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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yri | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T. cruzi Histidyl-tRNA synthetase in complex with 1-(3-bromophenyl)methanamine (Chem 166) | ||||||
![]() | Histidyl-tRNA synthetase, putative![]() | ||||||
![]() | Ligase/Ligase inhibitor / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koh, C.-Y. / Hol, W.G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A binding hotspot in Trypanosoma cruzi histidyl-tRNA synthetase revealed by fragment-based crystallographic cocktail screens. 著者: Koh, C.Y. / Siddaramaiah, L.K. / Ranade, R.M. / Nguyen, J. / Jian, T. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4yp0C ![]() 4ypfC ![]() 4yrcC ![]() 4yreC ![]() 4yrfC ![]() 4yrgC ![]() 4yrjC ![]() 4yrkC ![]() 4yrlC ![]() 4yrmC ![]() 4yrnC ![]() 4yroC ![]() 4yrpC ![]() 4yrqC ![]() 4yrrC ![]() 4yrsC ![]() 4yrtC ![]() 3lc0S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 51185.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 45-478 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053507019.40 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 207分子 ![](data/chem/img/HIS.gif)
![](data/chem/img/4JH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HIS / ![]() | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-4JH / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() | ||||||
#5: 化合物 | ![]() #6: 化合物 | ChemComp-EDO / | ![]() #7: 化合物 | ![]() #8: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 23 % to 28 % PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 4.8 to 5.3, 1 mM TCEP PH範囲: 4.8 to 5.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月9日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→36.94 Å / Num. obs: 31161 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 87865 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3LC0 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.8 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.95 Å2 / Biso mean: 35.606 Å2 / Biso min: 13.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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