PDB-4ymk: Crystal Structure of Stearoyl-Coenzyme A Desaturase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ymk

タイトル

Crystal Structure of Stearoyl-Coenzyme A Desaturase 1

要素

Acyl-CoA desaturase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dimetal center

機能・相同性

機能・相同性情報

stearoyl-CoA 9-desaturase / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / palmitoyl-CoA 9-desaturase activity / tarsal gland development / unsaturated fatty acid biosynthetic process / sebaceous gland development / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / sterol homeostasis / response to fatty acid / triglyceride metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.605 Å

データ登録者

Bai, Y. / McCoy, J.G. / Rajashankar, K.R. / Zhou, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: X-ray structure of a mammalian stearoyl-CoA desaturase.
著者: Bai, Y. / McCoy, J.G. / Levin, E.J. / Sobrado, P. / Rajashankar, K.R. / Fox, B.G. / Zhou, M.

履歴

登録	2015年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月8日	Group: Structure summary
改定 1.2	2015年8月19日	Group: Database references
改定 1.3	2016年6月8日	Group: Atomic model
改定 1.4	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.6	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.7	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ymk.cif.gz	282.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ymk.ent.gz	226.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ymk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ymk_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ymk_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ymk_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	4ymk_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/4ymk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/4ymk	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6wf2-1 5z34-d 6h4o-2 5w4w-2 2izr-d 5y1u-1 5mqv-3 5c8l-d 6gzd-d 5vmp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-CoA desaturase 1

D: Acyl-CoA desaturase 1

ヘテロ分子

82.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Acyl-CoA desaturase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Acyl-CoA desaturase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.061, 113.766, 141.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acyl-CoA desaturase 1 / Delta(9)-desaturase 1 / Delta-9 desaturase 1 / Fatty acid desaturase 1 / Stearoyl-CoA desaturase 1 分子量: 39570.629 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Scd1 / プラスミド: pFastBacDUAL / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P13516, stearoyl-CoA 9-desaturase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ST9 / STEAROYL-COENZYME A / ステアロイルCoA 分子量: 1033.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₀N₇O₁₇P₃S
#4: 化合物	ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate 分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	4.13	70.2
2	4.13	70.2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
298	1	脂質キュービック相法	6.9	35% PEG400, 200 mM sodium chloride, 4% ethylene glycol, 100 mM MES, pH 6.9
298	2	脂質キュービック相法	6.9	35% PEG400, 200 mM sodium chloride, 4% ethylene glycol, 100 mM MES, pH 6.9

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93	1
2	93	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	24-ID-C	1	0.9795
シンクロトロン	APS	24-ID-C	2	1.2541

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M-F	1	PIXEL	2013年11月18日
DECTRIS PILATUS 6M-F	2	PIXEL	2014年3月8日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	1.2541	1

Reflection

数: 248246 / R_merge(I) obs: 0.185 / Χ²: 1.07 / D res high: 2.79 Å / Num. obs: 59494 / % possible obs: 98.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
2.79	2.87	3880	1	1.545
2.87	2.94	4330	1	1.425
2.94	3.03	4162	1	1.122
3.03	3.12	4132	1	0.872
3.12	3.23	3973	1	0.725
3.23	3.34	3826	1	0.566
3.34	3.46	3691	1	0.457
3.46	3.61	3540	1	0.395
3.61	3.77	3397	1	0.319
3.77	3.95	3336	1	0.259
3.95	4.16	3053	1	0.203
4.16	4.42	2960	1	0.168
4.42	4.72	2757	1	0.142
4.72	5.1	2574	1	0.111
5.1	5.59	2348	1	0.113
5.59	6.25	2154	1	0.109
6.25	7.21	1882	1	0.086
7.21	8.83	1600	1	0.064
8.83	12.49	1235	1	0.048

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 38065 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 43.5 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 0.933 / Net I/av σ(I): 14.407 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 237283 / Scaling rejects: 83

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all
2.6-2.64	5	0.53	1813	0.827	0.248	0.588	0.813	94
2.64-2.69	5.6	0.519	1824	0.865	0.229	0.569	0.861	96.8
2.69-2.74	6	0.454	1863	0.898	0.196	0.496	0.89	97
2.74-2.8	6.2	0.394	1857	0.923	0.168	0.429	0.892	98.4
2.8-2.86	6.3	0.357	1896	0.926	0.151	0.388	0.965	98.3
2.86-2.93	6.3	0.32	1889	0.947	0.136	0.349	0.951	98.6
2.93-3	6.2	0.27	1882	0.952	0.116	0.294	1.007	98.7
3-3.08	5.9	0.232	1848	0.958	0.102	0.254	1.037	94.8
3.08-3.17	6.6	0.217	1877	0.974	0.09	0.235	1.047	98.9
3.17-3.28	6.6	0.184	1902	0.978	0.076	0.2	1.072	99.2
3.28-3.39	6.5	0.159	1911	0.98	0.066	0.173	1.018	99.2
3.39-3.53	6.4	0.144	1922	0.984	0.06	0.156	1.007	99.2
3.53-3.69	6.2	0.122	1904	0.986	0.052	0.133	0.946	99
3.69-3.88	6.1	0.107	1892	0.987	0.046	0.117	0.944	97.4
3.88-4.13	6.7	0.095	1929	0.993	0.039	0.102	0.896	99.2
4.13-4.45	6.6	0.086	1942	0.992	0.036	0.093	0.864	99.4
4.45-4.89	6.3	0.082	1963	0.994	0.035	0.089	0.863	99.4
4.89-5.6	6.5	0.075	1905	0.996	0.031	0.081	0.884	97.2
5.6-7.05	6.4	0.068	2003	0.996	0.029	0.074	0.864	99.5	27.3	7903
7.05-50	6.2	0.04	2043	0.999	0.018	0.045	0.799	96.5	1.3	32391

