+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yiz | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of engineered TgAMA1 lacking the DII loop in complex with an Eimeria tenella RON2D3 peptide | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Apicomplexa / invasion / moving junction / parasite / protein engineering / PAN domain | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Parker, M.L. / Boulanger, M.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: An Extended Surface Loop on Toxoplasma gondii Apical Membrane Antigen 1 (AMA1) Governs Ligand Binding Selectivity. 著者: Parker, M.L. / Boulanger, M.J. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 274 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 220.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 46064.297 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 64-484 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TGME49_255260 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3872.359 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1261-1285 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ETH_00012760 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-糖 , 2種, 4分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/A2G.gif)
![](data/chem/img/A2G.gif)
#3: 糖 | #4: 糖 | ChemComp-A2G / | |
---|
-非ポリマー , 2種, 492分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | The authors state that the twenty flexible residues of the DII loop (HTYPLTSQASWNDWWPLHQS) were ...The authors state that the twenty flexible residues of the DII loop (HTYPLTSQAS |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.9 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.0 and 2.0 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月18日 |
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→72.89 Å / Num. obs: 180412 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 94.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID 2Y8T 解像度: 2.2→59.5 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.5 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|