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- PDB-4yhc: Crystal structure of the WD40 domain of SCAP from fission yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yhc
タイトルCrystal structure of the WD40 domain of SCAP from fission yeast
要素Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta sheet / WD40
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ergosterol biosynthetic process / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / steroid metabolic process / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to hypoxia / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Gong, X. / Li, J.X. / Wu, J.P. / Yan, C.Y. / Yan, N.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2015
タイトル: Structure of the WD40 domain of SCAP from fission yeast reveals the molecular basis for SREBP recognition.
著者: Gong, X. / Li, J. / Shao, W. / Wu, J. / Qian, H. / Ren, R. / Espenshade, P. / Yan, N.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
B: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,9654
ポリマ－105,5812
非ポリマー3842
水5,531307
1
A: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1753
ポリマ－52,7901
非ポリマー3842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7901
ポリマ－52,7901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.009, 109.714, 103.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / SREBP cleavage-activating protein


分子量: 52790.445 Da / 分子数: 2
断片: UNP residues 567-961, linker (AGS) and residues 986-1054
変異: C618S, C671S, C680S,C756S,C873S, C901S, C920S, C941S, C1010S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: scp1, SPBC3B9.15c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43043
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 20% (v/v) PEG 3350, 0.2M Na3Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 51974 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 27.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→40 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 2657 5.11 %
Rwork0.1772 --
obs0.1798 51974 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6746 0 26 307 7079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0176929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8369402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4852524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1471065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0481-2.08540.33631500.23872424X-RAY DIFFRACTION93
2.0854-2.12550.26881270.21552623X-RAY DIFFRACTION99
2.1255-2.16890.26661480.21642538X-RAY DIFFRACTION99
2.1689-2.2160.31651340.2062644X-RAY DIFFRACTION100
2.216-2.26760.28221430.21732582X-RAY DIFFRACTION99
2.2676-2.32430.22391110.19092624X-RAY DIFFRACTION100
2.3243-2.38710.28431450.19812643X-RAY DIFFRACTION100
2.3871-2.45740.26021460.19592544X-RAY DIFFRACTION100
2.4574-2.53670.27481640.22669X-RAY DIFFRACTION100
2.5367-2.62730.27451420.19332529X-RAY DIFFRACTION100
2.6273-2.73250.2781210.17582688X-RAY DIFFRACTION100
2.7325-2.85680.2251440.17152587X-RAY DIFFRACTION100
2.8568-3.00740.2251220.17742605X-RAY DIFFRACTION100
3.0074-3.19580.24171480.17522622X-RAY DIFFRACTION100
3.1958-3.44250.20431690.1632619X-RAY DIFFRACTION100
3.4425-3.78880.22051440.16542599X-RAY DIFFRACTION99
3.7888-4.33670.20481260.16342604X-RAY DIFFRACTION99
4.3367-5.46240.17471460.14392603X-RAY DIFFRACTION99
5.4624-46.16060.20611270.18642627X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.0007 Å / Origin y: 40.6507 Å / Origin z: 126.5499 Å
111213212223313233
T0.1639 Å20.0088 Å20.0193 Å2-0.2103 Å2-0.0025 Å2--0.2156 Å2
L0.2083 °20.1545 °20.2277 °2-0.38 °20.3105 °2--0.702 °2
S-0.0211 Å °-0.0542 Å °0.0407 Å °0.0626 Å °-0.0016 Å °0.0216 Å °0.0289 Å °0.0028 Å °0.0389 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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