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- PDB-4ymt: Crystal structure of an amino acid ABC transporter complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ymt
タイトルCrystal structure of an amino acid ABC transporter complex with arginines
要素
  • ABC-type amino acid transport system, permease component
  • ABC-type polar amino acid transport system, ATPase component
キーワードPROTEIN BINDING/TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / two binding sites / substrate specificity / membrane protein complex / PROTEIN BINDING-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type amino acid transporter activity / amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ABC transporter membrane protein permease protein ArtM/GltK/GlnP/TcyL/YhdX-like / ABC-type amino acid transport system, ATPase component, HisP-type / Amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM domain / MetI-like fold / MetI-like / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site ...ABC transporter membrane protein permease protein ArtM/GltK/GlnP/TcyL/YhdX-like / ABC-type amino acid transport system, ATPase component, HisP-type / Amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM domain / MetI-like fold / MetI-like / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / ABC-type polar amino acid transport system, ATPase component / ABC-type amino acid transport system, permease component
類似検索 - 構成要素
生物種Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.599 Å
データ登録者Ge, J. / Yu, J. / Yang, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis for substrate specificity of an amino acid ABC transporter
著者: Yu, J. / Ge, J. / Heuveling, J. / Schneider, E. / Yang, M.
履歴
登録2015年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: ABC-type polar amino acid transport system, ATPase component
A: ABC-type polar amino acid transport system, ATPase component
C: ABC-type amino acid transport system, permease component
B: ABC-type amino acid transport system, permease component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4846
ポリマ－102,1334
非ポリマー3502
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7740 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area39610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.379, 114.779, 300.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ABC-type polar amino acid transport system, ATPase component / NBD


分子量: 26821.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4 (バクテリア)
株: MB4 / 遺伝子: GlnQ, TTE0514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RCC2
#2: タンパク質 ABC-type amino acid transport system, permease component / TMD


分子量: 24245.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4 (バクテリア)
株: MB4 / 遺伝子: ArtM, TTE0513 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RCC3
#3: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG4000, 0.1M NaCl, 0.1M MgCl, 0.1M Na citrate / PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→49.8 Å / Num. obs: 48853 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 34.7
反射 シェル解像度: 2.59→2.68 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DHW

3dhw


解像度: 2.599→49.783 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 2500 5.12 %
Rwork0.2217 --
obs0.2238 48853 94.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.599→49.783 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7062 0 24 56 7142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.329706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0032710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5987-2.64860.342920.32831596X-RAY DIFFRACTION60
2.6486-2.70270.33851210.31752074X-RAY DIFFRACTION77
2.7027-2.76150.38461290.32182403X-RAY DIFFRACTION89
2.7615-2.82570.37631350.31732605X-RAY DIFFRACTION97
2.8257-2.89640.39681400.30442678X-RAY DIFFRACTION99
2.8964-2.97470.34581470.29382664X-RAY DIFFRACTION99
2.9747-3.06220.28261260.26762690X-RAY DIFFRACTION100
3.0622-3.1610.32911590.27022683X-RAY DIFFRACTION99
3.161-3.2740.31821400.26892710X-RAY DIFFRACTION100
3.274-3.4050.31111780.2472679X-RAY DIFFRACTION99
3.405-3.55990.29821460.23422705X-RAY DIFFRACTION99
3.5599-3.74760.24291370.20832698X-RAY DIFFRACTION99
3.7476-3.98230.24881310.2042683X-RAY DIFFRACTION99
3.9823-4.28960.23811240.17662691X-RAY DIFFRACTION98
4.2896-4.7210.21411460.16652691X-RAY DIFFRACTION98
4.721-5.40340.23151320.19252706X-RAY DIFFRACTION97
5.4034-6.80490.27931560.2472728X-RAY DIFFRACTION98
6.8049-49.79250.21731610.2012669X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.4001 Å / Origin y: 22.6898 Å / Origin z: 32.7021 Å
111213212223313233
T0.5088 Å20.0203 Å20.0307 Å2-0.5497 Å20.0127 Å2--0.5067 Å2
L0.1837 °20.0151 °2-0.3684 °2-0.4007 °2-0.0719 °2--0.8312 °2
S-0.0157 Å °-0.1146 Å °0.0005 Å °0.1478 Å °0.0782 Å °0.0711 Å °-0.0369 Å °0.0682 Å °-0.0553 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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