 / iron-guanylyl pyridinol cofactor


分子量: 686.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23FeN6O13PS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 50% (v/v) PEG200, 0.1 M Na/K-phosphate, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月29日
放射モノクロメーター: A double-crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17675 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 40.04 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 17.17 / Num. measured all: 178596
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.2-2.30.9060.3153.76767216220880.37496.6
2.3-2.40.960.2825.769058181018000.31499.4
2.4-2.60.9810.278.2624639286528640.288100
2.6-2.80.9920.19112.0422471209720970.201100
2.8-30.9950.15815.4720610160016000.164100
3-3.30.9960.12619.3124325172317230.131100
3.3-4.30.9980.0827.1538749293829380.083100
4.3-5.90.9990.05936.1219599151115110.061100
5.9-80.9990.05240.0674585995990.055100
8-120.9990.04546.1735783133130.047100
120.9970.05239.3513421441420.05598.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HmdII from M. jannaschii

解像度: 2.2→42.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 13.552 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 884 5 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.1866 16788 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.12 Å2 / Biso mean: 40.909 Å2 / Biso min: 8.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→42.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2605 0 42 108 2755
Biso mean--65.88 46.56 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8962.0033651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3715344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.41425.71498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.50615488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.481159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211937
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4132.8921379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3044.331722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8713.4091312
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 60 -
Rwork0.28 1136 -
all-1196 -
obs--95.45 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.921 Å / Origin y: 30.0303 Å / Origin z: -7.562 Å
111213212223313233
T0.0637 Å2-0.0118 Å20.0268 Å2-0.047 Å2-0.0091 Å2--0.0642 Å2
L0.8465 °2-0.6111 °2-0.551 °2-1.0352 °20.5082 °2--0.3874 °2
S-0.0344 Å °-0.0156 Å °-0.2158 Å °-0.0389 Å °-0.0947 Å °0.1426 Å °-0.0113 Å °0.0016 Å °0.1291 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 52
2X-RAY DIFFRACTION1A53 - 68
3X-RAY DIFFRACTION1A69 - 92
4X-RAY DIFFRACTION1A93 - 114
5X-RAY DIFFRACTION1A115 - 130
6X-RAY DIFFRACTION1A131 - 153
7X-RAY DIFFRACTION1A154 - 182
8X-RAY DIFFRACTION1A183 - 240
9X-RAY DIFFRACTION1A241 - 271
10X-RAY DIFFRACTION1A272 - 301
11X-RAY DIFFRACTION1A302 - 322
12X-RAY DIFFRACTION1A323 - 355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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