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- PDB-4yiz: Crystal structure of engineered TgAMA1 lacking the DII loop in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yiz
タイトルCrystal structure of engineered TgAMA1 lacking the DII loop in complex with an Eimeria tenella RON2D3 peptide
要素
  • Apical membrane antigen AMA1
  • Rhoptry neck protein 2, putative
キーワードIMMUNE SYSTEM / Apicomplexa / invasion / moving junction / parasite / protein engineering / PAN domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Complement Module; domain 1 - #70 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Complement Module; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Ribbon / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Apical membrane antigen AMA1 / Rhoptry neck protein 2, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Parker, M.L. / Boulanger, M.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP82915 カナダ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: An Extended Surface Loop on Toxoplasma gondii Apical Membrane Antigen 1 (AMA1) Governs Ligand Binding Selectivity.
著者: Parker, M.L. / Boulanger, M.J.
履歴
登録2015年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen AMA1
C: Apical membrane antigen AMA1
E: Apical membrane antigen AMA1
B: Rhoptry neck protein 2, putative
D: Rhoptry neck protein 2, putative
F: Rhoptry neck protein 2, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,17515
ポリマ－149,8106
非ポリマー1,3659
水8,773487
1
A: Apical membrane antigen AMA1
B: Rhoptry neck protein 2, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5716
ポリマ－49,9372
非ポリマー6354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
2
C: Apical membrane antigen AMA1
D: Rhoptry neck protein 2, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3505
ポリマ－49,9372
非ポリマー4133
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
3
E: Apical membrane antigen AMA1
F: Rhoptry neck protein 2, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2544
ポリマ－49,9372
非ポリマー3172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)265.928, 265.928, 94.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-503-

SO4

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Apical membrane antigen AMA1


分子量: 46064.297 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 64-484 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
遺伝子: TGME49_255260 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: S8GKS3
#2: タンパク質・ペプチド Rhoptry neck protein 2, putative


分子量: 3872.359 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1261-1285 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム)
遺伝子: ETH_00012760 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: U6KQJ2

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 492分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細The authors state that the twenty flexible residues of the DII loop (HTYPLTSQASWNDWWPLHQS) were ...The authors state that the twenty flexible residues of the DII loop (HTYPLTSQASWNDWWPLHQS) were replaced with a seven residue Gly-Ser linker (GSGSGSG).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.0 and 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月18日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→72.89 Å / Num. obs: 180412 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 2Y8T

2y8t


解像度: 2.2→59.5 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 9059 5.03 %Random selection
Rwork0.187 ---
obs0.188 179956 93.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9975 0 81 487 10543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310421
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84514134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.383858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031880
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2250.23423050.23685676X-RAY DIFFRACTION94
2.225-2.25120.36192670.365632X-RAY DIFFRACTION92
2.2512-2.27870.28743050.26945697X-RAY DIFFRACTION94
2.2787-2.30750.24623180.21885593X-RAY DIFFRACTION92
2.3075-2.33790.23952760.21845720X-RAY DIFFRACTION94
2.3379-2.36990.2663260.21815779X-RAY DIFFRACTION95
2.3699-2.40380.24952590.21075831X-RAY DIFFRACTION96
2.4038-2.43960.22713190.20265849X-RAY DIFFRACTION96
2.4396-2.47780.21333240.19935775X-RAY DIFFRACTION95
2.4778-2.51840.23773080.20795727X-RAY DIFFRACTION95
2.5184-2.56180.24522900.21165633X-RAY DIFFRACTION92
2.5618-2.60840.24273190.2125554X-RAY DIFFRACTION92
2.6084-2.65860.24572650.21245022X-RAY DIFFRACTION83
2.6586-2.71280.23423000.21675653X-RAY DIFFRACTION93
2.7128-2.77180.20463060.2045910X-RAY DIFFRACTION97
2.7718-2.83630.23452910.21025892X-RAY DIFFRACTION97
2.8363-2.90720.23432870.21135698X-RAY DIFFRACTION94
2.9072-2.98580.24422900.21635795X-RAY DIFFRACTION95
2.9858-3.07370.22993230.20455828X-RAY DIFFRACTION96
3.0737-3.17290.2422990.19925802X-RAY DIFFRACTION95
3.1729-3.28630.22433170.19755824X-RAY DIFFRACTION96
3.2863-3.41780.22722910.18595404X-RAY DIFFRACTION89
3.4178-3.57340.19332840.17435475X-RAY DIFFRACTION89
3.5734-3.76170.16953280.15565962X-RAY DIFFRACTION97
3.7617-3.99740.16963480.14835742X-RAY DIFFRACTION95
3.9974-4.30590.15172940.13985880X-RAY DIFFRACTION95
4.3059-4.73910.14283280.12955788X-RAY DIFFRACTION95
4.7391-5.42450.1642650.1465185X-RAY DIFFRACTION84
5.4245-6.83270.19453040.16445925X-RAY DIFFRACTION96
6.8327-59.52050.18913230.19015646X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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