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万見
- PDB-4yow: Crystal structure of a trimeric exonuclease PhoExo I from Pyrococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yow
タイトルCrystal structure of a trimeric exonuclease PhoExo I from Pyrococcus horikoshii OT3 in complex with poly-dC
要素
  • 3-5 exonuclease PhoExo I
  • 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
キーワードHYDROLASE/DNA / exonuclease / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4152 / Protein of unknown function DUF4152 / Protein of unknown function (DUF4152) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / 3-5 exonuclease PhoExo I
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Miyazono, K. / Ito, T. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science, and Technology 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
著者: Miyazono, K. / Ishino, S. / Tsutsumi, K. / Ito, T. / Ishino, Y. / Tanokura, M.
履歴
登録2015年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-5 exonuclease PhoExo I
B: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
C: 3-5 exonuclease PhoExo I
D: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
E: 3-5 exonuclease PhoExo I
F: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5966
ポリマ－84,5966
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area28250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.569, 100.265, 113.181
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3-5 exonuclease PhoExo I


分子量: 26219.281 Da / 分子数: 3 / 変異: D80N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A0A060P168
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量: 1979.315 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: MES, PEG6000, LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→75.051 Å / Num. all: 32549 / Num. obs: 32549 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 52.4 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.081 / Net I/av σ(I): 8.08 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 222012
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.6460.9580.82739945780.4150.9582.297.2
2.64-2.86.60.6431.22930844100.2650.6433.399.3
2.8-2.9970.3742.12938641970.1510.3745.5100
2.99-3.237.20.223.52833339460.0880.228.899.9
3.23-3.547.20.12662603736260.0510.12614.3100
3.54-3.957.10.06910.12350132960.0280.06922.899.9
3.95-4.5670.04913.22053229320.020.04931100
4.56-5.596.90.04314.21721025080.0180.04336100
5.59-7.916.80.03715.81333419740.0150.03736.4100
7.91-19.9836.40.02721.1697210820.0110.0275093.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.5→19.983 Å / FOM work R set: 0.7967 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 1653 5.09 %
Rwork0.2022 30833 -
obs0.2041 32486 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.05 Å2 / Biso mean: 69.59 Å2 / Biso min: 23.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→19.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5379 228 0 59 5666
Biso mean---53.69 -
残基数----693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7187776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028891
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7442205
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5001-2.57350.3981520.34592424257696
2.5735-2.65640.37961260.31592487261398
2.6564-2.75110.28371440.29042527267199
2.7511-2.8610.32111450.274525392684100
2.861-2.99080.27481210.265625642685100
2.9908-3.14790.27541410.250925652706100
3.1479-3.34420.24681270.238225792706100
3.3442-3.60110.25371380.228125882726100
3.6011-3.96090.24061430.183425612704100
3.9609-4.52830.21411480.174626082756100
4.5283-5.68330.21011320.155926302762100
5.6833-19.98380.18161360.154627612897100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.11450.5839-0.2891.7520.32291.5083-0.29330.2031-0.126-0.18790.13510.57340.5643-0.7330.12490.4897-0.24-0.03320.6633-0.00410.4167-2.793640.2648-4.7467
22.49710.1083-1.05132.53850.66633.9927-0.35570.3259-0.6278-0.27590.13810.3120.8429-0.49650.16810.5807-0.26370.04510.5299-0.04270.48344.002333.2847-5.6856
32.33180.0912-1.21232.2450.17042.97230.07450.52130.201-0.3260.16460.8161-0.1054-1.1749-0.09220.3873-0.0155-0.09160.71540.03580.6124-7.02751.78431.8099
48.6455-0.36393.3236.29072.22716.9354-0.74840.8416-0.09370.593-1.0173-0.3180.6274-0.39861.35170.6928-0.16470.16980.6356-0.07320.7995-1.50332.79234.5648
55.85440.37912.43041.11970.18365.89340.0426-0.5648-0.07950.3306-0.01420.3276-0.1128-0.6767-0.0840.4452-0.03170.12490.4046-0.0510.4869-6.364845.498832.7615
64.7369-0.3267-0.26495.14970.06533.62150.0963-0.2659-0.83210.488-0.10680.58640.6089-0.6031-0.00990.5051-0.18750.04240.59570.01760.6933-12.876430.65928.3349
73.81490.55360.82312.37430.57032.0901-0.1227-0.34540.70040.4003-0.10.4004-0.3137-0.50.17310.42350.00940.08040.3916-0.09930.5635-0.498155.010231.1144
81.3128-1.8991-2.38044.08575.1796.50870.5225-0.2555-1.10280.149-1.57191.6240.681-0.56221.1910.9678-0.08040.12510.7087-0.11541.05371.783337.030529.9572
91.76240.9145-0.01681.89661.49868.38420.00790.253-0.1285-0.13810.2443-0.40850.28431.5356-0.22740.35790.01280.01040.5078-0.07250.436328.002647.777516.5848
104.0948-1.8095-0.75052.3877-0.95215.00080.27340.2284-1.05920.04980.0334-0.25661.51660.9044-0.17940.80580.1583-0.13750.5447-0.08720.682228.569936.702329.3421
112.82210.85680.10871.6127-0.4125.3257-0.18860.50650.3598-0.23280.1952-0.1755-0.66450.7269-0.03550.4138-0.11440.01420.47460.00870.402523.129454.9019.2483
124.1805-0.28740.29420.84111.47222.9361-0.242-0.5247-1.49530.15680.14281.06811.5961.76090.02381.01270.20890.05581.12570.14871.207722.415437.484314.199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 55 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 173 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 174 through 227 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 11 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 55 )C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 56 through 138 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 139 through 227 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 8 through 11 )D0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 1 through 55 )E0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 56 through 138 )E0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 139 through 227 )E0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 8 through 11 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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