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- PDB-4ypl: Crystal structure of a hexameric LonA protease bound to three ADPs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ypl
タイトルCrystal structure of a hexameric LonA protease bound to three ADPs
要素Lon protease
キーワードHYDROLASE / Lon protease / ADP / MMH8709 / Inhibitor / AAA+ domain
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / cellular response to heat / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lon protease, bacterial / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Lon protease AAA+ ATPase lid domain / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Lon N-terminal domain profile. ...Lon protease, bacterial / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Lon protease AAA+ ATPase lid domain / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4KZ / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Lon protease
類似検索 - 構成要素
生物種Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Lin, C.-C. / Chang, C.-I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Allosteric Operation of the Lon AAA+ Protease
著者: Lin, C.-C. / Su, S.-C. / Su, M.-Y. / Liang, P.-H. / Feng, C.-C. / Wu, S.-H. / Chang, C.-I.
履歴
登録2015年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lon protease
B: Lon protease
C: Lon protease
F: Lon protease
D: Lon protease
E: Lon protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,76715
ポリマ－367,9766
非ポリマー3,7919
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24870 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area136640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.044, 169.128, 135.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Lon protease / ATP-dependent protease La


分子量: 61329.273 Da / 分子数: 6 / 断片: AAA+ domain, protease domain, UNP residues 242-793 / 変異: E423Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
遺伝子: lonA1, lon / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A059VAZ3, endopeptidase La
#2: 化合物
ChemComp-4KZ / N-[(1R)-1-(dihydroxyboranyl)-2-phenylethyl]-Nalpha-(pyrazin-2-ylcarbonyl)-L-phenylalaninamide


分子量: 418.253 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23BN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.7 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.7, 0.1 M CaCl2, 10-13% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. all: 52050 / Num. obs: 45968 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Net I/av σ(I): 13.22 / Net I/σ(I): 0.168
反射 シェル解像度: 3.45→3.47 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YPN, 1QZM and 1RR9

4ypn

1qzm

1rr9


解像度: 3.45→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.706 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 2447 5.1 %RANDOM
Rwork0.2372 ---
obs0.23859 45968 93.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.574 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å20 Å20 Å2
2--1 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25091 0 267 0 25358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01925850
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0225435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5172.00135058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.543358669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.98453218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02523.951081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.447154612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.29915210
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.23981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02128683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.025356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7376.60912890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7376.60912889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6569.9116102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6569.9116103
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2446.84212959
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2446.84212960
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.02510.18518956
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.78855.65932316
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.78855.65832317
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.45→3.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 105 -
Rwork0.299 1969 -
obs--55.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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