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- PDB-4yrh: p21 isoform of MEC-17 from Danio Rerio -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yrh
タイトルp21 isoform of MEC-17 from Danio Rerio
要素Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Acetyltransferase / acetylation / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-tubulin acetylation / alpha-tubulin N-acetyltransferase / tubulin N-acetyltransferase activity / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / neuron development / clathrin-coated pit / regulation of microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton organization / spindle / microtubule ...alpha-tubulin acetylation / alpha-tubulin N-acetyltransferase / tubulin N-acetyltransferase activity / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / neuron development / clathrin-coated pit / regulation of microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton organization / spindle / microtubule / axon / focal adhesion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain, ATAT-type / Alpha-tubulin N-acetyltransferase / GNAT acetyltransferase, Mec-17 / Alpha-tubulin Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.861 Å
データ登録者Xue, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Tianjin Natural Science Foundationgrant 14JCQNJC09300 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of DrMEC-17 residue 2-185 at 2.85 Angstroms resolution
著者: Xue, T.
履歴
登録2015年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1
B: Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8676
ポリマ－41,7712
非ポリマー2,0964
水1448
1
A: Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9333
ポリマ－20,8861
非ポリマー1,0482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
2
B: Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9333
ポリマ－20,8861
非ポリマー1,0482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.374, 66.299, 75.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1 / TAT / Acetyltransferase mec-17 homolog


分子量: 20885.523 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-185 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: atat1, mec17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PH17, alpha-tubulin N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M HEPES, 0.2M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 32007 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 18.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.861→49.272 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.7 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 1652 10.03 %
Rwork0.2176 --
obs0.2214 16465 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.861→49.272 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2783 0 132 8 2923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9254107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7481195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8609-2.94510.32151320.29961111X-RAY DIFFRACTION91
2.9451-3.04010.3381290.26941235X-RAY DIFFRACTION97
3.0401-3.14880.32781350.26251224X-RAY DIFFRACTION98
3.1488-3.27480.35121380.24711227X-RAY DIFFRACTION99
3.2748-3.42380.32141370.25911215X-RAY DIFFRACTION98
3.4238-3.60430.27531410.23721247X-RAY DIFFRACTION99
3.6043-3.830.27041390.21131238X-RAY DIFFRACTION99
3.83-4.12560.22211360.17861258X-RAY DIFFRACTION100
4.1256-4.54050.19421400.16981257X-RAY DIFFRACTION100
4.5405-5.19690.19041400.18731250X-RAY DIFFRACTION100
5.1969-6.54510.23561430.2281261X-RAY DIFFRACTION100
6.5451-49.2790.26671420.2211290X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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