PDB-4yor: Crystal structure of a trimeric exonuclease PhoExo I from Pyrococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yor

タイトル

Crystal structure of a trimeric exonuclease PhoExo I from Pyrococcus horikoshii OT3 at 1.52A resolution.

要素

3-5 exonuclease PhoExo I

キーワード

HYDROLASE / exonuclease

機能・相同性

Protein of unknown function DUF4152 / Protein of unknown function DUF4152 / Protein of unknown function (DUF4152) / exonuclease activity / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / 3-5 exonuclease PhoExo I

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Miyazono, K. / Tsutsumi, K. / Tanokura, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
著者: Miyazono, K. / Ishino, S. / Tsutsumi, K. / Ito, T. / Ishino, Y. / Tanokura, M.

履歴

登録	2015年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yor.cif.gz	199.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yor.ent.gz	160 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yotC 4youC 4yovC 4yowC 4yoxC 4yoyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yow-d 4yoy-d 4you-d 4o8u-1 4yox-d 4yov-d 5chi-d 4gun-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-5 exonuclease PhoExo I

B: 3-5 exonuclease PhoExo I

ヘテロ分子

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-5 exonuclease PhoExo I

ヘテロ分子

A: 3-5 exonuclease PhoExo I

ヘテロ分子

A: 3-5 exonuclease PhoExo I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-5 exonuclease PhoExo I

ヘテロ分子

B: 3-5 exonuclease PhoExo I

ヘテロ分子

B: 3-5 exonuclease PhoExo I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.065, 112.065, 202.282
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-406- HOH
2	1	B-448- HOH

#1: タンパク質	3-5 exonuclease PhoExo I 分子量: 25667.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A0A060P168
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9 / 詳細: PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→87.501 Å / Num. all: 74001 / Num. obs: 74001 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 19.41 Å² / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.035 / R_sym value: 0.033 / Net I/av σ(I): 14.154 / Net I/σ(I): 30.2 / Num. measured all: 490933

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.52-1.6	3.1	0.536	1.5	30293	9876	0.332	0.536	2.1	91.1
1.6-1.7	4.4	0.328	2.4	45508	10288	0.173	0.328	4.1	99.8
1.7-1.82	6.2	0.201	3.9	60218	9652	0.087	0.201	8.1	100
1.82-1.96	8	0.12	6.5	72452	9047	0.045	0.12	15.5	100
1.96-2.15	8.1	0.065	11.6	67642	8323	0.024	0.065	27.7	100
2.15-2.4	8.1	0.045	16.1	61193	7558	0.017	0.045	40.2	100
2.4-2.78	8.1	0.033	20.9	54058	6688	0.012	0.033	52.7	100
2.78-3.4	8.1	0.023	24.8	45957	5698	0.009	0.023	73.4	100
3.4-4.81	8	0.02	27.2	35407	4423	0.008	0.02	98.1	100
4.81-19.696	7.4	0.018	26.9	18205	2448	0.007	0.018	87.9	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

解像度: 1.52→19.696 Å / FOM work R set: 0.8774 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 19.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1804	7019	5.06 %
R_work	0.1597	131687	-
obs	0.1607	73987	95.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.17 Å² / B_iso mean: 33.4 Å² / B_iso min: 13.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.52→19.696 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3550	0	2	386	3938
B_iso mean	-	-	22.87	41.35	-
残基数	-	-	-	-	449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3635
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.08	4914
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	559
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	621
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.738	1393

