[日本語] English
万見
- PDB-4ygz: CRYSTAL STRUCTURE OF THE R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Y:R59Y MUTANT ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ygz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Y:R59Y MUTANT OF HUMAN CELLULAR RETINOIC ACID BINDING PROTEIN II WITH RETINAL AT 2.06 ANGSTROM RESOLUTION - VISIBLE LIGHT IRRADIATED CRYSTAL -3RD CYCLE
要素Cellular retinoic acid-binding protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Photo swithcable protein / Retinal isomerization / Retinal iminium protonated Schiff base pKa change / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Cellular retinoic acid-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Nosrati, M. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: A Photoisomerizing Rhodopsin Mimic Observed at Atomic Resolution.
著者: Nosrati, M. / Berbasova, T. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H.
履歴
登録2015年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Structure summary
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 1.32016年8月3日Group: Database references
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8632
ポリマ－15,5791
非ポリマー2841
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7264
ポリマ－31,1582
非ポリマー5692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.975, 58.975, 100.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II


分子量: 15578.792 Da / 分子数: 1 / 変異: R111K, Y134F, T54V, R132Q, P39Y, R59Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG3350, 0.1M Malonate pH=6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 13048 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 40.72
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 5.12 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G7B

2g7b


解像度: 2.06→45.526 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 633 4.87 %
Rwork0.2016 --
obs0.2042 13010 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.115 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2565 Å20 Å2-0 Å2
2---0.2565 Å20 Å2
3---0.5131 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→45.526 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1092 0 20 123 1235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2281552
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.737437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004199
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0605-2.21950.25691170.2242417X-RAY DIFFRACTION100
2.2195-2.44290.25871230.22982459X-RAY DIFFRACTION100
2.4429-2.79630.31561210.22782437X-RAY DIFFRACTION100
2.7963-3.52290.22841340.20612476X-RAY DIFFRACTION100
3.5229-45.53740.25021380.18112588X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る