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万見
- PDB-4yt3: CYP106A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yt3
タイトルCYP106A2
要素Cytochrome P450(MEG)
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONO-OXYGENASE / CYTOCHROME P450 / 15-BETA-HYDROXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid 15beta-monooxygenase / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素 / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450(MEG)
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者janocha, S. / carius, y. / bernhardt, r. / lancaster, c.r.d.
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of CYP106A2 in Substrate-Free and Substrate-Bound Form.
著者: Janocha, S. / Carius, Y. / Hutter, M. / Lancaster, C.R. / Bernhardt, R.
#1: ジャーナル: CHEMBIOCHEM / 年: 2011
タイトル: IDENTIFICATION OF CYP106A2 AS A REGIO-SELECTIVE ALLYLIC BACTERIAL DITERPENE HYDROXYLASE
著者: Bleif, S. / Hannemann, F. / Lisurek, M. / VON KRIES, J.P. / Zapp, J. / Dietzen, M. / Antes, I. / Bernhardt, R.
履歴
登録2015年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450(MEG)
B: Cytochrome P450(MEG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3826
ポリマ－94,0312
非ポリマー1,3514
水9,602533
1
A: Cytochrome P450(MEG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6913
ポリマ－47,0151
非ポリマー6762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450(MEG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6913
ポリマ－47,0151
非ポリマー6762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.060, 114.060, 83.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 410 / Label seq-ID: 4 - 410

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9999, -0.01012, -0.004943), (-0.01032, -0.999, -0.04294), (-0.004504, 0.04299, -0.9991)
ベクター: 23.5, -24.93, 40.37)

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450(MEG) / Steroid 15-beta-hydroxylase / Steroid 15-beta-monooxygenase


分子量: 47015.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: cyp106A2 / プラスミド: PKKHC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q06069, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素, steroid 15beta-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2
詳細: PEG 4000, ammonium acetate, sodium acetate trihydrate
PH範囲: 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→66.18 Å / Num. obs: 79257 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLM7.1.1データ削減
SCALACCP4_3.3.21データスケーリング
MOLREP12.02.08位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F4T

1f4t


解像度: 1.8→66.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.548 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19876 3978 5 %RANDOM
Rwork0.16282 ---
obs0.16462 75208 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å2-0 Å20.14 Å2
2---0.54 Å2-0 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→66.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6221 0 94 533 6848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0196563
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8661.9928934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.235314556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0855799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40124.463307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.844151174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8181542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0217328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3672.2223129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3552.223126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3113.313904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.313.3113905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5772.6033434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5772.6033435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6263.7225016
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.26218.3547929
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.26318.3577930
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 23597 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 283 -
Rwork0.198 5571 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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