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- PDB-4yqe: Crystal structure of E. coli WrbA in complex with benzoquinone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yqe
タイトルCrystal structure of E. coli WrbA in complex with benzoquinone
要素NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavin Mononucleotide / NAD(P)H Dehydrogenase (Quinone) / Oxidation-Reduction / Protein Binding / Repressor Proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / NAD binding / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to oxidative stress / protein-containing complex ...NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / NAD binding / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to oxidative stress / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H dehydrogenase (quinone), prokaryotic / Flavoprotein WrbA-like / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 1,4-benzoquinone / NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Degtjarik, O. / Brynda, J. / Ettrichova, O. / Carey, J. / Kuta Smatanova, I. / Ettrich, R.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2016
タイトル: Quantum Calculations Indicate Effective Electron Transfer between FMN and Benzoquinone in a New Crystal Structure of Escherichia coli WrbA.
著者: Degtjarik, O. / Brynda, J. / Ettrichova, O. / Kuty, M. / Sinha, D. / Kuta Smatanova, I. / Carey, J. / Ettrich, R. / Reha, D.
履歴
登録2015年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 1.32016年6月22日Group: Database references
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6236
ポリマ－41,4952
非ポリマー1,1294
水4,035224
1
A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子

A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,24712
ポリマ－82,9894
非ポリマー2,2588
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area13910 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.179, 61.179, 169.992
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D2 (2回x2回 2面回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 197 / Label seq-ID: 1 - 197

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / Flavoprotein WrbA / NAD(P)H:quinone oxidoreductase / NQO / NAD(P)H:quinone oxidoreductase


分子量: 20747.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: wrbA, b1004, JW0989 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8G6, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-PLQ / 1,4-benzoquinone / cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / QUINONE RING OF THE PLASTOQUINONE 9 / p-ベンゾキノン


分子量: 108.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/Imidazol, 12.5 % PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.2M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月23日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→42.5 Å / Num. all: 142025 / Num. obs: 141939 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.63 % / Biso Wilson estimate: 20.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 18.02
反射 シェル解像度: 1.33→1.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.552 /
最高解像度最低解像度
Rotation42.5 Å3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOLREP11.1.03位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSXDSAPP 0.21データ削減
Coot0.7.2モデル構築
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RG1

2rg1


解像度: 1.33→42.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1608 / WRfactor Rwork: 0.1248 / FOM work R set: 0.931 / SU B: 1.394 / SU ML: 0.026 / SU R Cruickshank DPI: 0.0463 / SU Rfree: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1608 3763 5 %RANDOM
Rwork0.1248 71491 --
obs0.1266 71491 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.93 Å2 / Biso mean: 21.479 Å2 / Biso min: 10.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→42.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 78 225 3109
Biso mean--20.49 33.36 -
残基数----380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193061
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6421.9924195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11736568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5765413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.37524.174115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.97115467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8971514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0213537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5111.9231562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5021.9221561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9982.8891958
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.23535901
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.296564
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.33655982
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10228 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.329→1.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 272 -
Rwork0.158 5162 -
all-5434 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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