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- PDB-4yj3: Crystal structure of tubulin bound to compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yj3
タイトルCrystal structure of tubulin bound to compound 2
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
  • Tubulin-tyrosine ligase
キーワードCELL CYCLE / alpha-tubulin / beta-tubulin / stathmin / MI-181 / cell cycle inhibitor complex / microtubule / cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family ...Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Dna Ligase; domain 1 / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4EE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者McNamara, D.E. / Torres, J.Z. / Yeates, T.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR000124 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structures of potent anticancer compounds bound to tubulin.
著者: McNamara, D.E. / Senese, S. / Yeates, T.O. / Torres, J.Z.
履歴
登録2015年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin-tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,81821
ポリマ－261,6706
非ポリマー3,14715
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21940 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area78020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.200, 157.690, 181.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Brain / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Brain / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16883.197 Da / 分子数: 1 / Fragment: Stathmin-like domain / Mutation: F64W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin-tyrosine ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 31分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-4EE / 6-(4-ethoxyphenyl)-3-(2-methoxyphenyl)-7H-[1,2,4]triazolo[3,4-b][1,3,4]thiadiazine


分子量: 366.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N4O2S
#10: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 100 mM MES/imidazole, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 6% (w/v) PEG 4000, 4% glycerol CRYO 16% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→91.07 Å / Num. obs: 31487 / % possible obs: 99.25 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 80.65 Å2 / Rmerge F obs: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.371 / Rrim(I) all: 0.513 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 4.83 / Num. measured all: 174017
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.75-3.884.60.2231.4041.412797289428342.60999.39
3.57-3.670.5271.671.1212505278427531.89498.9
3.67-3.780.3921.7121.1212642272027031.93299.4
3.78-3.890.671.1641.6711919265826361.32199.2
3.89-4.020.6671.0971.8511363257125281.24598.3
4.02-4.160.660.7672.2811249248524810.87199.8
4.16-4.320.7370.6262.6610793242024030.71199.3
4.32-4.50.8570.4553.459656230622730.52198.6
4.5-4.70.8720.3784.179370223422240.43499.6
4.7-4.930.8920.3724.449958214021330.4299.7
4.93-5.190.8880.3834.339405202820240.43399.8
5.19-5.510.8670.3934.228933195319480.44699.7
5.51-5.890.8760.3894.178129180718040.44299.8
5.89-6.360.8820.3574.327346168516760.40799.5
6.36-6.970.9250.2655.146196159315660.30798.3
6.97-7.790.9620.1897.496459142314210.21599.9
7.79-8.990.9830.11710.695628127712720.13499.6
8.99-11.010.9920.07414.124521109910870.08698.9
11.01-15.580.9940.06315.1131088588300.07396.7
15.580.9950.05117.4520405175090.06298.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation9.45 Å180.37 Å
Translation9.45 Å180.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEJanuary 10, 2014データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O2B

