PDB-4yk1: Crystal Structure of the BID Domain of Bep6 from Bartonella rochalimae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yk1

タイトル

Crystal Structure of the BID Domain of Bep6 from Bartonella rochalimae

要素

Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS

キーワード

PROTEIN BINDING / SSGCID / Bartonella rochalimae / Bep6 / VirB-translocated Bartonella effector protein / BID domain / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS

機能・相同性情報

生物種

Bartonella rochalimae ATCC BAA-1498 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The BID Domain of Type IV Secretion Substrates Forms a Conserved Four-Helix Bundle Topped with a Hook.
著者: Stanger, F.V. / de Beer, T.A. / Dranow, D.M. / Schirmer, T. / Phan, I. / Dehio, C.

履歴

登録	2015年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月11日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yk1.cif.gz	69.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yk1.ent.gz	53.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yk1_validation.pdf.gz	415.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yk1_full_validation.pdf.gz	416.3 KB	表示
XML形式データ	4yk1_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	4yk1_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/4yk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/4yk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yk2C 4yk3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6csu-d 6adz-d 6fpd-d 3wuu-1 3tul-1 5y2j-d 5ijp-d 4abm-1 1a60-d 2mi0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BaroA.17330.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS

17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.250, 79.250, 85.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-533- HOH

#1: タンパク質	Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS / BepE 分子量: 17192.295 Da / 分子数: 1 / 断片: BID domain (UNP residues 298-434) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella rochalimae ATCC BAA-1498 (バクテリア) 遺伝子: BARRO_50054, O99_01278 / プラスミド: BaroA.17330.c.B4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E6YLF3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS / BepE

分子量: 17192.295 Da / 分子数: 1 / 断片: BID domain (UNP residues 298-434) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bartonella rochalimae ATCC BAA-1498 (バクテリア)
遺伝子: BARRO_50054, O99_01278 / プラスミド: BaroA.17330.c.B4 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E6YLF3

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.67 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1:1 19.68 mg/mL protein and MCSG3(a1) (0.1 M sodium cacodylate/HCl, pH 6.5, 1 M sodium citrate tribasic), cryoprotectant: 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月1日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 473778 / R_merge(I) obs: 0.07 / Χ²: 1 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 30542 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
9.39	50	339	1	0.028
6.64	9.39	626	1	0.028
5.42	6.64	817	1	0.035
4.7	5.42	951	1	0.033
4.2	4.7	1092	1	0.032
3.83	4.2	1204	1	0.038
3.55	3.83	1299	1	0.042
3.32	3.55	1411	1	0.049
3.13	3.32	1498	1	0.059
2.97	3.13	1589	1	0.072
2.83	2.97	1649	1	0.089
2.71	2.83	1734	1	0.122
2.6	2.71	1811	1	0.144
2.51	2.6	1897	1	0.173
2.42	2.51	1944	1	0.21
2.35	2.42	1986	1	0.237
2.28	2.35	2095	1	0.314
2.21	2.28	2149	1	0.396
2.15	2.21	2215	1	0.45
2.1	2.15	2236	1	0.582

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 16573 / Num. obs: 16570 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.34 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 1.005 / Net I/σ(I): 29.98 / Num. measured all: 473778

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all
2.1-2.15	0.945	0.582	5.32	34684	2237	2236	0.601
2.15-2.21	0.967	0.45	6.83	34426	2215	2215	0.465
2.21-2.28	0.974	0.396	7.89	33431	2149	2149	0.41
2.28-2.35	0.981	0.314	9.87	32597	2095	2095	0.325
2.35-2.42	0.99	0.237	13.08	30990	1986	1986	0.245
2.42-2.51	0.993	0.21	14.61	30348	1944	1944	0.217
2.51-2.6	0.994	0.173	17.36	29659	1897	1897	0.179
2.6-2.71	0.996	0.144	20.43	28327	1811	1811	0.149
2.71-2.83	0.997	0.122	23.9	27179	1734	1734	0.126
2.83-2.97	0.998	0.089	31.11	25863	1649	1649	0.092
2.97-3.13	0.999	0.072	37.61	24903	1589	1589	0.074
3.13-3.32	0.999	0.059	43.91	23399	1498	1498	0.061
3.32-3.55	0.999	0.049	53.66	21930	1411	1411	0.05
3.55-3.83	1	0.042	60.49	19962	1299	1299	0.044
3.83-4.2	1	0.038	65.95	18515	1204	1204	0.039
4.2-4.7	1	0.032	74.04	16844	1092	1092	0.033
4.7-5.42	1	0.033	69.44	14512	951	951	0.034
5.42-6.64	1	0.035	64.76	12263	817	817	0.036
6.64-9.39	1	0.028	75.22	9267	626	626	0.029

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
ARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→46.945 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.58 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2031	813	4.97 %
R_work	0.1771	29027	-
obs	0.1784	16570	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.05 Å² / B_iso mean: 42.5497 Å² / B_iso min: 16.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→46.945 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1053	0	0	99	1152
B_iso mean	-	-	-	46.37	-
残基数	-	-	-	-	137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1091
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.925	1476
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	171
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	194
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.503	437

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.1001-2.1678	0.2269	107	0.2006	2648	2755
2.1678-2.2453	0.228	131	0.1822	2664	2795
2.2453-2.3352	0.2313	103	0.1844	2674	2777
2.3352-2.4415	0.2196	129	0.1731	2642	2771
2.4415-2.5702	0.2295	170	0.1753	2608	2778
2.5702-2.7312	0.2199	148	0.1829	2632	2780
2.7312-2.9421	0.2506	120	0.1967	2662	2782
2.9421-3.2381	0.2458	151	0.2009	2610	2761
3.2381-3.7065	0.1877	163	0.1811	2608	2771
3.7065-4.6691	0.1674	172	0.1415	2625	2797
4.6691-46.9572	0.1874	123	0.1813	2654	2777

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.062	-0.474	-0.3023	4.8582	-0.9006	1.7353	-0.0913	-0.06	-0.4658	-0.5415	0.1805	0.3439	0.8348	-0.0152	-0.2221	0.5439	-0.0573	-0.0665	0.3127	0.0571	0.3716	30.7684	86.4492	5.353
2	5.1361	-1.0534	0.7919	8.259	-5.6025	4.4073	0.0584	-0.2374	-0.2505	-0.4258	-0.1334	-0.3686	0.6299	0.5772	0.0785	0.2287	0.0452	-0.0029	0.2437	0.0092	0.1843	38.9214	100.5909	5.8351
3	5.0797	-4.2975	-0.1212	4.05	-1.2099	4.0278	0.2934	-0.0083	0.236	-0.3996	-0.2047	-0.2325	-0.086	0.1761	-0.1591	0.1438	-0.0062	0.0012	0.2293	0.0632	0.2533	29.3646	117.7033	-2.4998
4	0.3637	-1.8001	0.4619	8.295	-3.5193	1.3178	-0.0319	0.0006	-0.0564	-0.0253	0.0209	0.0889	0.1238	0.0333	0.0213	0.3378	-0.0122	-0.0344	0.2629	0.0511	0.2716	31.7633	87.4352	13.6425

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 297 through 353 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 354 through 370 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 371 through 384 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 385 through 433 )	A

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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