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- PDB-4ygd: Crystal structure of ERGIC-53/MCFD2, monoclinic calcium-bound form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ygd
タイトルCrystal structure of ERGIC-53/MCFD2, monoclinic calcium-bound form 2
要素
  • Multiple coagulation factor deficiency protein 2
  • Protein ERGIC-53
キーワードPROTEIN TRANSPORT / BETA-SANDWICH / EF-HAND / CARGO RECEPTOR / CALCIUM BINDING / ER / ERGIC
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum organization / RHOD GTPase cycle / COPII-mediated vesicle transport / RHOC GTPase cycle / Golgi organization ...Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum organization / RHOD GTPase cycle / COPII-mediated vesicle transport / RHOC GTPase cycle / Golgi organization / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / D-mannose binding / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / sarcomere / ER to Golgi transport vesicle membrane / blood coagulation / unfolded protein binding / protein folding / protein transport / : / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Legume-like lectin / : / Legume-like lectin family / L-type lectin-like (leguminous) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Jelly Rolls - #200 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site ...: / Legume-like lectin / : / Legume-like lectin family / L-type lectin-like (leguminous) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Jelly Rolls - #200 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein ERGIC-53 / Multiple coagulation factor deficiency protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Satoh, T. / Nishio, M. / Yagi-Utsumi, M. / Suzuki, K. / Anzai, T. / Mizushima, T. / Kamiya, Y. / Kato, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
JSPS KAKENHI25121730, 25102008, 24249002 日本
Okazaki ORION project, Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology 日本
Nanotechnology Platform Project, Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystallographic snapshots of the EF-hand protein MCFD2 complexed with the intracellular lectin ERGIC-53 involved in glycoprotein transport.
著者: Satoh, T. / Nishio, M. / Suzuki, K. / Yagi-Utsumi, M. / Kamiya, Y. / Mizushima, T. / Kato, K.
履歴
登録2015年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein ERGIC-53
B: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
C: Protein ERGIC-53
D: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
E: Protein ERGIC-53
F: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
G: Protein ERGIC-53
H: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,58927
ポリマ－156,8428
非ポリマー74819
水5,278293
1
A: Protein ERGIC-53
B: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4428
ポリマ－39,2102
非ポリマー2316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PISA
2
C: Protein ERGIC-53
D: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3716
ポリマ－39,2102
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area13340 Å2
手法PISA
3
E: Protein ERGIC-53
F: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3716
ポリマ－39,2102
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
4
G: Protein ERGIC-53
H: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4067
ポリマ－39,2102
非ポリマー1965
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.063, 58.765, 119.386
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTHRTHRAA42 - 26819 - 245
21PROPROTHRTHRCC42 - 26819 - 245
12PROPROTHRTHRAA42 - 26819 - 245
22PROPROTHRTHREE42 - 26819 - 245
13PROPROTHRTHRAA42 - 26819 - 245
23PROPROTHRTHRGG42 - 26819 - 245
14PROPROALAALABB69 - 14227 - 100
24PROPROALAALADD69 - 14227 - 100
15METMETALAALABB67 - 14225 - 100
25METMETALAALAFF67 - 14225 - 100
16METMETLEULEUBB67 - 14525 - 103
26METMETLEULEUHH67 - 14525 - 103
17PROPROTHRTHRCC42 - 26819 - 245
27PROPROTHRTHREE42 - 26819 - 245
18PROPROTHRTHRCC42 - 26819 - 245
28PROPROTHRTHRGG42 - 26819 - 245
19PROPROPHEPHEDD69 - 14127 - 99
29PROPROPHEPHEFF69 - 14127 - 99
110PROPROLYSLYSDD69 - 14327 - 101
210PROPROLYSLYSHH69 - 14327 - 101
111PROPROTHRTHREE42 - 26819 - 245
211PROPROTHRTHRGG42 - 26819 - 245
112METMETALAALAFF67 - 14225 - 100
212METMETALAALAHH67 - 14225 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Protein ERGIC-53 / ER-Golgi intermediate compartment 53 kDa protein / Gp58 / Intracellular mannose-specific lectin ...ER-Golgi intermediate compartment 53 kDa protein / Gp58 / Intracellular mannose-specific lectin MR60 / Lectin mannose-binding 1


分子量: 27154.230 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 31-269 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMAN1, ERGIC53, F5F8D / プラスミド: PCOLD-III / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3) / 参照: UniProt: P49257
#2: タンパク質
Multiple coagulation factor deficiency protein 2 / Neural stem cell-derived neuronal survival protein


分子量: 12056.186 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 67-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCFD2, SDNSF / プラスミド: PET-16B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3) / 参照: UniProt: Q8NI22
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 19% PEG3350, 8% ethylene glycol, 0.1 M Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月24日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 46552 / Num. obs: 46251 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A4U

3a4u


解像度: 2.51→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.294 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.649 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 2318 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 43802 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å20 Å20.8 Å2
2---1.67 Å20 Å2
3---2.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.51→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9252 0 19 293 9564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0199488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.028625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.92312862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.143.00119789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10351160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76724.822506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.134151476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1951544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A134970.04
12C134970.04
21A134640.04
22E134640.04
31A135510.02
32G135510.02
41B31290.15
42D31290.15
51B32110.15
52F32110.15
61B37590.06
62H37590.06
71C135530.03
72E135530.03
81C134770.04
82G134770.04
91D32530.09
92F32530.09
101D31750.16
102H31750.16
111E134720.04
112G134720.04
121F32020.15
122H32020.15
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.57 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 157 -
Rwork0.242 2948 -
obs--91.8 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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