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- PDB-4yir: Crystal structure of Rad4-Rad23 crosslinked to an undamaged DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yir
タイトルCrystal structure of Rad4-Rad23 crosslinked to an undamaged DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*G*GP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(G47)P*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')
  • DNA repair protein RAD4
  • UV excision repair protein RAD23
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA damage repair / nucleotide excision repair / protein-DNA interactions / protein-DNA crosslinking / protein-DNA complex / xeroderma pigmentosum / beta-hairpin / transglutaminase domain / disulfide crosslinking / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PNGase complex / nucleotide-excision repair factor 2 complex / single-strand break-containing DNA binding / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome binding / DNA topological change / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mismatch repair ...PNGase complex / nucleotide-excision repair factor 2 complex / single-strand break-containing DNA binding / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome binding / DNA topological change / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mismatch repair / ERAD pathway / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / single-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rad4, beta-hairpin domain BHD1 / Rad4, beta-hairpin domain BHD2 / XPC-binding domain / DNA repair protein Rad4 / DNA repair protein Rad4, subgroup / Rad4/PNGase transglutaminase-like fold / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 2 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4, beta-hairpin domain 3 superfamily ...Rad4, beta-hairpin domain BHD1 / Rad4, beta-hairpin domain BHD2 / XPC-binding domain / DNA repair protein Rad4 / DNA repair protein Rad4, subgroup / Rad4/PNGase transglutaminase-like fold / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 2 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4, beta-hairpin domain 3 superfamily / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 2 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4 transglutaminase-like domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Anthopleurin-A / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Transglutaminase-like superfamily / UBA/TS-N domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Single Sheet / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein RAD4 / UV excision repair protein RAD23
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.0501 Å
データ登録者Min, J.-H. / Chen, X. / Kim, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
The Searle Funds at The Chicago Community Trust 米国
The Chancellor's Discovery Fund, University of Illinois at Chicago 米国
Startup funding, University of Illinois at Chicago 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Kinetic gating mechanism of DNA damage recognition by Rad4/XPC.
著者: Chen, X. / Velmurugu, Y. / Zheng, G. / Park, B. / Shim, Y. / Kim, Y. / Liu, L. / Van Houten, B. / He, C. / Ansari, A. / Min, J.H.
履歴
登録2015年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年3月11日ID: 4U29
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD4
X: UV excision repair protein RAD23
W: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(G47)P*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')
Y: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*G*GP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1724
ポリマ－95,1724
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9200 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area34540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.405, 79.405, 404.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein RAD4


分子量: 62588.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD4, YER162C / 細胞株 (発現宿主): High Five Cells (BTI-TN-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14736
#2: タンパク質 UV excision repair protein RAD23


分子量: 17783.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD23, YEL037C, SYGP-ORF29 / 細胞株 (発現宿主): High Five Cells (BTI-TN-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32628
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(G47)P*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 7294.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*G*GP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 7505.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50mM BTP-HCl, 100mM NaCl, 14% isopropanol and 100mM calcium chloride
PH範囲: 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→39.7 Å / Num. obs: 45912 / % possible obs: 97.51 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Num. unique all: 1228 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QSH

2qsh


解像度: 3.0501→39.7 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 3506 7.64 %
Rwork0.1923 --
obs0.197 45912 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.0501→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4520 939 0 0 5459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0185666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6857823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4982234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009834
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0501-3.09190.3646830.33281097X-RAY DIFFRACTION64
3.0919-3.1360.36241130.29181452X-RAY DIFFRACTION83
3.136-3.18280.33161390.26711709X-RAY DIFFRACTION96
3.1828-3.23250.36471420.23891695X-RAY DIFFRACTION99
3.2325-3.28550.30421490.22031757X-RAY DIFFRACTION100
3.2855-3.34210.27621440.22111710X-RAY DIFFRACTION100
3.3421-3.40290.24141480.21911754X-RAY DIFFRACTION100
3.4029-3.46830.27411430.20691717X-RAY DIFFRACTION100
3.4683-3.5390.24611470.20681726X-RAY DIFFRACTION100
3.539-3.61590.28551480.221787X-RAY DIFFRACTION100
3.6159-3.70.25371470.20721686X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.79250.33511450.20831733X-RAY DIFFRACTION100
3.7925-3.89490.26671390.21581727X-RAY DIFFRACTION100
3.8949-4.00940.27751480.19531767X-RAY DIFFRACTION100
4.0094-4.13870.2131500.1831742X-RAY DIFFRACTION100
4.1387-4.28650.28241380.17651695X-RAY DIFFRACTION100
4.2865-4.45790.2931440.16791772X-RAY DIFFRACTION100
4.4579-4.66040.22961390.16331754X-RAY DIFFRACTION100
4.6604-4.90570.21921460.15951719X-RAY DIFFRACTION100
4.9057-5.21250.22161320.17071754X-RAY DIFFRACTION100
5.2125-5.61390.21731400.16831749X-RAY DIFFRACTION100
5.6139-6.1770.25311440.19061727X-RAY DIFFRACTION100
6.177-7.06640.22131490.18991725X-RAY DIFFRACTION100
7.0664-8.88650.19451430.16411748X-RAY DIFFRACTION100
8.8865-39.70580.21481460.17581704X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.4288 Å / Origin y: 28.4702 Å / Origin z: 437.0431 Å
111213212223313233
T0.3359 Å20.1538 Å20.2271 Å2-0.4583 Å2-0.0176 Å2--0.4545 Å2
L1.8657 °20.3728 °2-0.0736 °2-0.4432 °2-0.1515 °2--0.7009 °2
S0.1679 Å °-0.2325 Å °0.1952 Å °-0.0151 Å °-0.1177 Å °-0.2994 Å °0.0387 Å °0.0572 Å °-0.0329 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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