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- PDB-4yic: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yic
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM BORDETELLA BRONCHISEPTICA RB50 (BB0280, TARGET EFI-500035) WITH BOUND PICOLINIC ACID
要素TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid transport / tripartite ATP-independent periplasmic transporter complex / organic acid binding / transmembrane transport / rRNA processing / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-keto acid binding periplasmic protein / Solute binding protein, TakP-like / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily ...Alpha-keto acid binding periplasmic protein / Solute binding protein, TakP-like / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / ACETATE ION / IMIDAZOLE / Trap transporter solute binding protein / 40S ribosomal protein S21
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM093342 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM BORDETELLA BRONCHISEPTICA RB50 (BB0280, TARGET EFI-500035) WITH BOUND PICOLINIC ACID
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. ...著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2015年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
B: TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,65510
ポリマ-85,0822
非ポリマー5738
13,241735
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8350 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area24470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.681, 86.141, 72.339
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN


分子量: 42541.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
: RB50 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: X5ID49, UniProt: A0A0J9X284*PLUS

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非ポリマー , 5種, 743分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-6PC / PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / PICOLINIC ACID / ピコリン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H5NO2
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1mM CaCl2, 1 mM Picolinic Acid); Reservoir ((MCSG2 B7 D3)(0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0, 2.8 M Sodium Acetate pH 7.0)); Cryoprotection (20% glycerol, 80% Reservoir)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→27.15 Å / Num. obs: 101931 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 379830 / Scaling rejects: 19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.6-1.633.70.8351.61835049940.7150.50198.8
8.76-27.153.30.02129.517605340.9990.01481.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2HZL
解像度: 1.6→25.562 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1729 5011 4.92 %
Rwork0.1427 96753 -
obs0.1442 101764 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.77 Å2 / Biso mean: 32.2181 Å2 / Biso min: 13.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→25.562 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5360 0 51 735 6146
Biso mean--38.41 40.82 -
残基数----687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2137521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05773
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3932003
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.61820.36781710.31453186335798
1.6182-1.63720.3041680.28263186335499
1.6372-1.65720.29651660.27283218338498
1.6572-1.67820.30951730.25673150332399
1.6782-1.70020.28761800.25043187336799
1.7002-1.72350.23041580.23393196335499
1.7235-1.74810.28241690.23333199336899
1.7481-1.77420.22711530.20363196334999
1.7742-1.80190.22271720.19633204337699
1.8019-1.83150.23481810.1973189337099
1.8315-1.8630.23191790.18813203338299
1.863-1.89690.20931480.17783241338999
1.8969-1.93340.20751380.16243211334999
1.9334-1.97280.20881650.15673212337799
1.9728-2.01570.20521710.1513232340399
2.0157-2.06260.16511690.14383228339799
2.0626-2.11410.1651500.1393239338999
2.1141-2.17130.16621460.138732453391100
2.1713-2.23510.16811580.136232873445100
2.2351-2.30720.16591850.129532173402100
2.3072-2.38960.14941700.125432533423100
2.3896-2.48520.16581710.124332333404100
2.4852-2.59820.16771930.128732253418100
2.5982-2.73510.14881640.128932543418100
2.7351-2.90620.16041830.134732543437100
2.9062-3.13020.15381740.13732583432100
3.1302-3.44460.16181620.131932613423100
3.4446-3.94150.15691630.117132713434100
3.9415-4.95990.12041760.103132783454100
4.9599-25.56570.16091550.13193240339596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35940.1703-0.21270.3664-0.19750.186-0.27330.1294-0.1086-0.49890.12650.06980.607-0.2193-0.05040.3283-0.1817-0.09010.313-0.04110.261-0.454831.2171-24.2924
20.4490.3183-0.30210.6638-0.35460.3421-0.04240.14690.0896-0.24960.08590.113-0.0465-0.14540.00010.2457-0.0187-0.06420.24360.01270.20386.344747.5325-24.8856
30.1515-0.1326-0.02730.34310.05150.1238-0.11560.1314-0.0295-0.33080.0257-0.08970.10660.0411-0.01730.3142-0.01720.07550.24790.01040.191630.802343.7601-29.2784
40.0948-0.10110.0290.0597-0.06420.19270.00520.1354-0.0326-0.2194-0.03-0.0140.08410.081300.357-0.02530.03520.2150.00040.161224.05240.2858-32.5418
50.29770.0175-0.08370.2895-0.39480.542-0.00080.02540.0286-0.33830.01860.03860.1229-0.0270.02050.2584-0.0232-0.03330.2075-0.00480.197614.073441.2634-25.1547
60.08440.1086-0.1710.2052-0.2650.4528-0.05210.0055-0.1218-0.20990.02570.05290.2335-0.0572-0.0120.2237-0.0357-0.01070.2057-0.0140.2111.456333.4448-16.2376
70.3040.1547-0.28180.1023-0.18170.51830.00320.07670.1379-0.2889-0.0471-0.1256-0.14740.2032-0.00160.2873-0.03450.00260.23730.03940.242127.624153.6803-23.4798
80.16420.0966-0.09220.12760.04550.11850.0147-0.04350.1402-0.0453-0.04230.0367-0.21030.04210.00120.23190.0069-0.00960.16430.01980.230815.153958.0322-12.5381
90.18790.2219-0.10770.2024-0.10340.2537-0.0288-0.0883-0.0444-0.1562-0.048-0.219-0.0020.1731-0.00230.15490.0160.03610.24410.04210.25232.475134.7869-1.009
100.30670.04610.11160.5989-0.08620.278-0.042-0.03020.03350.18180.07290.2762-0.0842-0.2420.05960.1124-0.0410.02370.27960.00840.3102-5.869537.11163.9831
110.4442-0.00220.14740.2539-0.18670.3154-0.0408-0.0339-0.0938-0.0534-0.00070.06910.2449-0.0329-00.228-0.03740.02570.18130.00320.21749.136228.41523.0508
120.1144-0.18390.04570.439-0.1630.3226-0.1068-0.11610.01470.170.02880.06420.04010.0245-0.01150.19470.0071-0.00680.2126-0.00220.151620.363342.980217.0988
13-0.0045-0.0318-0.00480.1773-0.02630.0550.0434-0.07130.01660.1231-0.00880.0948-0.1080.0142-00.20450.00230.02050.1974-0.00070.1929.84549.613415.9808
140.3277-0.1531-0.12360.1184-0.17810.4893-0.03550.0072-0.03180.08570.03660.02460.0853-0.03610.00010.1568-0.0270.0060.172-0.0080.20548.96738.76396.9388
150.1622-0.1208-0.05470.0707-0.06330.3102-0.06040.0044-0.0032-0.08560.05270.084-0.05-0.14660.00010.1459-0.0302-0.01760.2062-0.00020.21635.204844.2526-3.1403
160.40030.13680.26390.1001-0.07980.4719-0.0114-0.1017-0.03330.1877-0.0492-0.11660.07360.2272-00.20870.0331-0.00620.2530.03240.228127.077937.361311.2314
170.47110.0096-0.05320.0260.09620.7616-0.0467-0.02390.0031-0.129-0.0495-0.09390.09280.1885-0.00010.1646-0.00030.00490.19290.00760.191625.560741.7858-6.0496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 73 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 154 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 155 through 182 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 183 through 226 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 227 through 260 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 261 through 295 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 296 through 326 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 327 through 349 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 350 through 373 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 32 through 89 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 90 through 154 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 155 through 199 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 200 through 226 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 227 through 260 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 261 through 295 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 296 through 325 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 326 through 374 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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