4o2b


解像度: 3.75→91.069 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2792 3147 10 %RANDOM
Rwork0.2387 28316 --
obs0.2428 31463 99.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.87 Å2 / Biso mean: 99.4572 Å2 / Biso min: 49.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.75→91.069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16811 0 196 16 17023
Biso mean--83.85 78.38 -
残基数----2124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00617420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4723572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.886421
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.75-3.80870.34421410.303312661407100
3.8087-3.87120.37341410.33711270141199
3.8712-3.93790.51441340.41961211134596
3.9379-4.00950.2931430.295812861429100
4.0095-4.08660.29041390.276612551394100
4.0866-4.17010.29051440.265612941438100
4.1701-4.26070.26931410.254612731414100
4.2607-4.35990.27041400.25461261140198
4.3599-4.46890.26721400.23421253139399
4.4689-4.58970.26771430.23512871430100
4.5897-4.72480.23621430.217612851428100
4.7248-4.87720.28061420.22112781420100
4.8772-5.05150.26271430.227612951438100
5.0515-5.25380.32541450.241413041449100
5.2538-5.49290.32861410.23912671408100
5.4929-5.78240.30281440.249112971441100
5.7824-6.14460.29721450.243113051450100
6.1446-6.61890.31721430.24751286142998
6.6189-7.28480.28331460.220913101456100
7.2848-8.33830.23211460.193313171463100
8.3383-10.50290.19061500.15831346149699
10.5029-91.09620.22721530.20431370152397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2357-1.5666-1.61565.12610.2263.29610.19590.26920.4516-0.58430.4199-1.0476-0.97540.7118-0.58191.1277-0.27330.19940.8902-0.3910.925931.9862246.266751.9601
21.99960.11190.50155.02221.62076.69270.1188-0.29280.60720.60250.4102-0.2-0.52320.4227-0.50090.7696-0.07190.13410.5932-0.27240.8619.517240.20166.1861
32.3216-1.9467-1.00837.81962.61733.8982-0.1334-0.43320.20391.44760.21370.78680.05930.1404-0.08740.8298-0.10870.23940.7688-0.23550.842519.3928240.968873.7082
42.63041.01390.64424.10171.4514.863-0.1279-0.4131-1.31950.08520.1864-0.1232-0.13120.6446-0.03410.77950.3399-0.18841.0667-0.28191.039632.9046219.519460.4258
54.7025.7681-6.4137.9869-8.47348.80250.5416-2.0320.33790.4937-0.4243-0.97041.9186-2.0770.14552.11740.3010.37981.7780.17581.019424.7056224.647880.2586
65.3378-0.6195-0.22393.92240.01493.56620.12850.10471.8308-0.82960.1376-0.1105-1.562-0.1295-0.21641.04920.02610.02390.4295-0.11611.012115.8247227.886718.906
72.9367-1.79680.56274.8275-1.28332.56890.67540.26280.4783-0.5903-0.3289-0.0657-0.89260.3462-0.26190.8293-0.00280.28130.6207-0.21520.85428.7642214.156814.1817
82.3523-0.3628-1.02384.85381.17543.256-0.2085-0.48220.1734-0.40180.2374-0.5018-0.36140.2836-0.01740.52960.02390.0230.3928-0.05190.750824.1756211.181225.8068
95.90412.21946.96585.27681.825710.06820.3758-1.9623-1.75-0.1431-0.2830.4514-0.2529-2.0821-0.13110.64330.1536-0.06690.8408-0.50221.02335.1213208.743728.2595
103.7221-0.15260.52331.3028-0.13646.77950.26570.32720.2884-0.00530.01270.1735-0.5208-0.2975-0.25510.6719-0.00360.02240.5034-0.24640.785810.1151220.051735.6058
113.01250.09781.61931.9605-1.65983.3965-0.044-0.26810.2840.68960.04350.5083-0.3847-0.47910.02410.74060.08410.08930.6257-0.26670.80686.2644218.77844.677
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152.0365-1.6254-0.16392.90571.12072.7708-0.0515-0.0704-0.23310.17280.01350.2430.1436-0.29110.04220.5579-0.12310.05320.3788-0.06810.63387.44183.67353.258
165.3203-0.90470.63463.1003-0.82921.2389-0.07411.4060.3383-0.88610.30850.05350.2857-0.392-0.29181.16-0.32620.13491.29560.04990.694717.058166.6605-44.0787
175.1909-0.6974-1.00132.77050.71374.7112-0.3641.2895-0.6744-0.5110.17290.08570.9598-0.41950.12011.0048-0.1790.0260.8178-0.2210.646920.9988154.9803-33.4397
182.468-0.38420.01552.9222-1.80044.1004-0.07810.2114-0.6626-0.3627-0.16060.39310.7122-1.03060.24450.8625-0.25440.06890.9005-0.20870.74098.6872153.35-21.027
191.58411.26870.43115.9707-0.8051.4135-0.73830.2501-1.7512-0.003-0.66330.40690.2776-0.15631.24941.2130.03740.06410.7409-0.371.218130.354141.0272-23.5046
203.4931-0.3091-1.33562.2948-1.36341.1165-0.0345-0.50340.44210.65820.37350.0064-1.66661.7393-0.27511.7312-0.3766-0.11571.227-0.32970.937727.9121250.829982.5067
210.9898-0.141-0.4925.0254.71615.791-0.2396-0.0710.05920.7760.29930.12011.07350.8655-0.01760.74620.10440.01540.5744-0.06930.819542.7979186.51635.0458
223.97510.8671-0.7564.7189-0.45919.4457-0.26850.2182-1.2768-0.6640.1309-0.22.0765-1.08710.12381.3212-0.14660.07710.906-0.27311.08286.3833212.458169.7349
235.63560.8764-1.58182.7166-0.29648.1135-0.2219-1.4004-1.09371.2296-0.1326-1.17130.98121.52350.35311.28320.1579-0.12481.19390.20171.167613.8717216.1772105.0121
242.8703-0.5576-1.39541.08360.99487.6711-0.3148-0.3869-0.92280.87230.40390.42280.9349-0.2576-0.10551.3221-0.02160.22610.72140.11421.0207-3.3384215.285690.5602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:180)A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 181:311)A181 - 311
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 312:401)A312 - 401
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 402:436)A402 - 436
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 437:439)A437 - 439
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 1:88)B1 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 89:127)B89 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 128:197)B128 - 197
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 198:223)B198 - 223
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 224:295)B224 - 295
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 296:373)B296 - 373
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 374:401)B374 - 401
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 402:438)B402 - 438
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 1:197)C1 - 197
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 198:440)C198 - 440
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 1:88)D1 - 88
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 89:295)D89 - 295
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 296:401)D296 - 401
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 402:441)D402 - 441
20X-RAY DIFFRACTION20(chain E and resid 5:46)E5 - 46
21X-RAY DIFFRACTION21(chain E and resid 47:141)E47 - 141
22X-RAY DIFFRACTION22(chain F and resid 1:66)F1 - 66
23X-RAY DIFFRACTION23(chain F and resid 67:198)F67 - 198
24X-RAY DIFFRACTION24(chain F and resid 199:378)F199 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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