PDB-4yhs: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yhs

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM BRADYRHIZOBIUM sp. BTAi1 (BBta_2440, TARGET EFI-511490) WITH BOUND BIS-TRIS

要素

Monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium sp. (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM BRADYRHIZOBIUM sp. BTAi1 (BBta_2440, TARGET EFI-511490) WITH BOUND BIS-TRIS
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. ...

履歴

登録	2015年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月14日	Group: Data collection
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yhs.cif.gz	205.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yhs.ent.gz	165.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1vis-d 4nje-d 3pve-d 6hon-2 3urm-2 6hom-2 1rgs-d 4q0m-d 3w9v-1 1q14-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-511490

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family

ヘテロ分子

38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.820, 101.820, 76.854
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-612- HOH

#1: タンパク質	Monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family 分子量: 38318.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (strain BTAi1 / ATCC BAA-1182) (根粒菌) 株: BTAi1 / ATCC BAA-1182 / 遺伝子: BBta_2440 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5EEL3
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (MCSG1 H9)(0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25%(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (80% (50% Peg3350), 20% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 42874 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 20.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.101 / Χ²: 0.969 / Net I/av σ(I): 30.725 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 861431

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	18.1	0.906	2073	0.913	0.214	0.932	0.341	98.1
1.83-1.86	18.2	0.777	2060	0.947	0.183	0.799	0.36	98.2
1.86-1.9	18.2	0.807	2111	0.954	0.189	0.829	0.471	98.8
1.9-1.94	18.2	0.726	2133	0.924	0.17	0.746	1.252	99.3
1.94-1.98	18.4	0.494	2111	0.971	0.116	0.508	0.531	99.5
1.98-2.03	18.6	0.328	2157	0.985	0.077	0.337	0.446	99.7
2.03-2.08	18.6	0.4	2134	0.97	0.094	0.412	1.065	99.9
2.08-2.13	19	0.281	2101	0.99	0.065	0.289	0.653	100
2.13-2.2	19.4	0.212	2149	0.992	0.049	0.218	0.549	100
2.2-2.27	19.5	0.317	2142	0.984	0.073	0.325	1.788	100
2.27-2.35	20.2	0.203	2135	0.994	0.046	0.209	0.869	100
2.35-2.44	20.7	0.146	2138	0.996	0.033	0.149	0.731	100
2.44-2.55	21.2	0.157	2167	0.995	0.035	0.161	1.03	100
2.55-2.69	21.7	0.15	2143	0.996	0.033	0.153	1.27	100
2.69-2.86	21.8	0.134	2145	0.996	0.029	0.137	1.405	100
2.86-3.08	22.3	0.118	2178	0.997	0.025	0.121	1.616	100
3.08-3.39	22.4	0.092	2162	0.999	0.02	0.094	1.492	100
3.39-3.88	22.2	0.069	2189	0.999	0.015	0.07	1.364	100
3.88-4.89	22.2	0.051	2198	0.999	0.011	0.053	1.011	100
4.89-100	20.8	0.044	2248	0.999	0.01	0.045	0.609	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→24.601 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	1959	4.76 %
R_work	0.1814	39186	-
obs	0.1837	41145	95.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.65 Å² / B_iso mean: 28.5382 Å² / B_iso min: 10.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→24.601 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2489	0	15	417	2921
B_iso mean	-	-	34.36	36.86	-
残基数	-	-	-	-	333

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2565
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.284	3482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	388
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	448
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.893	940

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7978-1.8428	0.3094	128	0.2409	2685	2813	93
1.8428-1.8926	0.3643	149	0.2421	2710	2859	94
1.8926-1.9483	0.3691	106	0.344	2396	2502	82
1.9483-2.0111	0.2413	132	0.2018	2844	2976	98
2.0111-2.083	0.2705	149	0.2263	2783	2932	96
2.083-2.1663	0.2737	132	0.1911	2815	2947	96
2.1663-2.2648	0.2918	139	0.2068	2757	2896	95
2.2648-2.3841	0.221	131	0.1718	2745	2876	94
2.3841-2.5334	0.2142	130	0.1688	2853	2983	97
2.5334-2.7288	0.2104	139	0.1714	2832	2971	97
2.7288-3.0029	0.2134	134	0.1761	2896	3030	98
3.0029-3.4364	0.209	143	0.1741	2907	3050	99
3.4364-4.3257	0.2031	158	0.1575	2943	3101	99
4.3257-24.6031	0.1917	189	0.1537	3020	3209	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8779	-0.2802	0.1007	1.6646	-0.3808	1.5517	0.0075	0.0862	-0.0209	-0.1348	0.1251	0.1656	0.0722	-0.2427	-0.0924	0.1067	-0.024	-0.0272	0.1758	0.0361	0.127	-4.0949	39.3726	-5.0917
2	1.5081	0.1912	0.526	0.997	0.0712	1.0776	0.0053	-0.1745	0.1134	0.128	0.0404	-0.0281	0.033	-0.0162	-0.0447	0.0928	0.0147	0.0019	0.159	-0.0004	0.1214	9.947	44.8279	11.4077

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 146 )	A	0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 147 through 353 )	A	0

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)