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
PHASER		位相決定
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.605→47.411 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2353	1999	5.26 %	Random selection
R_work	0.2027	36017	-	-
obs	0.2044	38016	97.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.08 Å² / B_iso mean: 46.8574 Å² / B_iso min: 21.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.605→47.411 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5231	0	188	86	5505
B_iso mean	-	-	51.48	40.97	-
残基数	-	-	-	-	634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5587
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.633	7565
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	779
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	928
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.087	2022

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6054-2.6706	0.265	134	0.2212	2418	2552	93
2.6706-2.7428	0.2407	139	0.216	2509	2648	97
2.7428-2.8235	0.279	141	0.209	2520	2661	98
2.8235-2.9146	0.2632	142	0.1997	2554	2696	98
2.9146-3.0187	0.24	141	0.2058	2550	2691	99
3.0187-3.1396	0.2757	139	0.2061	2512	2651	96
3.1396-3.2824	0.226	143	0.2108	2583	2726	99
3.2824-3.4554	0.2468	144	0.2025	2581	2725	99
3.4554-3.6719	0.2433	145	0.2051	2617	2762	99
3.6719-3.9552	0.2276	142	0.2058	2549	2691	98
3.9552-4.353	0.2261	145	0.2104	2626	2771	100
4.353-4.9823	0.2664	145	0.2022	2600	2745	98
4.9823-6.2749	0.2181	147	0.2017	2667	2814	99
6.2749-47.4188	0.1835	152	0.181	2731	2883	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2029	0.2101	0.1334	1.5157	0.7295	4.9202	-0.0316	0.0765	-0.1567	-0.0305	0.076	0.062	-0.0392	-0.3184	-0.0362	0.2731	0.0499	0.0079	0.2185	0.0849	0.3217	-27.3078	-18.9639	15.0396
2	1.7018	0.0274	0.2247	0.7804	0.1906	2.4939	-0.0969	0.0361	0.0777	0.0465	0.02	-0.0397	-0.0804	-0.0658	0.0769	0.2475	0.0057	-0.0086	0.2961	0.0133	0.2688	-20.197	-18.5134	10.0211
3	2.3639	-1.7506	0.4398	1.9354	-2.4849	8.3357	-0.0227	0.8318	-0.0201	-0.2345	0.2654	0.1908	-0.4924	0.388	-0.3068	0.6407	-0.1134	0.0633	0.558	-0.0994	0.4491	13.6369	25.5101	-0.7659
4	2.9909	0.806	0.6683	1.4918	0.8908	2.1428	0.0843	-0.4503	-0.1632	0.2436	-0.1291	0.0641	0.0774	-0.0337	0.037	0.3835	-0.0669	0.0177	0.3888	-0.0038	0.2683	1.8958	16.9368	21.5934
5	8.9659	-2.5563	0.9802	4.1565	0.2785	2.2281	-0.0593	-0.0431	-0.0012	-0.3644	0.2409	-0.0723	-0.418	0.3431	-0.1876	0.4891	-0.1679	-0.0033	0.4078	0.0101	0.2885	11.6672	25.6861	7.4232
6	2.2016	-0.0345	0.7513	3.0749	-0.6655	5.7219	-0.0169	-0.8722	0.2203	0.5781	-0.2638	-0.1632	-0.1031	-0.1862	0.1596	0.5368	-0.0825	0.0673	0.6814	-0.1034	0.344	-0.1146	22.6651	30.1883
7	2.1707	0.9147	2.2436	3.0609	2.1361	8.7452	-0.0002	0.2179	-0.1782	-0.2628	0.208	-0.2893	0.3082	0.0955	-0.1864	0.3211	-0.0466	0.0199	0.295	0.0142	0.3312	6.8169	9.4726	6.9211
8	7.4725	-1.8133	-3.7885	3.2972	1.5946	7.9273	-0.0492	0.6458	-0.2494	-0.555	-0.1047	0.1719	0.2565	-0.6121	0.2445	0.4189	-0.1349	-0.0086	0.2883	-0.0428	0.3126	-4.4222	9.2266	0.0404

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 40 through 112 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 113 through 361 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 41 through 68 )	D
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 69 through 141 )	D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 142 through 204 )	D
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 205 through 246 )	D
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 247 through 314 )	D
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 315 through 352 )	D

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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