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.52-1.5373	0.336	157	0.2875	2843	3000	61
1.5373-1.5553	0.2853	164	0.2695	3160	3324	68
1.5553-1.5743	0.2536	200	0.2583	3418	3618	75
1.5743-1.5942	0.258	201	0.2499	3767	3968	82
1.5942-1.6152	0.2587	194	0.2306	4195	4389	90
1.6152-1.6373	0.2311	241	0.2245	4322	4563	94
1.6373-1.6607	0.2424	209	0.2015	4434	4643	96
1.6607-1.6855	0.2053	235	0.1933	4454	4689	97
1.6855-1.7118	0.1884	271	0.1884	4459	4730	97
1.7118-1.7398	0.2049	243	0.1924	4523	4766	98
1.7398-1.7698	0.2035	254	0.1793	4557	4811	99
1.7698-1.802	0.2294	258	0.1816	4612	4870	99
1.802-1.8366	0.2289	259	0.1696	4593	4852	100
1.8366-1.8741	0.1972	271	0.1718	4570	4841	100
1.8741-1.9148	0.2099	255	0.1595	4609	4864	100
1.9148-1.9593	0.1692	247	0.1577	4607	4854	100
1.9593-2.0082	0.2147	210	0.1621	4610	4820	100
2.0082-2.0625	0.1921	217	0.1581	4674	4891	100
2.0625-2.1231	0.1633	257	0.1493	4614	4871	100
2.1231-2.1916	0.1735	245	0.1545	4606	4851	100
2.1916-2.2698	0.1663	245	0.1447	4621	4866	100
2.2698-2.3605	0.1618	247	0.1559	4613	4860	100
2.3605-2.4677	0.1674	247	0.1593	4588	4835	100
2.4677-2.5976	0.1931	249	0.1551	4635	4884	100
2.5976-2.7599	0.1928	234	0.1613	4615	4849	100
2.7599-2.9723	0.1664	284	0.1577	4550	4834	100
2.9723-3.2702	0.2059	237	0.1556	4628	4865	100
3.2702-3.7406	0.1571	255	0.1465	4652	4907	100
3.7406-4.7022	0.1471	208	0.1338	4634	4842	100
4.7022-19.6978	0.1574	225	0.1563	4524	4749	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3335	-1.485	0.0151	5.6869	0.5823	0.8281	0.1469	0.0357	-0.2376	-0.111	-0.1026	0.2167	0.0454	-0.0584	-0.0304	0.1237	-0.0025	-0.0027	0.1547	0.0136	0.113	35.8668	-37.3576	14.4396
2	1.6575	-0.1455	0.8221	7.4871	-0.2319	3.0345	0.2114	0.4082	-0.527	-0.7967	-0.0698	0.1844	0.3198	0.0122	-0.0971	0.224	-0.0068	-0.0888	0.2923	-0.0515	0.2789	29.9985	-40.0472	5.7151
3	2.8228	0.4716	0.6489	3.3952	-0.5847	3.6312	0.0202	0.9404	-0.0864	-0.7391	0.0748	-0.012	0.1823	0.2111	-0.0649	0.2949	0.0094	-0.0193	0.3959	-0.0056	0.1679	34.3126	-28.3606	-2.5874
4	2.2527	-0.5386	-0.2815	2.1452	0.1696	0.9778	-0.0256	-0.2706	-0.3899	0.1587	-0.0045	0.1986	0.1668	-0.0719	0.0317	0.1449	-0.0171	0.0049	0.1716	0.0418	0.1695	41.425	-44.0192	21.2651
5	5.0445	0.0319	0.1884	2.3875	-0.0964	0.6246	-0.0365	-0.3529	-0.565	0.0531	0.0055	0.1259	0.1033	-0.0545	0.0452	0.1705	0.0132	0.0127	0.1466	0.0244	0.1736	2.8207	-21.6261	20.8383
6	2.7507	0.2151	0.4556	3.4494	0.2324	3.749	-0.0048	-0.7181	-0.1322	0.7677	0.0199	0.0958	0.0432	-0.1654	0.04	0.2953	0.013	0.0079	0.3092	0.0701	0.1656	13.7487	-19.3157	34.4443
7	2.598	-0.1432	-0.1562	2.0646	0.2237	1.0778	0.0037	0.2176	-0.4358	-0.2372	-0.0921	0.2027	0.1529	-0.1295	0.0688	0.1788	0.0001	-0.0082	0.145	-0.0429	0.1935	-4.0183	-18.3537	12.9266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 44 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 72 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 138 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 139 through 227 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 56 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 57 through 138 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 139 through 227 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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