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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ym2 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the human galectin-4 C-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lactose-3'-sulfate | |||||||||
要素 | Galectin-4 | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / galectin / lectin / carbohydrate binding protein / sulfated saccharide / carbohydrate recognition / beta sandwich | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibacterial peptide biosynthetic process / galactoside binding / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / extracellular space / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Bum-Erdene, K. / Blanchard, H. | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2015 タイトル: Structural characterization of human galectin-4 C-terminal domain: elucidating the molecular basis for recognition of glycosphingolipids, sulfated saccharides and blood group antigens. 著者: Bum-Erdene, K. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Blanchard, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ym2.cif.gz | 126.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ym2.ent.gz | 96.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ym2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ym2_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ym2_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ym2_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ym2_validation.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/4ym2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/4ym2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16962.291 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 171-323 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56470 #2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.39 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 4 % v/v PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月1日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.1→44.91 Å / Num. obs: 29564 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 161411 / Scaling rejects: 12 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3OJB 解像度: 2.1→42.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2219 / WRfactor Rwork: 0.1675 / FOM work R set: 0.8503 / SU B: 4.736 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.0502 / SU Rfree: 0.0387 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.57 Å2 / Biso mean: 28.064 Å2 / Biso min: 7.61 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→42.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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