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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yex | ||||||
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タイトル | HUaa-19bp | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / HU-DNA / transcription (転写 (生物学)) / pathogenicity (病原体) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HU-DNA complex / DnaA-HU complex / bacterial nucleoid packaging / chromosome condensation / DNA replication initiation / structural constituent of chromatin / DNA修復 / DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding ...HU-DNA complex / DnaA-HU complex / bacterial nucleoid packaging / chromosome condensation / DNA replication initiation / structural constituent of chromatin / DNA修復 / DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hammel, M. / Reyes, F.E. / Parpana, R. / Tainer, J.A. / Adhya, S. / Amlanjyoti, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016 タイトル: HU multimerization shift controls nucleoid compaction. 著者: Hammel, M. / Amlanjyoti, D. / Reyes, F.E. / Chen, J.H. / Parpana, R. / Tang, H.Y. / Larabell, C.A. / Tainer, J.A. / Adhya, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yex.cif.gz | 55.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yex.ent.gz | 37.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yex.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4yex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4yex | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9549.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hupA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACF2, UniProt: P0ACF0*PLUS #2: DNA鎖 | | 分子量: 4307.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #3: DNA鎖 | | 分子量: 4292.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) 配列の詳細 | DNA sample sequence used in experiment is 5'-TTCAATTGTTGTTAACTTG-3'. But the asymmetric unit ...DNA sample sequence used in experiment is 5'-TTCAATTGTT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, 0.2M NH4F |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93.15 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月25日 / 詳細: Q315R |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.199→56.902 Å / Num. all: 5028 / Num. obs: 5028 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 20.1 / Num. measured all: 36802 |
反射 シェル | 解像度: 3.199→3.21 Å / 冗長度: 7.64 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 3.301 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MUL 解像度: 3.2→56.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9206 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.47 詳細: The asymmetric unit of the crystal contains multiple, out-of-register duplex positions, such that backbones superimpose, but base identity differs. The density is an average of all ...詳細: The asymmetric unit of the crystal contains multiple, out-of-register duplex positions, such that backbones superimpose, but base identity differs. The density is an average of all nucleotides, and the DNA chain was built accordingly.
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原子変位パラメータ | Biso max: 188.24 Å2 / Biso mean: 130.6753 Å2 / Biso min: 77.31 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.932 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→56.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.58 Å / Total num. of bins used: 5
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