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- PDB-4yoy: Crystal structure of a trimeric exonuclease PhoExo I from Pyrococ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yoy | ||||||
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Title | Crystal structure of a trimeric exonuclease PhoExo I from Pyrococcus horikoshii OT3 in complex with poly-dT and Mg2+ ion | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/DNA / exonuclease / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Miyazono, K. / Ito, T. / Tanokura, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I Authors: Miyazono, K. / Ishino, S. / Tsutsumi, K. / Ito, T. / Ishino, Y. / Tanokura, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 299.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 243.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4yorC ![]() 4yotC ![]() 4youC ![]() 4yovC ![]() 4yowC ![]() 4yoxC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 26219.281 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: D80N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 2084.392 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.41 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.7 / Details: MES, PEG6000, LiCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 25, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→70.836 Å / Num. all: 70614 / Num. obs: 70614 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 31.38 Å2 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.088 / Net I/av σ(I): 6.454 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 494382 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.95→19.911 Å / FOM work R set: 0.825 / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / Phase error: 24.53 / Stereochemistry target values: ML Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 159.61 Å2 / Biso mean: 57.69 Å2 / Biso min: 19.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→19.911 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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