PDB-4ye8: The crystal structure of the Y57H mutant of human GlnRS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ye8

タイトル

The crystal structure of the Y57H mutant of human GlnRS

要素

Glutamine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / class I aaRS / glutamine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine-tRNA ligase / glutamine-tRNA ligase activity / glutaminyl-tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / Selenoamino acid metabolism / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / protein kinase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Ognjenovic, J. / Wu, J. / Ling, J. / Simonovic, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of human GlnRS provides basis for the development of neurological disorders.
著者: Ognjenovic, J. / Wu, J. / Matthies, D. / Baxa, U. / Subramaniam, S. / Ling, J. / Simonovic, M.

履歴

登録	2015年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ye8.cif.gz	149.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ye8.ent.gz	110.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ye8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ye8_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ye8_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	4ye8_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	4ye8_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4ye8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4ye8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ye6SC 4ye9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ye6-d 2rfb-d 4ye9-d 7cjt-d 4fil-d 5zui-d 3efh-3 21983 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Glutamine--tRNA ligase

88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	333.088, 58.259, 85.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Glutamine--tRNA ligase / Glutaminyl-tRNA synthetase / GlnRS 分子量: 88033.828 Da / 分子数: 1 / 変異: Y57H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QARS / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P47897, glutamine-tRNA ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Glutamine--tRNA ligase / Glutaminyl-tRNA synthetase / GlnRS

分子量: 88033.828 Da / 分子数: 1 / 変異: Y57H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QARS / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P47897, glutamine-tRNA ligase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.83 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: ammonium acetate, bis-tris, 17% (w/v) PEG 10,000 / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 25952 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 74.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.189 / R_pim(I) all: 0.118 / R_rim(I) all: 0.197 / Χ²: 1.057 / Net I/av σ(I): 7.4 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 124797

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
3.3-3.36	4.9	1267	0.328	0.714	0.983	100
3.36-3.42	5	1296	0.421	0.605	0.965	100
3.42-3.48	4.9	1232	0.475	0.549	1.068	99.8
3.48-3.55	4.9	1297	0.516	0.469	1.028	100	0.926
3.55-3.63	4.9	1264	0.649	0.365	0.984	100	0.729	0.817
3.63-3.72	4.8	1272	0.713	0.331	1.012	100	0.653	0.734
3.72-3.81	4.9	1276	0.803	0.252	1.032	100	0.504	0.565
3.81-3.91	4.9	1285	0.835	0.23	1.02	99.8	0.457	0.514
3.91-4.03	4.9	1263	0.901	0.194	1.082	99.9	0.387	0.434
4.03-4.16	4.9	1316	0.929	0.154	1.052	100	0.308	0.346
4.16-4.31	4.8	1261	0.951	0.122	1.084	100	0.24	0.271
4.31-4.48	4.9	1314	0.97	0.097	1.095	100	0.193	0.216
4.48-4.68	4.8	1263	0.976	0.083	1.131	100	0.164	0.185
4.68-4.93	4.8	1300	0.974	0.082	1.112	100	0.162	0.182
4.93-5.24	4.9	1300	0.976	0.082	1.113	100	0.163	0.183
5.24-5.64	4.8	1312	0.976	0.085	1.168	100	0.168	0.189
5.64-6.21	4.8	1315	0.983	0.072	1.092	100	0.141	0.159
6.21-7.1	4.7	1344	0.992	0.056	1.017	100	0.108	0.122
7.1-8.94	4.6	1348	0.997	0.029	1.088	100	0.057	0.064
8.94-50	4.1	1427	0.998	0.017	1.025	96.9	0.031	0.036

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YE6

4ye6

解像度: 3.3→33.874 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	1997	7.72 %
R_work	0.2214	-	-
obs	0.2254	25874	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→33.874 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5138	0	0	18	5156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	5271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.927	7197
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.681	1784
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	814
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	952

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.3825	0.3721	137	0.3046	1667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3825-3.4738	0.3559	140	0.3016	1663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4738-3.5759	0.2964	139	0.2715	1659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5759-3.6912	0.2951	143	0.2544	1715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6912-3.823	0.2935	140	0.2254	1673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.823-3.9758	0.289	139	0.2285	1662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9758-4.1565	0.266	144	0.2147	1711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1565-4.3752	0.263	139	0.2036	1666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3752-4.6486	0.2343	141	0.1925	1699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6486-5.0065	0.272	145	0.1906	1714	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0065-5.5084	0.2845	143	0.2238	1706	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5084-6.3011	0.285	144	0.2322	1726	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3011-7.9219	0.2806	148	0.2382	1771	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9219-33.8762	0.2257	155	0.1839	1845	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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