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- PDB-4yfh: HU38-20bp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yfh
タイトルHU38-20bp
要素
  • (synthetic DNA strand) x 2
  • DNA-binding protein HU-alpha
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / HU-DNA / transcription / pathogenicity / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HU-DNA complex / DnaA-HU complex / bacterial nucleoid DNA packaging / chromosome condensation / DNA replication initiation / structural constituent of chromatin / DNA repair / DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding ...HU-DNA complex / DnaA-HU complex / bacterial nucleoid DNA packaging / chromosome condensation / DNA replication initiation / structural constituent of chromatin / DNA repair / DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein HU-alpha / DNA-binding protein HU-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Hammel, M. / Reyes, F.E. / Parpana, R. / Tainer, J.A. / Adhya, S. / Amlanjyoti, D.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016
タイトル: HU multimerization shift controls nucleoid compaction.
著者: Hammel, M. / Amlanjyoti, D. / Reyes, F.E. / Chen, J.H. / Parpana, R. / Tang, H.Y. / Larabell, C.A. / Tainer, J.A. / Adhya, S.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein HU-alpha
B: DNA-binding protein HU-alpha
C: synthetic DNA strand
D: synthetic DNA strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9484
ポリマ－25,9484
非ポリマー00
水00
1
D: synthetic DNA strand

D: synthetic DNA strand

A: DNA-binding protein HU-alpha
B: DNA-binding protein HU-alpha

A: DNA-binding protein HU-alpha
B: DNA-binding protein HU-alpha

A: DNA-binding protein HU-alpha
B: DNA-binding protein HU-alpha

C: synthetic DNA strand

C: synthetic DNA strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,02310
ポリマ－71,02310
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z3
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/32
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/62
単位格子
Length a, b, c (Å)75.010, 75.010, 221.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The asymmetric unit is the same as the biological assembly

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein HU-alpha / HU-2 / NS2


分子量: 9564.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hupA, b4000, JW3964 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACF2, UniProt: P0ACF0*PLUS
#2: DNA鎖 synthetic DNA strand


分子量: 3196.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 synthetic DNA strand


分子量: 3623.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
配列の詳細DNA sample sequence used in experiment is 5'-GTTCAATTGTTGTTAACTTG-3'. But the asymmetric unit ...DNA sample sequence used in experiment is 5'-GTTCAATTGTTGTTAACTTG-3'. But the asymmetric unit contains multiple, out-of-register duplex positions, so the DNA chain is modeled according to averaged density.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.8, 30% PEG MME 550, 0.05 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月25日 / 詳細: Q315R
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.485→110.99 Å / Num. all: 5242 / Num. obs: 5242 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 104372
反射 シェル解像度: 3.485→3.497 Å / 冗長度: 21.76 % / Rmerge(I) obs: 1.924 / Mean I/σ(I) obs: 2.257 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MUL

1mul


解像度: 3.49→64.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8897 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.54
詳細: The asymmetric unit of the crystal contains multiple, out-of-register duplex positions, such that backbones superimpose, but base identity differs. The density is an average of all ...詳細: The asymmetric unit of the crystal contains multiple, out-of-register duplex positions, such that backbones superimpose, but base identity differs. The density is an average of all nucleotides, and the DNA chain was built accordingly.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2653 266 5.12 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.2223 5194 99.69 %-
原子変位パラメータBiso max: 204.53 Å2 / Biso mean: 92.5232 Å2 / Biso min: 39.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5445 Å20 Å20 Å2
2--2.5445 Å20 Å2
3----5.0891 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.917 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.49→64.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1184 455 0 0 1639
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d699SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes191HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1692HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion239SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1809SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1692HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2363HARMONIC21.47
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.03
LS精密化 シェル解像度: 3.49→3.9 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 58 4.1 %
Rwork0.2158 1357 -
all0.2173 1415 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3925-2.60020.61113.5944-0.98246.62990.3423-0.0727-0.2984-0.41080.2413-0.05050.78510.2503-0.5836-0.05950.1598-0.1721-0.1396-0.1594-0.142611.5219-16.040319.5672
22.7542-0.14330.21062.5102-0.624300.1271-0.1215-0.0898-0.3517-0.0986-0.0552-0.11090.4638-0.0285-0.0220.1327-0.11520.0769-0.0775-0.203216.2055-13.390223.1059
33.385-1.124-0.53020.66684.431314.9937-0.20450.57080.52890.0223-0.6188-0.2137-0.066-0.31580.82330.30290.0140.0754-0.1878-0.3074-0.231631.9748-24.924413.477
46.20281.5421-1.65123.33854.590800.2637-0.73480.3271-0.19610.43130.10610.6203-0.2655-0.6950.04570.083-0.11050.11550.0746-0.2624-6.1472-9.109737.0031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 11
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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