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万見
- PDB-4yn8: Crystal Structure of Response Regulator ChrA in Heme-Sensing Two ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yn8
タイトルCrystal Structure of Response Regulator ChrA in Heme-Sensing Two Component System
要素Response regulator ChrA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-binding / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Doi, A. / Nakamura, H. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
KAKENHI24687015 日本
KAKENHI25121739 日本
KAKENHI23121531 日本
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of the response regulator ChrA in the haem-sensing two-component system of Corynebacterium diphtheriae.
著者: Doi, A. / Nakamura, H. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2009
タイトル: Heme-dependent autophosphorylation of a heme sensor kinase, ChrS, from Corynebacterium diphtheriae reconstituted in proteoliposomes.
著者: Ito, Y. / Nakagawa, S. / Komagata, A. / Ikeda-Saito, M. / Shiro, Y. / Nakamura, H.
履歴
登録2015年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator ChrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,19312
ポリマ－21,6391
非ポリマー55411
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.880, 84.880, 169.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Response regulator ChrA


分子量: 21638.705 Da / 分子数: 1 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
遺伝子: chrA / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9RPE9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M magnesium sulfate, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日 / 詳細: mirrors
回折測定詳細: 1.00 degrees, 1.8 sec, detector distance 140.00 mm
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.096 / 数: 404586
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 28694 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 30.035
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 7.843 / Rsym value: 0.418 / % possible all: 97
Cell measurementReflection used: 404586

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BALBES位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EUL

3eul


解像度: 1.8→28.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.1997 / WRfactor Rwork: 0.1766 / FOM work R set: 0.8863 / SU B: 1.736 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.0972 / SU Rfree: 0.0955 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2018 1449 5.1 %RANDOM
Rwork0.1762 ---
obs0.1775 27233 98.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.01 Å2 / Biso mean: 16.295 Å2 / Biso min: 5.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.07 Å2-0 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→28.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1507 0 27 197 1731
Biso mean--30.36 26.33 -
残基数----201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7591.9862227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86933692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3865224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38424.50771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56415285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8391514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02345
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.843 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 108 -
Rwork0.187 1955 -
all-2063 -
obs--96.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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