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- PDB-4ykm: Crystal structure of the R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Q:R59Y:A32W:F3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ykm
タイトルCrystal structure of the R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Q:R59Y:A32W:F3Q mutant of human Cellular Retinoic Acid Binding Protein II with Retinal at 1.58 angstrom resolution
要素Cellular retinoic acid-binding protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Photoswitchable protein / Rhodopsin mimic / Retinal isomerization / Retinal iminium pKa change / Protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinoic acid binding / retinal binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinoic acid binding / retinal binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Cellular retinoic acid-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Nosrati, M. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: A Photoisomerizing Rhodopsin Mimic Observed at Atomic Resolution.
著者: Nosrati, M. / Berbasova, T. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22016年8月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
B: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8494
ポリマ－31,2802
非ポリマー5692
水6,774376
1
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9242
ポリマ－15,6401
非ポリマー2841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9242
ポリマ－15,6401
非ポリマー2841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.692, 39.296, 58.431
Angle α, β, γ (deg.)87.15, 80.00, 70.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II


分子量: 15639.833 Da / 分子数: 2 / 変異: R111K, Y134F, T54V, R132Q, P39Q, R59Y, A32W, F3Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 0.1M Bis Tris Propane pH=6.0, 0.2M Sodium Floride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 41716 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G7B

2g7b


解像度: 1.58→31.758 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 2025 5.06 %
Rwork0.1819 --
obs0.1837 40016 95.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.327 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5091 Å20.0956 Å2-0.3281 Å2
2--0.4971 Å2-0.3455 Å2
3---0.012 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→31.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2192 0 40 376 2608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1293111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.402873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5766-1.61610.29441390.24192451X-RAY DIFFRACTION87
1.6161-1.65970.25641570.21982655X-RAY DIFFRACTION95
1.6597-1.70860.24131360.21042693X-RAY DIFFRACTION94
1.7086-1.76370.25121290.19912749X-RAY DIFFRACTION96
1.7637-1.82680.25361550.19312684X-RAY DIFFRACTION96
1.8268-1.89990.2281340.19352701X-RAY DIFFRACTION95
1.8999-1.98630.23511630.19482691X-RAY DIFFRACTION96
1.9863-2.09110.23811300.19172757X-RAY DIFFRACTION96
2.0911-2.2220.2261550.18212706X-RAY DIFFRACTION97
2.222-2.39350.19641490.17732766X-RAY DIFFRACTION97
2.3935-2.63430.2181470.19342770X-RAY DIFFRACTION97
2.6343-3.01520.26091480.20082778X-RAY DIFFRACTION98
3.0152-3.79790.20111480.1642782X-RAY DIFFRACTION99
3.7979-31.76480.16651350.15692808X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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