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万見
- PDB-4yrd: Crystal structure of CapF with inhibitor 3-isopropenyl-tropolone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yrd
タイトルCrystal structure of CapF with inhibitor 3-isopropenyl-tropolone
要素Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / CapF cupin capsular polysaccharide staphylococcus aureus / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Jelly Rolls / NAD(P)-binding domain superfamily / Sandwich / Rossmann fold ...NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Jelly Rolls / NAD(P)-binding domain superfamily / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3IT / Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F / Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Nakano, K. / Chigira, T. / Miyafusa, T. / Nagatoishi, S. / Caaveiro, J.M.M. / Tsumoto, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Discovery and characterization of natural tropolones as inhibitors of the antibacterial target CapF from Staphylococcus aureus.
著者: Nakano, K. / Chigira, T. / Miyafusa, T. / Nagatoishi, S. / Caaveiro, J.M. / Tsumoto, K.
履歴
登録2015年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
B: Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3796
ポリマ－81,9242
非ポリマー4554
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6720 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area31130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.580, 194.620, 158.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 356 / Label seq-ID: 4 - 346

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

NCSアンサンブル:
ID
2
1

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要素

#1: タンパク質 Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F


分子量: 40962.121 Da / 分子数: 2 / 変異: N57G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: capF, SAV0154 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q99X63, UniProt: A0A0H3JP37*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-3IT / 2-hydroxy-3-(prop-1-en-2-yl)cyclohepta-2,4,6-trien-1-one / 3-isopropenyl-tropolone / 3-イソプロペニルトロポロン


分子量: 162.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Sodium cacodylate 100mM, Potassium phosphate 200mM, PEG 3350 18%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→52.8 Å / Num. obs: 42336 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.44→2.57 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ST7

3st7


解像度: 2.44→52.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 16.574 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26091 2139 5.1 %RANDOM
Rwork0.22938 ---
obs0.23102 40164 92.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.44→52.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5560 0 26 194 5780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195719
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.967764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9913.00112485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3385685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.50424.783276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.20815991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3471526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.881.2742746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.881.2742745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5311.9053426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5311.9053427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.081.3972973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.081.3972974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8562.0534338
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.73610.3376422
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.63510.2626368
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

数: 20525 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID
11A
22B
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.503 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 147 -
Rwork0.313 2761 -
obs--87.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20371.00160.40542.02220.70550.96930.1489-0.14530.17950.2996-0.11330.0976-0.08730.0259-0.03560.1706-0.01130.06090.0331-0.02170.046226.000734.5886-23.1554
21.11570.8806-0.53512.0184-0.81831.02250.1103-0.1021-0.12880.2847-0.0938-0.06580.0703-0.0351-0.01650.1574-0.0097-0.05420.03250.00890.034612.99836.4603-22.8011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 356
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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